med kaptajn Douglas N. Syverson under kommando sejlede Hunley den 25. juli 1962 til omrystningstræning ud for Cuba indtil den 6.September 1962. Hun besøgte flere havne i Golfen og Atlanterhavet og vendte tilbage til Norfolk den 28.September for ændringer efter omrystning indtil 8. December 1962. Hunley aflagde et 3-dages besøg for at være vært for Naval Reserve Officers Seminar “nye skibe til den moderne flåde”. Hun forlod Norfolk – Driftsbasen 29. December 1962 til Holy Loch, Skotland, ankommer 9.januar 1963. Næsten med det samme begyndte hun at tage lasten af USS Proteus, som hun officielt lettede den 15.marts 1963 som bud på Ubådskvadron 14 ved Holy Loch. Denne pligt fortsatte indtil den 12. April 1964, da Hunley sejlede til konvertering, der gav mulighed for at håndtere det nye A3 Polaris-missil. Hun genoptog sine opgaver kl Holy Loch den 15.juni 1964.
en Polaris milepæl blev nået i December 1965, da USS Thomas A. Edison kom sammen for at påbegynde den 100.ombygning af en nuklear ballistisk ubåd (SSBN) af Hunley. Dette betød, at hundrede SSBN ubåde var gået ud til tiden fra Hunley, og ikke en af dem måtte vende tilbage fra patruljen tidligt. Dette repræsenterede omkring 200 måneder med Polaris på stationen eller 16 liter år med nedsænket strategisk afskrækkende virkning siden Hunleys ankomst til Holy Loch 9.januar 1963. Hunleys motto var”vi tjener til at bevare fred”. Hunley vendte tilbage til USA sent i 1966 og opererede i 1967 ud af Charleston, South Carolina. Hunley satte ud til Guam dagen efter jul, 1967, for at aflaste Proteus ved Polaris Point fra januar til juni 1968, mens Proteus gennemgik en selvrevision, hvor Hunley vendte tilbage til Charleston i juli 1968. I 1971 Hunley lettet Proteus i Guam igen for Proteus at gå til værftet. Det var mens Hunley var i Guam, at Maskinreparationsafdelingen modtog den fortjenstfulde enhed ros, efter at have brugt 4500 timers reparationsarbejde på forskellige enheder i USA. Stillehavsflåden. I 1973 vendte Hunley tilbage til Bremerton Shipyard til konvertering eftersyn. Efter afslutningen vendte Hunley tilbage til Charleston, South Carolina, for igen at servicere Atlanterhavsflåden. I 1978 gik” Hunley “til Boston Naval Shipyard for skrogrensning og reparation af skrogventiler som forberedelse til at lindre” Proteus ” igen i Guam. I transit til Guam gik “Hunley” rundt i Sydamerika snarere end gennem Panamakanalen. I 1980 blev “Hunley” lettet af “Proteus” og vendte tilbage til Charleston via Panamakanalen.
Hunley blev nedlagt den 30.September 1994 og slået fra Flådeskibsregistret den 3. maj 1995 og overdraget til Søfartskommissionen den 1. maj 1999. Hunley blev efterfølgende solgt til Southern Scrap Materials Company den 5. januar 2007 til ophugning.