Políticamente, supervisó varios conflictos que involucraban emperadores y reyes y la expansión de los Estados Pontificios. Fue fundamental para que los reinos aceptaran su autoridad sobre su propia autoridad temporal. Utilizó medios diplomáticos y gran astucia para lograr los fines deseados en una serie de situaciones políticas delicadas.
Mientras que las demandas del papado del siglo XIII nos parecen en el siglo XXI principalmente políticas – y la miríada de logros de Innocent en este campo son interminables-es probablemente cierto que para aquellos de nosotros que profesamos la fe católica, sus logros espirituales tienen un valor más duradero.
En 1215, Inocencio III convocó el 4º Concilio de Letrán. De importancia durante su época fue la condena de la herejía albigense en el sur de Francia y otros temas heréticos de esta época. El Concilio alentó el aprendizaje, un legado comprensible de un papa de tal destreza intelectual. El Concilio pidió a los poderes seculares que ayudaran a erradicar la herejía. Significativa también para nuestro tiempo, fue la definición dada a la presencia real en la Eucaristía, la transubstanciación. El Concilio también decretó que todos los católicos deben recibir la Eucaristía durante el tiempo de Pascua.
En una nota más sombría, el Concilio insistió en que los musulmanes y los judíos en las sociedades cristianas se identificaran por marcas distintivas en su ropa, una decisión conocida por tener efectos de gran alcance en el siglo XX.
Este período fue el tiempo de las Cruzadas e Inocencio proclamó la cuarta Cruzada, que terminó en desastre. Su descarado llamamiento a una «cruzada» contra los albigenses del sur de Francia sigue siendo una plaga para su papado. Estos herejes maniqueos se habían asentado en las regiones a lo largo del Mediterráneo, un área que se extendía desde el norte de España, a lo largo del sur de Francia y en una pequeña parte del noroeste de Italia. Eran especialmente frecuentes en el sur de Francia entre los hablantes de la Langue d’ Oc. El asesinato de un legado papal llevó a Inocencio III a convocar la Cruzada. Las cuestiones seculares y políticas se convirtieron en inseparables de las puramente religiosas, y a los condes de la región que toleraban la presencia de los albigenses se les confiscaron sus tierras y se destruyó efectivamente su civilización. Aunque Inocencio III condenó los excesos de los Cruzados, sin duda estuvo involucrado en la planificación de la Cruzada y la expropiación de las tierras de los nobles locales.
Si no hubiera hecho otra cosa que alentar las órdenes promulgadas por Francisco de Asís y el español, Domingo Guzmán (Santo Domingo), Inocencio III habría dejado un legado hasta nuestros días. Como era, el hombre que fue elegido para el papado cuando aún no era sacerdote (fue ordenado un mes después de su elección) fue una influencia extraordinaria en su propio día, logrando más éxito político que cualquier otro papa hasta ese momento.
Inocencio III murió en 1216.
En los artefactos papales, el artículo más antiguo de la Colección es una bulla del papado de Inocencio III.