a DNS-azonosítás eklektikus felhasználásokkal rendelkezik: hamis sushi kirándulása, lóhús kimutatása az Ikea húsgombócokban, és egy gyilkos elfogása például a hógolyó, a macska árulkodó szőrének köszönhetően. Nick Conley úgy döntött, hogy felveszi a Chobani joghurtot, egy finom terméket, amelyet néhány héttel ezelőtt azzal vádoltak, hogy szennyező anyagot tartalmaz. Szeretem a Chobani joghurtot, és a cégük központja egy apró városban van, körülbelül egy órányira tőlem, New York állam északi részén.
Nick elküldte nekem a blogbejegyzését a cégétől, az Epibiome-tól, és kegyesen felajánlotta, hogy megosztja. Az Epibiome-ban csatlakozott Aaron Tynes Hammack fizikus és Hsiao-lu Lee fizikai vegyész. Nick PhD-je kémiából származik, és post-doc-ot végzett fejlődésbiológiából, mind a Stanfordon, lenyűgöző publikációs rekordot és kozmetikai céget hozott létre. De a legfontosabb számomra az, hogy van basset hounds, a kedvenc kutyám.
Sok köszönet Nick!
szeptember 9 éppen kivontuk a bakteriális DNS-t egy sor arc mikrobiom mintából, amikor úgy döntöttem, hogy megjutalmazom magam egy csésze lime ízű Chobani görög joghurttal. Furcsa módon a csésze fóliája kidudorodott, a joghurt vékony volt, rendkívül szénsavas volt. Vegye figyelembe az összehasonlítást a képen látható “normál” eper ízű csészével.
egy gyors google-keresés hozott Chobani Facebook oldalára, amely megmutatta, hogy sokan ugyanazt a problémát jelentik. Mivel sok baktérium képes a tejsav erjedésére, úgy döntöttünk, hogy kivonjuk a baktérium DNS-ét ebből a funky lime csészéből és egy “normál” eperpohárból, és 16S rDNS szekvenálást végzünk a jelenlévő baktériumok azonosítására.
a vizsgálat megkezdése óta Chobani önkéntes visszahívást jelentett be, és azóta arról számolt be, hogy úgy véli, hogy a szennyeződés egy penészből (Mucor circinelloides) származik.
technikánk csak a jelenlévő baktériumokról ad információt, nem pedig a penészgombákról, amelyek egyfajta gomba. Mindazonáltal nagyon izgatottak vagyunk, hogy megnézzük, vannak-e váratlan baktériumok a kultúrában, és megértjük, hogy a penészszennyezés hogyan változtatja meg az eredeti baktériumok összetételét a joghurtkultúrában. Eredményeinkről néhány napon belül beszámolunk.
és igen, megettem a lime joghurtot, és jól voltam. A karbonizáció izgalmas volt, kefir-szerű (mojito-szerű?) joghurt. Míg a görög joghurt puristák vitathatják (valóban lime ízű joghurtot fogyasztanak?), Úgy gondolom, hogy Chobani-nak meg kell próbálnia elérni a karbonizációt egy tejsav fermentáló baktériummal, és új termékként kell bevezetnie.
szeptember 10 örömmel jelentjük be a bakteriális 16S rDNS szekvenálási eredményeket két Chobani görög joghurtmintánkból: egy eper ízű, normál megjelenésű csészéből és egy visszahívott lime csészéből.
egyértelműen megállapítottuk, hogy a vizsgálatunkban használt lime csésze részt vett a visszahívásban, mert az IMS-szám pontosan megegyezik az FDA visszahívási webhelyén közzétett számmal (és a joghurt megmutatta az összes jellemzőt). Az eperpoháron nem lehetett ilyen IMS-számot elhelyezni, amelynek tartalma normálisnak tűnt, ezért összehasonlítottuk a visszahívott lime joghurttal.
nem vitatunk semmit, amit Chobani jelentett a visszahívás okáról, beleértve a penészszennyezést és annak nem veszélyes jellegét. Bár az FDA a visszahívott joghurttal kapcsolatos betegségekkel kapcsolatos panaszokat vizsgálja, nem határozták meg, hogy létezik-e ilyen kapcsolat. Fontos, hogy az alábbiakban bemutatott adatok semmilyen módon nem mutatják, hogy a visszahívott Chobani joghurt képes volt betegséget vagy bármilyen betegséget okozni.
tanulmányunkat pusztán a kíváncsiság kielégítésére végeztük, kísérletünknek számos hiányossága van, többek között: (a) nagyon kis mintaméret (n = 2), (b) 0% zsírtartalmú eper és 2% zsírtartalmú mész ízek összehasonlítása, (c) inhomogenitás a joghurtpohárban, ami nem reprezentatív minta gyűjtéséhez vezethet, (d) PCR bias PCR bias, (e) a közös 16S rDNS szekvenciával rendelkező organizmusok téves azonosításának lehetősége, (f) szekvenálási hibák, amelyek a bakteriális taxonómia téves jellemzését eredményezik, (g) helytelen összehangolási adatbázisok, és (h) A DNS-szennyeződés lehetősége. Lehetnek más hiányosságok is, amelyekről nem tudunk.
az alábbiakban kördiagramok mutatják be a rendszertani sorrendet, amely a normál megjelenésű eperpohár és a visszahívott lime kupa leggyakoribb 16S rDNS-olvasataihoz kapcsolódik.
Chobani azt jelzi, hogy három probiotikus kultúra van a joghurtban: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei és Bifidus. Az első kettő a lactobacillales rendszertani rendbe tartozik, az utóbbi pedig a Bifidobacteriales rendbe tartozik, ami összhangban van azzal, amit a bakteriális DNS szekvenálásával találtunk a normál eperpohárban.
a visszahívott lime joghurt azonban jelentősen eltérő eloszlást mutat. A minta összesen 1 950 616 olvasata közül 190 331 (9,8%) az Oceanospirillales rendhez tartozott. Szerencsére a szekvenciaadatok több információt tartalmaznak, mint a sorrend; betekintést nyújtanak a baktérium (Oceanrickettsiaceae) és a nemzetség (Oceanrickettsia) taxonómiai családjába is. Ez az, ahol a dolgok rendkívül homályos, azonban, mert eltekintve egy pár szekvencia bejegyzéseket Genbank Genbank egy szervezet osztozik az azonos nemzetség (Oceanrickettsia ariakensis), szinte semmit sem tudunk ezekről a baktériumokról. Valójában olyan kevés, hogy a taxonómiai családot és nemzetséget hivatalosan nem fogadták el, és a szervezetet a “nem osztályozott Gammaproteobaktériumok” listájára sorolták.”
milyen keveset tudunk összegyűjteni, két kínai tudós, akik kapcsolatban állnak a dél-kínai-tengeri Oceanológiai Intézettel, Drs. Xiangyun Wu és Yang Zhang 2005-ben helyezték el az Oceanrickettsia ariakensis szekvenciaadatait az adatbázisban, és jelezték, hogy a baktériumokat egy osztrigából (Crassostrea ariakensis) izolálták. Úgy vélték, hogy a baktériumok megfertőzték az osztrigát, és hozzájárultak annak tömeges pusztulásához.
nagyon fontos megjegyezni, hogy nincs bizonyíték arra, hogy ez a baktérium patogén lenne az emberekben. Továbbá úgy tűnik, hogy Wu és Zhang munkáját nem ellenőrizték függetlenül, vagy nem vetették alá szakértői értékelésnek (legjobb tudásunk szerint).
ez azt jelenti, hogy a Chobani joghurt visszahívásnak bármi köze volt az osztriga szennyeződéséhez? Egyáltalán nem! Lehetséges, hogy a baktériumok, amelyeknek a DNS-ét kimutattuk, már kis mennyiségben jelen voltak a joghurt egyik összetevőjében, és amikor a penész átvette a joghurtkultúrát, olyan feltételeket teremtett, amelyek lehetővé tették a virágzását. Ennek az elméletnek az alátámasztására 198 olvasatot figyeltünk meg 1 713 939-ből, amely megfelel az Oceanospirillales (0,012%) megrendelésének az eper joghurtban. Vagy talán az eredményeink némi betekintést nyújtanak a szennyeződés forrásába. Még korai megmondani.
de azt mondhatjuk, hogy sokkal többet kell tanulnunk a baktériumokról. Csak a bolygó baktériumfajainak körülbelül 1% – át tudjuk tenyészteni (ezért alaposan tanulmányozni). A szekvenálási technológiák legújabb generációjával mindent szekvenálhatunk. Vajon mi van még odakint? Nekünk is.
nem hagytam abba a Chobani joghurt evését, és még mindig nagy rajongója vagyok! Sok megbízható márka története során valamikor visszahívással szembesült. A mikrobiális szennyeződés állandó aggodalomra ad okot az élelmiszergyártók körében, és nem ritka. Az idő túlnyomó többsége, az extra utasok, akiket baktériumoknak hívunk, egyszerűen végigmennek az útra, teljesen észrevétlenül.