Harpers Ferry fu fondata nel 1732 da Peter Stephens, i cui “diritti di squatter” furono acquistati nel 1747 da Robert Harper, per il quale la città prese il nome. In circa 1750 Harper è stato dato un brevetto su 125 acri (0.5 km2) nella posizione attuale della città. Nel 1761 Harper stabilì un traghetto attraverso il fiume Potomac, rendendo la città un punto di partenza per i coloni che si spostavano nella valle dello Shenandoah e più a ovest. Nel 1763 l’Assemblea Generale della Virginia stabilì la città di ” Shenandoah Falls at Mr. Harper’s Ferry.”
Il 25 ottobre 1783, Thomas Jefferson visitò Harpers Ferry. Ha visto “il passaggio del Potomac attraverso la Cresta blu” da una roccia che ora prende il nome da lui. Jefferson ha definito il sito ” forse una delle scene più stupende della natura.”
George Washington, come presidente della Patowmack Company (che fu costituita per completare i miglioramenti del fiume sul Potomac e sui suoi affluenti), viaggiò a Harpers Ferry durante l’estate del 1785 per determinare la necessità di canali di bypass. Nel 1794 la familiarità di Washington con la zona lo portò a proporre il sito per una nuova armeria e arsenale degli Stati Uniti. Alcuni della famiglia di Washington si trasferì nella zona; Charles Washington, più giovane fratello pieno del presidente, fondò la città di Charles Town, circa sei miglia a sud-ovest. Il pronipote del presidente Washington, il colonnello Lewis Washington, fu tenuto in ostaggio durante il raid di John Brown nel 1859.
Nel 1796 il governo federale acquistò un appezzamento di terreno dagli eredi di Robert Harper, e tre anni dopo iniziò la costruzione dell’Armeria e dell’Arsenale degli Stati Uniti a Harpers Ferry. Tra il 1801 e il 1861, quando fu distrutta per impedire la cattura durante la guerra civile, l’armeria produsse più di 600.000 moschetti, fucili e pistole. L’industrializzazione continuò nel 1833 quando il Chesapeake & Ohio Canal raggiunse Harpers Ferry, collegandolo con Washington, DC. Un anno dopo, la Baltimora & Ohio Railroad iniziò il servizio ferroviario attraverso la città.
Il 16 ottobre 1859, l’abolizionista radicale John Brown guidò un gruppo di 21 uomini in un’incursione nell’arsenale. Brown e i suoi uomini attaccarono e catturarono diversi edifici; sperava di usare le armi catturate per avviare una rivolta degli schiavi in tutto il Sud. Gli uomini di John Brown furono rapidamente bloccati dai cittadini locali e dalla milizia, e costretti a rifugiarsi nella casa macchine adiacente all’armeria. Un contingente di Marines statunitensi, guidati dall’allora tenente colonnello Robert E. Lee, prese d’assalto la casa dei motori e catturò la maggior parte dei predoni, uccidendone alcuni e subendo una sola vittima. Brown fu processato per tradimento contro il Commonwealth della Virginia, condannato e impiccato a Charles Town. Il raid è stato un catalizzatore per la guerra civile.
La guerra civile fu disastrosa per Harpers Ferry, che passò di mano otto volte tra il 1861 e il 1865. Quando la Virginia si separò nell’aprile del 1861, la guarnigione statunitense tentò di bruciare l’arsenale e distruggere i macchinari, per impedire ai Confederati di usarlo. La gente del posto ha salvato l’attrezzatura, che l’esercito confederato ha trasferito in un luogo più sicuro nella sua capitale Richmond. L’esercito americano non ha mai rinnovato la produzione di armi a Harpers Ferry.
Dopo la fine della guerra civile, nel 1867, il storicamente black Storer College fu fondato a Camp Hill dal reverendo Nathan Cook Brackett. Alumni notevoli includono leggenda del jazz Don Redman e il primo presidente della Repubblica Federale della Nigeria, Nnamdi Azikiwe. Storer College chiuso nel giugno 1955, e il campus è ora parte del Harpers Ferry National Historical Park.
Il 15 agosto 1906, il Movimento del Niagara, guidato dallo scrittore e studioso W. E. B. Du Bois e dall’attivista politico William Monroe Trotter, tenne il suo primo incontro sul suolo americano nel campus dello Storer College. La riunione di tre giorni, che si è tenuta per garantire i diritti civili per gli afro-americani, è stato poi descritto da DuBois come “uno dei più grandi incontri che i negri americani mai tenuto.”Nel 1911, i membri del Movimento Niagara si unirono ad altri per formare l’Associazione Nazionale per l’avanzamento delle persone di colore, meglio conosciuta come NAACP.
Nel 1944 la maggior parte della città divenne parte del National Park Service ed è ora mantenuto come Harpers Ferry National Historical Park. Tutte le aree della città non all “interno del Parco sono contenute all” interno del distretto storico Harpers Ferry federalmente riconosciuto.