Marokko oli Ranskan protektoraatti, jota hallitsi Vichyn hallitus, vaikka Marokon sulttaani oli virallinen hallitsija. He eivät olleet kovin sekaantuneet sotaan, ranskalaiset olivat melko laihoja, ja Algeria oli heidän pääomaisuutensa Pohjois-Afrikassa, kun taas marokkolaisilla ei ollut juurikaan osuutta sodassa ja he inhosivat Ranskan protektoraattia.
elokuussa 1941 Ranskan Vichyn hallitus sääti lakeja, jotka syrjivät Marokon juutalaisia. Se asetti kiintiöitä juutalaisten lääkärien ja lakimiesten määrälle, karkotti oppilaita ranskalaisista kouluista ja pakotti monet Euroopan kortteleissa asuvat juutalaiset muuttamaan mellaheille (perinteisille Juutalaiskortteleille).
Marokon sulttaani Mohammed V kertoi Juutalaisjohtajille, että hänen mielestään juutalaisia erottelevat Vichyn lait olivat ristiriidassa Marokon lain kanssa. Hänen mielestään juutalaisia tulisi kohdella yhdenvertaisesti muslimien kanssa. Hän korosti, että juutalaisten omaisuus ja henki pysyivät hänen suojeluksessaan. Hänen vahvan asenteensa vuoksi Vichyn hallintovirkamiehet eivät panneet syrjiviä lakeja ja asetuksia tarmokkaasti täytäntöön.
liittoutuneiden noustua maihin vuonna 1942 Vichyn hallitus antautui kolmen päivän kuluttua. Casablancan konferenssissa tammikuussa 1943 presidentti Roosevelt, Winston Churchill, kenraali de Gaulle, kenraali Noguès (Marokossa olevien ranskalaisten joukkojen komentaja ja protektoraatin kenraali) tapasivat sulttaani Mohammed V: n ja tämän pojan Moulay Hassanin. Sulttaani teki hyvän vaikutuksen Rooseveltiin, ja puoli vuotta myöhemmin Roosevelt, Churchill ja sulttaani tapasivat ilman ranskalaisten läsnäoloa. Roosevelt kysyi sulttaanilta mielipidettä Ranskan Protektoraatista, ja sulttaani vastasi pitävänsä sitä sortavana kolonialismina, ja että hänen tavoitteenaan oli vapauttaa maansa ja että maassa oli kasvava itsenäisyysliike. Hän piti kuitenkin kiinni lupauksestaan tukea ranskalaisia sodan voittamiseen asti. Roosevelt vastasi luottavansa maan itsenäiseen tulevaisuuteen, minkä sulttaani näki Yhdysvaltain julistuksena tukea itsenäistä Marokkoa, ja se antoi itsenäisyysliikkeelle suuren sysäyksen.
kenraali Noguès, joka kuuli kokouksesta, oli huolestunut ja yritti eristää sulttaanin liittoutumalla tämän läheisen tukijan El Ayadin kanssa, joka oli yksi Marokon voimakkaimmista feodaaliherroista, toisen voimakkaan yliherran, t ’ Hami el Glaouin kanssa, joka oli ranskalaisten vankkumaton tukija. Tämä osoittautui vaikeaksi, sillä El Ayadi ja T ’ Hami El Glaoui eivät olleet puheväleissä. Lopulta ranskalaiset järjestivät avioliiton näiden kahden perheen välille. Siihen mennessä Ranskan hallitus oli jo syrjäyttänyt kenraali Noguèsin virastaan. Vaikka heitä vastustettiin tavoitteissaan, kenraali Noguès ja sulttaani olivat solmineet läheisen henkilökohtaisen ystävyyden, ja molemmat itkivät tullessaan tapaamaan sulttaania viimeisen kerran.
vuonna 1944 kenraali Noguèsin seuraajan Gabriel Puaux ’ n aikana oli luvassa mellakoita, itsenäisyysliikkeen johtajien pidätyksiä ja ranskalaisten sortotoimia. Sodan jälkeen olisi kansannousuja ja sortoja, T ’ Hami El Glaoui laskeutuisi kahdesti Atlas-linnoituksistaan joukkoineen uhkaamaan Casablancaa ja Mohammed V joutuisi lähtemään maanpakoon. Ranskalaiset kuitenkin tajusivat, etteivät voineet pitää kiinni Marokosta vastoin paikallisia ja kansainvälisiä tunteita, ja vuonna 1956 maa itsenäistyi ja T ’ Hami El Glaoui alistui arkkiviholliselleen sulttaanille, joka kuoli pian tämän jälkeen syöpään.