以下の疾患の症状は、ウィップル病の症状と同様である可能性があります。 比較は鑑別診断に有用である：
クローン病は、腸壁または胃腸管の任意の部分の重度の慢性炎症を特徴とする炎症性腸疾患である。 症状には、嘔吐、発熱、寝汗、食欲不振、一般的な衰弱、および腹痛および不快感の波が含まれ得る。 下痢や直腸からの出血は、クローン病を持っている人では一般的です。 体重減少も一般的です。 この障害の症状は管理が難しく、診断が遅れることがよくあります。 （この障害に関する情報については、希少疾患データベースの検索語として”クローン病”を選択してください。)
潰瘍性大腸炎は、腸の複数の不規則な潰瘍のために便中の下痢および血液を特徴とする急性炎症性腸疾患である。 この障害の初期症状には、一般的な衰弱感（倦怠感）および疲労感が含まれ得る。 便の頻度と一貫性の変化とともに、腹部の不快感があるかもしれません。 他の症状には、腹痛、痙攣、および緊急性（tenesmus）が含まれることがあります。 体重減少および食欲の減少はまた、潰瘍性大腸炎と関連している。 （この障害の詳細については、希少疾患データベースの検索用語として”潰瘍性大腸炎”を選択してください。)
原発性硬化性胆管炎は、胆管、肝管、胆嚢の炎症および閉塞を伴うまれなコラーゲン障害である。 この障害の症状には、腹痛、食欲不振、吐き気、嘔吐、および/または体重減少が含まれる。 後の症状には、皮膚の黄色の変色（黄疸）、発熱、悪寒、および/または皮膚のかゆみが含まれることがあります。 細菌感染は原発性硬化性胆管炎の胆管閉塞と関連している可能性がある。 （この疾患の詳細については、希少疾患データベースの検索語として”原発性硬化性胆管炎”を選択してください。)
慢性びらん性胃炎は、胃の粘液内層に複数の病変を特徴とする炎症性消化器疾患である。 この障害の症状には、胃の中の灼熱感または重い感覚、軽度の吐き気、嘔吐、食欲不振および一般的な衰弱が含まれ得る。 慢性びらん性胃炎の重度の症例では、貧血を引き起こす可能性のある胃からの出血がある可能性があります。 （この疾患の詳細については、希少疾患データベースの検索語として”慢性びらん性胃炎”を選択してください。)
過敏性腸症候群は、痙性結腸とも呼ばれ、小腸と大腸の両方を含む一般的な消化器疾患です。 この障害は、腹痛、便秘、膨満感、吐き気、頭痛、および/または下痢を特徴とする。 この症候群の痙性結腸タイプは、周期的な便秘または下痢に関連する可変的な排便および腹痛を特徴とする。 痛みのない下痢がある過敏性腸症候群のそれらの患者は起こることに排便する緊急の必要性を経験するかもしれません。 （この障害の詳細については、希少疾患データベースの検索用語として”過敏性腸症候群”を選択してください。)
腸の偽閉塞は、腸の運動性の欠如を特徴とする胃腸障害である。 物理的な妨害の証拠がないがこの条件は本当の妨害に類似しています。 症状には、便秘、疝痛の痛み、嘔吐、および体重減少が含まれます。 腸のpseudoobstructionはまたスピーチ、筋肉活動および神経系に影響を与えるかもしれません。 （この疾患の詳細については、希少疾患データベースの検索語として”腸偽構造、腸”を選択してください。)
巨大肥大性胃炎は、胃の内壁に大きなコイル状の隆起または襞が存在することを特徴とする慢性疾患である。 症状には、腹部の上部中央領域における腹痛または不快感および圧痛が含まれる。 他の徴候は食欲、悪心、嘔吐および下痢の深遠な損失を含んでいるかもしれません。 （この障害の詳細については、希少疾患データベースの検索用語として”巨大肥大性胃炎”を選択してください。)
後天性免疫不全症候群(AIDS)は、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)の感染によって引き起こされる免疫抑制性疾患です。 免疫不全は、ウイルス感染および特定のT細胞の破壊の結果である。 当初、HIV感染は症状のない期間を特徴とする。 これに続いて、腫脹したリンパ節（リンパ節腫脹）の発症が続くことがある。 結局得られた免疫の不足シンドロームの経験のほとんどの人々妥協された免疫組織の結果として起こる徴候の進行。 エイズを持つ人がMycobacterium avium intracellulareの腸の伝染を有するとき、徴候はWhippleの病気のそれらと混同するかもしれません。 （この障害の詳細については、希少疾患データベースの検索語として”AIDS”を選択してください。)