we wczesnym wieku Brongniart skupił się na badaniach gadów i opublikował Essai dune classification naturally des reptiles w 1800 roku, w którym porównał anatomię gadów, aby sklasyfikować je do różnych grup. Cztery klasyfikacje to Chelonia, Sauria, Ophidia i Batrachia. Jednak mimo że zaklasyfikował Batrachię jako podklasę gadów, Brongniart zauważył ogromną różnicę w anatomii Batrachii w porównaniu z resztą klasy. Problem ten został rozwiązany w 1804 roku przez Pierre 'a Latreille’ a poprzez zamianę Batrachii na klasę zwaną płazem, a pozostała część grupy gadów została zachowana. Dlatego Batrachianie są jedyną grupą, która nie jest już uznawana za Gady, ponieważ są płazami.
najbardziej znaczącym dziełem Brongniarta było Essai sur la géographie minéralogique des environs de Paris we współpracy z Georges ’ em Cuvierem nad badaniami geologii wokół Paryża w 1811 roku. W tym czasie Cuvier próbował ustalić okresy, z których pochodzą skamieniałości i zrekonstruować wymarłe ssaki na podstawie okresów, z których pochodzą. W pracy „Essai sur la géographie minéralogique des environs de Paris” zidentyfikowano dziewięć formacji, które powstawały przez bardzo długi okres czasu. Formacje, począwszy od najstarszych, były nazywane kreda, Argile Plastique, calcaire grossier, Calcaire silicieux, formacja Gypseuse, Sabels et Gres marins, Gres sans coquilliers, Terrain d 'eau douce i Limon d’ aterrissement. Brongniart odkrył, że niektóre warstwy miały skamieniałości mięczaków morskich, a niektóre miały skamieniałości mięczaków Słodkowodnych. Użył przemienności tych morskich i słodkich warstw wody, aby obalić teorię, że warstwy zostały złożone przez kurczący się ocean. Gazeta została po raz pierwszy przeczytana publicznie w kwietniu 1808 roku, ale została przedłużona w czerwcu 1808 roku, a później w 1811 roku. Byli jednymi z pierwszych ludzi, którzy badali ziemię na podstawie jej zawartości kopalnej, zamiast polegać na cechach skał. Podczas współpracy znaleźli również dowody przeciwko Neptunizmowi Abrahama Wernera. Wyniki te doprowadziły Cuviera do powstania katastrofizmu.
innym znaczącym wkładem w stratygrafię było wykorzystanie zawartości kopalnej w warstwach, które badał w Paryżu, do identyfikacji warstw w innych miejscach zamiast głębokości lub litologii, ponieważ skały nie mogą mieć dokładnie tych samych cech lub głębokości, jeśli są osadzone w różnych warunkach.
w 1822 Brongniart opublikował pierwsze pełnowymiarowe badanie trylobitów, w którym sklasyfikował odmianę z Europy i Ameryki Północnej i próbował grupować ją według wieku. Praca ta przyczyniła się do późniejszych prac nad stratygrafią Paleozoiczną.