New England Deaconess Hospital został założony w 1896 roku przez Deaconess Metodystów, aby opiekować się mieszkańcami Bostonu. Ruch Diakonek Metodystycznych, który rozpoczął się w Niemczech w 1836 roku, był grupą kobiet oddających się opiece nad chorymi i biednymi. Pierwsza 14-osobowa Izba chorych została otwarta w przebudowanej pięciopiętrowej kamienicy przy 691 Massachusetts Avenue. Chociaż szpital był pierwotnie obsadzony przez diakonów, w 1922 roku dodał stały personel medyczny i chirurgiczny. W 1927 roku New England Deaconess Association otworzyło Palmer Memorial Hospital, zakład leczenia raka. W latach 60. programy Rezydencyjne Deaconess zyskały akredytację i były powiązane z Harvard Medical School. Diakonessa odgrywała wiodącą rolę we wczesnych badaniach nad przyczyną, przebiegiem i leczeniem AIDS. Deaconess był również pionierem w transplantacji narządów i badaniach immunologicznych.
w czasach separatyzmu religijnego i antysemityzmu, Bostońska społeczność żydowska założyła Szpital Beth Israel w 1916 roku, aby zaspokoić potrzeby rosnącej populacji żydowskich imigrantów. Pierwszy szpital na Townsend Street w Roxbury posiadał 45 łóżek. Nowy szpital był odpowiedzią na potrzeby imigrantów, którzy mówili w jidysz, nie mówiąc po angielsku, oraz pacjentów, którzy utrzymywali koszerną dietę. W 1928 roku Beth Israel nawiązała stosunki z Tufts University i Harvard Medical School i przeniosła się do nowej placówki w Longwood w Bostonie. Podczas depresji Beth Israel był jednym z dwóch szpitali w Bostonie, które leczyły osoby korzystające z opieki społecznej. Naukowcy z Beth Israel odkryli czynnik wzrostu śródbłonka naczyniowego (VEGF) w 1983 roku.
dwa sąsiednie szpitale połączyły się w 1996 r., kontynuując opiekę nad pacjentem, komponenty edukacyjne i badawcze obu poprzedników. W 2003 roku badacze BIDMC zidentyfikowali źródło stanu przedrzucawkowego, zagrażającego życiu powikłania ciąży.
w styczniu 2014 roku Jordan Hospital dołączył do rodziny szpitali Beth Israel Deaconess Medical Center i stał się Beth Israel Deaconess Hospital-Plymouth. Został założony w 1899 roku, kiedy grupa czołowych obywateli z Plymouth zobaczyła potrzebę zbudowania szpitala, aby służyć mieszkańcom i realizowała ideę „szpitala na wzgórzu”. Zwrócili się do potentata handlu detalicznego, filantropa i letniego rezydenta Ebena Jordana z firmy Jordan Marsh &, który przekazał $20,000 na budowę szpitala Jordan. W grudniu 1903 roku Jordan Hospital otworzył swoje podwoje dla pierwszych pacjentów i od tego czasu pozostaje szpitalem miejskim. Pozostaje prywatnym szpitalem non-profit służącym społecznościom Bourne, Carver, Duxbury, Halifax, Kingston, Lakeville, Pembroke, Plympton, Plymouth, Marshfield, Middleboro, Sandwich i Wareham.
zamach w maratonie Bostońskim
BIDMC otrzymał i opiekował się 21 ofiarami zamachu w maratonie Bostońskim, a także otrzymał Dżokhara po aresztowaniu przez policję. Spośród 21 ofiar, 17 odniosło poważne obrażenia, a 7 wymagało natychmiastowej operacji. Tamerlan Tsarnaev został również przewieziony do BIDMC, gdzie podjęto próby jego reanimacji i gdzie ostatecznie uznano go za zmarłego.
fuzja ze szpitalem Lahey & Centrum Medycznedit
w styczniu 2017 r.Boston Globe poinformował o liście intencyjnym dotyczącym fuzji między Beth Israel Deaconess i Lahey Hospital & Centrum medyczne z tym partnerstwem, tworząc największą fuzję szpitali od ponad 20 lat. Połączony system będzie przeciwdziałać Partners HealthCare, największej sieci szpitali i lekarzy z udziałem w rynku 22% we wschodniej części stanu.
w grudniu 2017 r. grupa o nazwie Make Healthcare Affordable Coalition wyszła w opozycji do proponowanej fuzji Lahey Health i Beth Israel Deaconess Medical Center, stwierdzając, że „mega fuzja” doprowadzi do wyższych kosztów i zamknięcia klinik zdrowotnych obsługujących mniejszości.
w marcu 2019 r.Beth Israel Lahey Health została utworzona przez połączenie Lahey Health i Beth Israel Deaconess Medical Center. W skład Beth Israel Lahey Health wchodzą Addison Gilbert Hospital, Anna Jaques Hospital, Beth Israel Deaconess Medical Center, Beth Israel Deaconess Hospital—Milton, Beth Israel Deaconess Hospital—Needham, Beth Israel Deaconess Hospital—Plymouth, Beverly Hospital, Lahey Hospital & Medical Center, Lahey Medical Center-Peabody, Mount Auburn Hospital, New England Baptist Hospital i Winchester Hospital.