Salk-rokotteen ongelmat
rokotteen hyväksyminen ei ollut ongelmatonta. Salkia kritisoitiin, koska rokotteelle tehtiin räikeä Hollywood-tyylinen promootio. Myös jotkut lääkärikollegat suosivat elävää virusta sisältävää rokotetta. Tohtori Albert Sabinin (1906-1993) kehittämä elävä virusrokote sisälsi polioviruksen mutanttia (muunneltua, erilaista) muotoa, jota kutsutaan avirulentiksi virukseksi. Se ei siis pystynyt vahingoittamaan elimistön puolustuskykyä. Elävää virusta sisältävällä rokotteella oli etuja tappavaa virusta sisältävään rokotteeseen verrattuna. Se voitiin antaa suun kautta (Suun kautta) eikä injektiona, ja yksi annos antoi pysyvän immuniteetin.
Salk-rokotteen suurin ongelma oli se, että joidenkin lääkeyhtiöiden virheellinen rokotteen tuotanto johti rokotteen saastumiseen elävällä polioviruksella. Sadat lapset kuolivat tai sairastuivat vakavasti tämän vuoksi.
salkista tehtiin poliotutkimustensa aikana bakteriologian tutkimusprofessori Pittsburghissa Pennsylvaniassa (1949-1954) ja ehkäisevän lääketieteen professori (1954-1957). Vuonna 1957 hänet nimitettiin Commonwealth professor of experimental medicine-nimiseksi.
vuonna 1963 hän avasi Salk Institute for Biological Studies-laitoksen San Diegossa, Kaliforniassa. Siellä hän kollegoineen tutki elimistön autoimmunisaatioreaktioon liittyviä ongelmia, eli sitä, miksi elimistö hylkii vierasta materiaalia, esimerkiksi elinsiirtoa.
Jonas Salk kuoli 23.kesäkuuta 1995 La Jollassa, Kaliforniassa 80-vuotiaana sydämen vajaatoimintaan. Elinaikanaan hän pystyi näkemään elämäntyönsä vaikutukset. Salkin kuollessa polio oli käytännössä hävinnyt Yhdysvalloista.