kun Konstantinus I perusti Bysantin Konstantinopoliksi vuonna 330, hän suunnitteli itselleen palatsin. Palatsi sijaitsi hippodromin ja Hagia Sofian välissä.
palatsikompleksi rakennettiin uudelleen ja sitä laajennettiin useita kertoja historiansa aikana. Suuri osa rakennuskompleksista tuhoutui vuoden 532 Nika-mellakoissa, ja keisari Justinianus I rakennutti sen uudelleen ylenpalttisesti. Justinianus II ja Basileios I tilasivat lisää laajennuksia ja muutoksia. Se oli kuitenkin rapistunut jo Konstantinos VII: n aikana, joka määräsi sen kunnostettavaksi. 1000-luvun alusta lähtien Bysantin keisarit suosivat Blachernaen palatsia keisarillisena asuinpaikkana, vaikka he jatkoivatkin Suuren palatsin käyttöä kaupungin ensisijaisena hallinnollisena ja seremoniallisena keskuksena. Se taantui huomattavasti seuraavalla vuosisadalla, kun osia rakennuskompleksista purettiin tai täytettiin raunioilla. Konstantinopolin ryöstön aikana neljännellä ristiretkellä Montferratin Bonifatiuksen sotilaat ryöstivät palatsin. Vaikka myöhemmät latinalaiset keisarit jatkoivat palatsikompleksin käyttöä, heillä ei ollut rahaa sen ylläpitoon. Viimeinen Latinalainen keisari Baldwin II meni niin pitkälle, että poisti palatsin lyijykatot ja myi ne.
yksi ”Trullon Salina” tunnetun Suuren palatsin suurimmista saleista isännöi Konstantinopolin kolmatta kirkolliskokousta, jonka sekä roomalaiskatolinen että ortodoksinen kirkko tunnustivat ekumeeniseksi kirkolliskokoukseksi ja Kvinisext-Kirkolliskokoukseksi eli ”Trullon Kirkolliskokoukseksi”.
näin ollen suuri palatsi oli huonossa kunnossa, kun Mikael VIII Palaiologoksen joukot valtasivat kaupungin takaisin vuonna 1261. Palaiologoksen keisarit hylkäsivät sen suurelta osin ja hallitsivat Blachernaesta käsin ja käyttivät holveja vankilana. Kun Mehmed II saapui kaupunkiin vuonna 1453, hän huomasi palatsin raunioituneen ja hylätyksi. Vaeltaessaan sen tyhjissä saleissa ja paviljongeissa hänen väitetään kuiskanneen lainauksen persialaisesta runoilijasta Saadista.:
hämähäkki on esiripun kantajana Chosroesin palatsissa,
pöllö ääntelee reliefiä Afrasiyabin linnassa.
suuri osa palatsista purettiin Konstantinopolin yleisrakentamisessa osmanivallan alkuvuosina. Alue muutettiin aluksi asuinalueeksi, jossa oli useita pieniä moskeijoita, ennen kuin sulttaani Ahmet I purki Daphnen ja Kathisman palatsien jäänteet rakentaakseen Sulttaani Ahmedin moskeijan ja sen viereiset rakennukset. Suuren palatsin paikkaa alettiin tutkia 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alun tulipalo paljasti osan Suuresta palatsista. Tältä paikalta on löydetty vankisellejä, monia suuria huoneita ja mahdollisesti hautoja.
kaivauksia
ensimmäiset kaivaukset suorittivat ranskalaiset arkeologit Manganaen palatsissa vuosina 1921-23. Paljon suurempi kaivaminen suoritettiin University of St Andrews vuonna 1935-1938. Lisää kaivauksia tehtiin David Talbot Ricen johdolla vuosina 1952-1954, jolloin löydettiin osa yhdestä Arastan basaarin lounaisrakennuksesta. Arkeologit löysivät näyttävän sarjan Seinä-ja lattiamosaiikkeja, joita on säilytetty Suuren palatsin Mosaiikkimuseossa.
Kaivaukset jatkuvat muualla, mutta toistaiseksi alle neljännes palatsin kokonaispinta-alasta on kaivettu; täydellinen kaivaus ei ole tällä hetkellä mahdollista, sillä suurin osa palatsista sijaitsee nykyisin Sulttaani Ahmedin moskeijan ja muiden Osmaniaikaisten rakennusten alla.