Marokko var et fransk protektorat og styret af Vichy-regeringen, skønt sultanen i Marokko var den officielle hersker. De var ikke meget involveret i krigen, franskmændene var temmelig tynde på jorden, og Algeriet var deres vigtigste besiddelse i Nordafrika, mens marokkanerne havde ringe andel i krigen og var imod det franske protektorat.
i August 1941 vedtog Vichy-regeringen i Frankrig love, der diskriminerede marokkanske jøder. Det satte kvoter for antallet af jødiske læger og advokater, udstødte studerende fra franske skoler og tvang mange jøder, der boede i De Europæiske kvarterer, til at flytte til mellahs (traditionelle jødiske kvarterer).
den marokkanske Sultan, Mohammed V, fortalte jødiske ledere, at Vichy-love, der udpeger Jøderne, efter hans mening var uforenelige med marokkansk lov. Han mente, at jøder skulle behandles ens med muslimer. Han understregede, at Jødernes ejendom og liv forblev under hans beskyttelse. På grund af hans stærke holdning implementerede Vichy-administratorer ikke de diskriminerende love og regler energisk.
da de allierede landede i 1942, overgav Vichy-regeringen sig efter tre dage. På Casablanca-konferencen i januar 1943 mødtes præsident Roosevelt, Churchill, General De Gaulle, General Nogu Karrus (Vichy-chef for de franske tropper i Marokko og protektoratets Resident-General) Med Sultan Mohammed V og hans søn Moulay Hassan. Sultanen gjorde et godt indtryk på Roosevelt, og seks måneder senere havde Roosevelt, Churchill og sultanen et møde uden nogen fransk tilstedeværelse. Roosevelt bad sultanen om sin mening om det franske protektorat, og Sultanen svarede, at han betragtede det som undertrykkende kolonialisme, og at hans mål var at befri sit land, og at der var en voksende uafhængighedsbevægelse i landet. Han ville dog overholde sit løfte om at støtte franskmændene, indtil krigen blev vundet. Roosevelt svarede, at han havde tillid til landets uafhængige fremtid, som Sultanen så som en amerikansk Erklæring om støtte til et uafhængigt Marokko, og det gav uafhængighedsbevægelsen en stor drivkraft.
General Nogu Kriss, der hørte om mødet, var bekymret og forsøgte at isolere Sultanen ved at alliere sin nære tilhænger El Ayadi, som var en af de mest magtfulde feudale overherrer i Marokko, med den anden magtfulde overherre, T ‘ Hami el Glaoui, som var en stærk tilhænger af franskmændene. Dette viste sig vanskeligt, da El Ayadi og T ‘ Hami El Glaoui ikke var på tale. Til sidst arrangerede franskmændene et ægteskab mellem de to familier. På det tidspunkt var General Nogu Kriss allerede blevet fjernet fra sin stilling af den franske regering. Selvom de var imod deres mål, havde General Nogu Krists og Sultanen dannet et tæt personligt venskab, og begge græd, da han kom for at besøge Sultanen for sidste gang.
i 1944, under Gabriel Puauks, General Nogu Krists efterfølger, ville der være optøjer, anholdelser af ledere af uafhængighedsbevægelsen og undertrykkende foranstaltninger fra franskmændene. Efter krigen ville der være oprør og undertrykkelse, T ‘ Hami El Glaoui ville to gange stige ned fra sine Atlas-højborge med sine styrker for at true Casablanca, og Mohammed V ville blive tvunget til at gå i eksil. Men franskmændene erkendte, at de ikke kunne holde fast i Marokko mod de lokale og internationale følelser, og i 1956 blev landet uafhængigt, og T ‘ khami El Glaoui underkastede sig sin ærkefjende sultanen, der døde af kræft kort efter.