Bevor der „Virginia-Aufstand“ (wie er genannt wurde) 1674 ernsthaft begann, forderten einige Freihalter an der Grenze zu Virginia, dass die amerikanischen Ureinwohner, einschließlich derer befreundeter Stämme, die in vertragsgeschützten Ländern lebten, vertrieben oder getötet werden sollten. Die kombinierte Abneigung gegen die indische Bevölkerung von Virginia ist ein sehr wenig diskutierter Katalysator von Bacons Rebellion, da es bei der Rebellion gleichermaßen um „die Indianer“ und „diesen Hass“ ging, wie um die britische Grenzpolitik. Sie protestierten auch gegen die Korruption in der Regierung von Gouverneur Berkeley, die als „unverbesserlich korrupt, unmenschlich unterdrückend und unentschuldbar ineffizient, insbesondere im Krieg“ beschrieben wurde.
Vor Bacons Rebellion führten die Anglo-Powhatan-Kriege die ausgeprägte hierarchische Trennung und Selbstsucht zwischen den Indianern und den Virginianern ein, die schließlich zur Grundlage für die Unterwerfung der Indianer während Bacons Rebellion werden sollten. Nach einem Überfall von Doeg-Indianern in Stafford County, Virginia, bei dem zwei weiße Männer getötet wurden, die mit einem Händler namens Mathews in Verbindung gebracht wurden (den spätere Berichte regelmäßig „betrogene und missbrauchte“ Indianer fanden), überfiel eine Gruppe von Virginia-Milizionären Siedlungen des Susquehannock-Stammes anstelle des Doeg-Stammes, darunter einige über den Potomac River in Maryland. Der Gouverneur von Maryland, Calvert, protestierte gegen den Einfall, und die Susquehannocks rächten sich. Die Miliz von Maryland schloss sich dann den Streitkräften von Virginia an und griff ein befestigtes Dorf in Susquehannock an. Nachdem fünf Häuptlinge die Einladung des Maryland-Führers zur Parlamentswahl angenommen hatten, wurden sie abgeschlachtet, eine Aktion, die später legislative Untersuchungen und Verweise provozierte. Die Susquehannocks rächten sich mit Gewalt gegen Plantagen und töteten 60 Siedler in Maryland und weitere 36 bei ihrem ersten Angriff auf Virginia-Boden. Dann schlossen sich andere Stämme an, töteten Siedler, verbrannten Häuser und Felder und schlachteten Vieh bis zu den Flüssen James und York.
Berkeley versuchte, einen größeren Konflikt zu vermeiden, der dem Krieg von König Philip in Neuengland ähnelte, und befürwortete die Eindämmung, schlug den Bau mehrerer Verteidigungsanlagen entlang der Grenze vor und forderte die Grenzsiedler auf, sich in einer Verteidigungshaltung zu versammeln. Grenzsiedler wiesen den Plan als teuer und unzureichend zurück, und vermutete auch, dass es ein Vorwand für die Erhöhung der Steuersätze sein könnte.
In der Zwischenzeit tauchte Bacon, dessen Aufseher auf einer Plantage in James River von indischen Räubern getötet worden war, als Rebellenführer auf. Als Berkeley sich weigerte, Bacon eine militärische Kommission zu gewähren, um alle Indianer anzugreifen, versammelte Bacon seine eigene Kraft von 400-500 Männern und zog den James River hinauf, um die Stämme Doeg und Pamunkey anzugreifen. Obwohl beide im Allgemeinen friedlich mit den Kolonisten gelebt hatten und die Grenzsiedlungen nicht angegriffen hatten, waren ihre Anbauflächen wertvoll.
Im März hatte Berkeley versucht, Krieger des Pamunkey-Stammes für den Kampf gegen feindliche Stämme gemäß früheren Verträgen zu gewinnen. Die Pamunkey Queen Cockacoeske erinnerte den Gouverneursrat leidenschaftlich an den Tod ihres Mannes vor 20 Jahren und an 100 Krieger, die sie in einer ähnlichen Situation zur Verfügung gestellt hatten. Der Vorsitzende hatte ihre Beschwerde ignoriert und stattdessen weiterhin mehr Krieger gefordert, wobei er im Gegenzug das Versprechen erhielt, ein Dutzend zu liefern. Berkeley verhaftete Bacon und entfernte ihn aus dem Rat, aber Bacons Männer sicherten schnell seine Freilassung und zwangen Berkeley, Parlamentswahlen abzuhalten. Währenddessen setzten Bacons Männer ihre Offensive gegen die Pamunkeys fort, die in den Drachensumpf flohen. Als es den befreundeten Occoneechee gelang, ein Susquehannock Fort zu erobern, Bacons Streitkräfte forderten alle Beute, obwohl sie nicht an den Kämpfen mitgewirkt hatten. Sie griffen dann die Oconeechee durch Verrat an und töteten Männer, Frauen und Kinder.
Trotz Bacons Status als Gesetzloser wählten ihn die Wähler von Henrico County in das neu zusammengesetzte House of Burgesses. Dieses Gremium erließ eine Reihe weitreichender Reformen, die die Befugnisse des Gouverneurs einschränkten und das Wahlrecht für landlose Freie wiederherstellten. Sie machten auch den Verkauf von Waffen an jeden Inder mit der Todesstrafe strafbar. Bacons Anhänger wurden nicht gelobt und beschuldigten Berkeley, sich geweigert zu haben, Vergeltungsmaßnahmen gegen Eingeborene zu genehmigen, um seine eigenen Pelzhandelsinvestitionen und die Monopole zu schützen, die er seinen Favoriten gewährt hatte. Nach einer Reihe verbaler Auseinandersetzungen, darunter ein Streit in einer Jamestown-Straße, zog sich Berkeley auf seine Plantage zurück und unterzeichnete die von Bacon geforderte Militärkommission. Scouting-Parteien machten sich dementsprechend daran, Vorräte anzufordern, sowie Indianer zu töten und zu versklaven, Proteste von Bürgern von Gloucester County, die den Extraktionen der Miliz unterworfen waren. Bacons Truppen zogen sich nach Middle Plantation (später in Williamsburg umbenannt) zurück.
Am 30. Juli 1676 gaben Bacon und seine provisorische Armee eine Erklärung des Volkes heraus, die Berkeleys Regierung kritisierte und ihn beschuldigte, unfaire Steuern zu erheben, Freunde in hohe Positionen zu berufen und abgelegene Bauern nicht vor indischen Angriffen zu schützen. Sie gaben auch ein „Manifest“ heraus, in dem sie die Ausrottung aller Indianer forderten und behaupteten, dass sie keinen rechtlichen Schutz verdienten, weil sie „seit vielen Jahren Feinde des Königs und des Landes, Räuber und Diebe und Eindringlinge des Rechts seiner Majestät und unseres Interesses und Vermögens“ seien. Monate des Konflikts folgten, einschließlich eines Seeversuchs über den Potomac und in der Chesapeake Bay durch Bacons Verbündete, Berkeley in Accomac zu erobern. Bacon selbst konzentrierte sich auf den Pamunkey im Drachensumpf; seine Streitkräfte beschlagnahmten 3 Pferdelasten mit Gütern, versklavten 45 Indianer und töteten viele weitere, was die Königin Cockacoeske (die mit ihrem Sohn knapp entkam) dazu veranlasste, sich dem Rat des Gouverneurs zu unterwerfen. Berkeley stellte seine eigene Armee von Söldnern an der Ostküste auf, eroberte auch Bacons Marineverbündete und exekutierte die beiden Führer. Bacons Truppen wandten sich dann gegen die Hauptstadt der Kolonie und brannten Jamestown am 19.September 1676 nieder.
Bevor ein englisches Marinegeschwader eintreffen konnte, starb Bacon am 26.Oktober 1676 an Ruhr. Obwohl John Ingram die Kontrolle über die Rebellen übernahm, brach der Aufstand bald zusammen. Gouverneur Berkeley kehrte an die Macht zurück, beschlagnahmte das Eigentum mehrerer Rebellen und hängte schließlich dreiundzwanzig Männer auf, viele ohne Gerichtsverfahren. Nachdem ein Untersuchungsausschuss seinen Bericht an König Karl II. zurückgab und sowohl Berkeley als auch Bacon für ihr Verhalten gegenüber befreundeten Stämmen kritisierte, Berkeley wurde vom Gouverneursamt entbunden, kehrte nach England zurück, um zu protestieren, und starb kurz darauf. Karl II. soll später gesagt haben: „Dieser alte Narr hat in diesem nackten Land mehr Menschen getötet als ich hier wegen des Mordes an meinem Vater.“ Dies kann ein kolonialer Mythos sein, der etwa 30 Jahre später entsteht.