huoli terveysolosuhteista ja terveyspalvelujen saatavuudesta on kasvanut, kun Ugandaan tulevien Etelä-Sudanin pakolaisten määrä kasvaa edelleen, erityisesti Bidi Bidin pakolaisleirillä, Reutersin mukaan 180 pakolaista (lähes puolet heistä pieniä lapsia) kuoli Bidibidin Pakolaisasutuksessa vuoden 2017 ensimmäisen kuuden kuukauden aikana. Tätä pahentaa se, että leirien ympäristöissä tehtyjen terveysmittausten tarkkuus on usein rajallinen, ja humanitaariset järjestöt raportoivat kuolemantapauksista yleensä useammin kuin raportoivat niistä liikaa.
ihmisoikeuksien ja etiikan näkökulmasta on myös kysymyksiä siitä, eikö näissä asutuskeskuksissa priorisoida ihmisiä, joilla on erilaiset fyysiset kyvyt, tai vanhuksia, jotka saavat vähemmän resursseja verrattuna nuorempiin, työkykyisiin ja hyväkuntoisiin asukkaisiin. Esimerkiksi Pohjois-Ugandan Ayilon alueella sijaitsevissa siirtokunnissa Caritas-järjestö kertoo, että ohjelmat on suunniteltu tarjoamaan enemmän apua käymälöiden rakentamiseen haavoittuvaisiksi todetuille ryhmille, kuten iäkkäille asukkaille, vammaisille asukkaille ja lapsettomille kotitalouksille.
lisäksi vuonna 2016 Yhdysvalloissa. Ulkoministeriön raportti ihmiskaupasta varoittaa, että Pohjois-Ugandan pakolaisasutuksissa asuvat eteläsudanilaiset lapset saattavat olla alttiita ihmiskaupalle, ja UNHCR epäilee, että nuorten eteläsudanilaisten pakolaisten keskuudessa esiintyy jo ihmiskauppaa. Valitettavasti ihmiskaupan uhriksi joutuneiden lasten määrän luotettava määrittäminen voi olla haaste tehokkaan valvonnan puuttumisen, korruption, uhrien puutteellisen suojelun, termien määritelmien erojen ja muiden asiayhteyteen liittyvien näkökohtien vuoksi.