der har været voksende bekymring over sundhedsmæssige forhold og adgang til sundhedsydelser, da antallet af Sydsudan-flygtninge, der kommer ind i Uganda, fortsætter med at stige, især Bidi Bidi-flygtningelejren, hvor Reuters rapporterede, at 180 flygtninge (næsten halvdelen af dem små børn) døde i Bidibidi Refugee Settlement i de første seks måneder af 2017. Dette forstærkes af, hvordan der ofte er begrænset nøjagtighed af sundhedsmålinger i lejrindstillinger, med underrapportering af dødsfald fra humanitære organisationer, der typisk forekommer hyppigere end overrapportering af dødsfald.
fra et menneskerettigheds-og etisk perspektiv er der også spørgsmål om, hvorvidt mennesker med forskellige fysiske evner eller ældre ikke prioriteres i disse bosættelser og modtager mindre ressourcer sammenlignet med yngre, funktionsdygtige beboere ved godt helbred. I bosættelser beliggende i Ayilo-distriktet i det nordlige Uganda, for eksempel, organisationen Caritas rapporterer, at programmer er designet til at yde mere hjælp til bygning af latriner til grupper identificeret som sårbare, såsom ældre beboere, handicappede beboere, og husholdninger med børnehoved.
desuden en 2016 U. S. Udenrigsministeriets rapport om menneskehandel advarer om, at sydsudanesiske børn i det nordlige Ugandiske flygtningebosættelser kan være sårbare over for menneskehandel, med UNHCR mistanke om, at der allerede forekommer forekomster af menneskehandel blandt unge sydsudanesiske flygtninge. Desværre kan en pålidelig kvantificering af antallet af handlede børn være en udfordring på grund af manglende effektiv overvågning, korruption, utilstrækkelig beskyttelse af ofre til at komme frem, forskelle i definitioner af udtryk og andre kontekstuelle aspekter.