ennen kuin ”Virginian kapina” (joksi sitä alettiin kutsua) alkoi toden teolla vuonna 1674, jotkut Virginian rajaseudun vapaamieliset vaativat, että intiaanit, myös ne ystävällisiin heimoihin kuuluvat, jotka asuvat sopimuksen suojaamilla mailla, tulisi ajaa pois tai tappaa. Virginian intiaaniväestön yhteenlaskettu vastenmielisyys on Baconin kapinan alipuheenaihe, sillä kapinassa oli yhtä lailla kyse ”väkivaltaisista intiaaneista” ja ”siitä vihasta” kuin Britannian rajapolitiikasta. He protestoivat myös kuvernööri Berkeleyn hallituksen korruptiota vastaan, jota on kuvailtu ”parantumattoman korruptoituneeksi, epäinhimillisen sortavaksi ja vääjäämättömän tehottomaksi, erityisesti sodassa”.
ennen Baconin kapinaa Anglo-Powhatanin sodat käynnistivät intiaanien ja Virginialaisten välisen hierarkkisen eron ja itsekkyyden, joka lopulta muovasi perustan intiaanien kukistamiselle Baconin kapinan aikana. Doeg-intiaanien Staffordin piirikunnassa Virginiassa tekemän ratsian jälkeen, jossa kuoli kaksi valkoista miestä, jotka liittyivät kauppiaaseen nimeltä Mathews (joka myöhemmin raportoi löytäneensä säännöllisesti ”huijattuja ja hyväksikäytettyjä” intiaaneja), joukko Virginialaisia miliisejä ratsasi Susquehannock-heimon siirtokuntia Doeg-heimon sijaan, mukaan lukien jotkut Potomac-joen toisella puolella Marylandissa. Marylandin kuvernööri Calvert protestoi hyökkäystä vastaan, ja Susquehannockit kostivat. Tämän jälkeen Marylandin miliisi liittyi Virginian joukkoihin ja hyökkäsi linnoitettuun Susquehannockin kylään. Kun viisi päällikköä oli hyväksynyt Marylandin johtajan kutsun neuvotteluihin, heidät teurastettiin, mikä aiheutti myöhemmin lainsäädännöllisiä tutkimuksia ja nuhteita. Susquehannockit kostivat voimallisesti plantaaseille tappaen 60 uudisasukasta Marylandissa ja vielä 36 ensimmäisessä hyökkäyksessään Virginian maaperälle. Sitten mukaan liittyi muita heimoja, jotka tappoivat uudisasukkaita, polttivat taloja ja peltoja ja teurastivat karjaa James-ja Yorkjokiin saakka.
pyrkien välttämään suuremman selkkauksen, joka muistutti kuningas Filipin sotaa Uudessa-Englannissa, Berkeley kannatti eristämistä ehdottaen useiden puolustuslinnoitusten rakentamista rajalle ja kehottaen rajaseutuasukkaita kokoontumaan puolustusasemiin. Rajaseutuasukkaat tyrmäsivät suunnitelman kalliina ja riittämättömänä ja epäilivät myös, että se voisi olla tekosyy veroasteen nostamiselle.
tällä välin Kapinajohtajaksi nousi Bacon, jonka James River-plantaasin valvoja oli saanut surmansa Intiaaniryöstäjien käsissä. Kun Berkeley ei suostunut antamaan Baconille sotilaallista toimeksiantoa hyökätä kaikkia intiaaneja vastaan, Bacon kokosi oman 400-500 miehen vahvuisen joukkonsa ja eteni James-jokea ylös hyökätäkseen Doeg-ja Pamunkey-heimoja vastaan. Vaikka molemmat olivat yleensä eläneet rauhassa uudisasukkaiden kanssa eivätkä olleet hyökänneet rajaseutuasutuksiin, heidän viljellyt maansa olivat arvokkaita.
maaliskuussa Berkeley oli yrittänyt saada Pamunkey-heimosta sotureita taistelemaan vihamielisiä heimoja vastaan aiempien sopimusten mukaisesti. Pamunkeyn kuningatar Cockacoeske palavasti muistutti Kuvernöörineuvostoa miehensä ja 100 soturin kuolemasta 20 vuotta sitten. Puheenjohtaja ei ollut välittänyt hänen valituksestaan, vaan vaati sen sijaan lisää sotureita ja sai vastineeksi lupauksen toimittaa tusinan verran. Berkeley pidätti Baconin ja erotti hänet neuvostosta, mutta Baconin miehet saivat hänet nopeasti vapautettua ja pakottivat Berkeleyn järjestämään parlamenttivaalit. Samaan aikaan Baconin miehet jatkoivat hyökkäystään Pamunkeyita vastaan, jotka pakenivat Lohikäärmesuolle. Kun Ystävällinen Occoneechee onnistui valtaamaan Susquehannockin linnakkeen, Baconin joukot vaativat kaiken sotasaaliin, vaikka eivät olleet auttaneet taisteluissa. Tämän jälkeen he hyökkäsivät Oconeecheen kimppuun petoksella tappaen miehiä, naisia ja lapsia.
Baconin lainsuojattomasta asemasta huolimatta Henricon piirikunnan äänestäjät valitsivat hänet uudelleen valittuun Burgessesin parlamenttiin. Tämä elin toteutti useita laajoja uudistuksia, jotka rajoittivat kuvernöörin valtaoikeuksia ja palauttivat äänioikeuden maattomille vapaille. He myös tekivät aseiden myynnistä intialaisille kuolemanrangaistuksen. Baconin seuraajat olivat lannistumattomia ja syyttivät Berkeleytä siitä, että tämä oli kieltäytynyt valtuuttamasta kostotoimia alkuasukkaita vastaan omien turkiskauppasijoitustensa ja suosikeilleen myöntämiensä monopolien suojelemiseksi. Useiden sanallisten riitojen, kuten Jamestownin kadulla käydyn riidan jälkeen Berkeley vetäytyi plantaasilleen ja allekirjoitti Baconin vaatiman sotilaskomission. Tiedustelupartiot ryhtyivätkin pakkolunastamaan tarvikkeita sekä tappamaan ja orjuuttamaan intiaaneja, mikä sai Gloucesterin piirikunnan asukkaat vastustamaan miliisin vaatimuksia. Baconin joukot vetäytyivät Middle Plantationille (myöhemmin Williamsburg).
30. heinäkuuta 1676 Bacon ja hänen hätävara-armeijansa antoivat Kansanjulistuksen, jossa arvosteltiin Berkeleyn hallintoa, syytettiin häntä epäoikeudenmukaisten verojen perimisestä, ystävien nimittämisestä korkeisiin asemiin ja syrjäisten maanviljelijöiden suojelematta jättämisestä intiaanien hyökkäykseltä. He julkaisivat myös ’manifestin’, jossa kehotettiin hävittämään kaikki intiaanit, väittäen, että he eivät ansainneet oikeussuojaa, koska heillä ”on bin näiden monien vuosien ajan vihollisia kuninkaalle ja maalle, rosvoja ja varkaita ja Hänen Majesteettinsa oikeuden ja meidän etumme ja omaisuutemme loukkaajia”. Seurasi kuukausia kestänyt konflikti, johon sisältyi Baconin liittolaisten yritys vallata Berkeley Accomacissa Potomacin ja Chesapeaken lahdella. Bacon itse keskittyi Pamunkeyhin Lohikäärmesuolla; hänen joukkonsa takavarikoivat 3 hevoslastillista tavaraa, orjuuttivat 45 intiaania ja tappoivat paljon lisää, mikä sai kuningattaren Cockacoesken (joka pakeni täpärästi poikansa kanssa) heittäytymään kuvernöörineuvoston armoille. Berkeley kokosi itärannalle Oman palkkasoturiarmeijansa ja vangitsi myös Baconin laivastoliittolaiset ja teloitti näiden kaksi johtajaa. Tämän jälkeen Baconin joukot kääntyivät siirtokunnan pääkaupunkia vastaan polttaen Jamestownin maan tasalle 19.syyskuuta 1676.
ennen kuin englantilainen laivasto-osasto ehti saapua paikalle, Bacon kuoli punatautiin 26. lokakuuta 1676. Vaikka John Ingram otti kapinallisjoukot hallintaansa, kapina romahti pian. Kuvernööri Berkeley palasi valtaan, takavarikoi useiden kapinallisten omaisuuden ja lopulta hirtti kaksikymmentäkolme miestä, monet ilman oikeudenkäyntiä. Kun tutkintakomitea palautti raporttinsa kuningas Kaarle II: lle arvostellen sekä Berkeleytä että Baconia heidän käytöksestään ystävällisiä heimoja kohtaan, Berkeley vapautettiin kuvernöörinvirasta, palasi Englantiin protestoimaan ja kuoli pian sen jälkeen. Myöhemmin Kaarle II oletettavasti kommentoi: ”tuo vanha hölmö on tappanut enemmän ihmisiä tuossa alastomassa maassa kuin minä täällä isäni murhasta.”Tämä saattaa olla kolonialistinen myytti, joka syntyi noin 30 vuotta myöhemmin.