Controversies ja myöhemmin ura
Sosa pysyi vahvana lyöjänä seuraavat kuusi kautta Cubsissa, mutta hän alkoi kohdata ongelmia vuonna 2003. Hän sai usean ottelun pelikiellon korkkimailan käytöstä ottelussa ja hänen nimensä nousi esiin myös steroidien käyttöä koskevassa tutkinnassa, jonka hän on jyrkästi kiistänyt. Sosa jopa protestoi syyttömyyttään kongressin jäsenten edessä vuonna 2005. Hän sanoi eräälle kongressin komitealle, että ” en ole koskaan käyttänyt laittomia suorituskykyä parantavia aineita. En ole koskaan pistänyt itseäni tai antanut kenenkään ruiskuttaa minuun mitään, New York Times kertoo. Samana vuonna Sosa kaupattiin Baltimore Oriolesiin.
vaikkei hän pelannut kaudella 2006, Sosa teki paluun pääsarjaan vuonna 2007 Texas Rangersin riveissä. Tämä osoittautui hänen viimeiseksi käännöksekseen mailalla. 18 ammattilaisvuotensa aikana hänet on valittu National Leaguen tähdistöjoukkueeseen seitsemän kertaa. Sosa on lyönyt 609 kunnaria ja hänen uransa lyöntikeskiarvo on .273.
vuonna 2009 Sosa joutui jälleen keskelle dopingskandaalia. The New York Timesin mukaan Sosa antoi positiivisen dopingnäytteen vuonna 2003, jolloin paljastui, että hän oli käyttänyt jonkinlaista suorituskykyä parantavaa ainetta. MLB: n tekemän testin piti olla anonyymi, mutta tieto vuoti lehdelle julkistamattomasta lähteestä. Kongressin komitea päätti olla syyttämättä sosaa väärästä valasta hänen vuoden 2005 todistajanlausunnostaan.
vaikka Sosa ei koskaan kohdannut oikeustoimia, hänen mahdollisuuksiensa päästä Baseball Hall of Fameen yllä leijuu yhä synkkä pilvi. Entisellä lyöjällä on vakuuttavat uratilastot, mutta hänen väitetty huumeidenkäyttönsä on useimmille äänestäjille kompastuskivi.