Au bar Tarasco au Mexique, un Américain nommé Buscemi raconte comment il a été témoin d’un massacre commis dans un autre bar par un Mexicain avec un étui de guitare rempli d’armes à feu. Les clients du bar ne sont pas intéressés jusqu’à ce que Buscemi mentionne le nom « Bucho ». Pendant ce temps, El Mariachi rêve de sa rencontre avec Moco, le sous-jacent de Bucho, qui a tué son amant et lui a tiré une balle dans la main gauche. Il est réveillé par Buscemi, qui lui dit de continuer sa recherche de Bucho au bar.
El Mariachi rencontre un enfant dont le père jouerait de la guitare pour gagner sa vie. Il donne quelques conseils au garçon. Au bar Tarasco, El Mariachi s’engage dans un bras de fer tendu avec les hommes de main de Bucho avant qu’une fusillade massive n’éclate. Il tue tout le monde dans le bar, mais Tavo, qui était dans une arrière-salle menant des affaires illégales, survit et le suit à l’extérieur. Dans la rue, Tavo blesse El Mariachi avant de se suicider. Carolina, la femme qu’El Mariachi protège des balles de Tavo, l’emmène à sa librairie. Bucho arrive au bar pour enquêter sur le carnage. Paranoïaque, Bucho ordonne à ses hommes de traquer l’homme « vêtu de noir ».
Dans la librairie, Carolina s’occupe des blessures d’El Mariachi. Pendant qu’il se repose, elle découvre les armes dans son étui de guitare et réalise qui il est. El Mariachi lui demande de l’aider à trouver Bucho. Il se rend à l’église de la ville et parle à Buscemi. Bouleversé par le massacre au bar, Buscemi convainc El Mariachi d’abandonner sa quête de sang. Devant l’église, un homme armé de couteaux leur tend une embuscade, tue Buscemi et blesse gravement El Mariachi. Les hommes de Bucho arrivent sur les lieux, confondent l’homme (qui s’habille en noir) avec El Mariachi et le tuent. Ils ramènent le corps à Bucho, qui se rend compte qu’ils ont tué la mauvaise personne, un tueur à gages nommé Navajas envoyé par les Colombiens pour tuer El Mariachi.
Alors qu’El Mariachi erre dans les rues, il rencontre le gamin avec la guitare. Il apprend que le gamin est utilisé par son père pour muter de la drogue cachée dans sa guitare. Il confronte avec colère le garçon, qui lui dit que la plupart des gens de la ville travaillent pour Bucho. El Mariachi retourne en Caroline et apprend que Bucho a payé pour construire sa librairie comme une autre façade pour son trafic de drogue. De façon inattendue, Bucho lui rend visite et elle cache à la hâte El Mariachi. Elle feint l’ignorance de l’agitation en ville, et Bucho s’en va. Carolina finit de recoudre les blessures d’El Mariachi. Ce soir-là, Carolina donne une nouvelle guitare à El Mariachi, il joue pour elle avant qu’ils ne fassent l’amour passionné. Pendant ce temps, Bucho se rend compte que Carolina lui a menti.
Au matin, les hommes de Bucho arrivent et les attaquent tout en incendiant la librairie. Les deux se battent pour sortir du bâtiment en feu et sur un toit local, où El Mariachi tire clairement sur Bucho mais choisit inexplicablement de ne pas tenter de le tuer. Les deux se réfugient dans une chambre d’hôtel.
Bucho rassemble ses hommes et leur dit de tuer tous ceux qu’ils voient en ville et qu’ils ne connaissent pas. Réalisant que Bucho ne cessera jamais de les chasser, El Mariachi appelle ses amis Campa et Quino pour les aider. Le trio se retrouve à la périphérie de la ville et rencontre les hommes de main de Bucho. Une bataille d’armes massive s’ensuit, et la plupart des hommes de main de Bucho ainsi que Campa et Quino sont tués. El Mariachi voit le gamin blessé dans les tirs croisés et le précipite à l’hôpital.
El Mariachi et Carolina se dirigent vers l’enceinte de Bucho pour l’affronter directement. Il est alors révélé que Bucho et El Mariachi sont frères. Bucho propose de laisser partir El Mariachi s’il le laisse tuer Carolina. El Mariachi tue son frère, puis tire sur ses sbires restants. Les deux rendent visite au garçon à l’hôpital, et El Mariachi part seul. Carolina le rattrape sur la route et le ramasse, El Mariachi laissant d’abord ses armes sur le bord de la route. Les deux s’éloignent ensemble, mais reviennent rapidement et ramassent l’étui de guitare plein d’armes au cas où.