Les chiens chanteurs de Nouvelle-Guinée sont apparentés aux dingos australiens.Crédit : Daniel Heuclin / NPL
L’histoire humaine est pour les chiens. La plus grande étude jamais réalisée sur les génomes anciens des animaux suggère que là où les gens allaient, leurs amis à quatre pattes aussi – jusqu’à un certain point. La recherche a également identifié des changements régionaux majeurs dans l’ascendance humaine qui ont laissé peu de marques sur les populations de chiens, ainsi que des moments où les chiens ont changé, mais pas leurs maîtres.
L’analyse de plus de deux douzaines de chiens eurasiens suggère également que les animaux ont été domestiqués et se sont répandus dans le monde bien avant 11 000 ans. Mais il ne prétend pas quand et où la domestication des loups s’est produite, une question qui a vexé les chercheurs et suscité un débat parfois houleux.
« Les chiens sont un colorant traceur distinct pour l’histoire humaine », explique Pontus Skoglund, généticien des populations au Francis Crick Institute de Londres qui a codirigé l’étude, publiée le 29 octobre dans Science1. « Parfois, l’ADN humain peut ne pas montrer des parties de la préhistoire que nous pouvons voir avec les génomes de chiens. »
Jusqu’à ces dernières années, l’histoire génétique canine a été racontée en grande partie par l’ADN de chiens modernes. Mais cela a offert une image confuse, car une grande partie de la diversité génétique des premiers chiens a probablement été perdue lorsque les races modernes ont été établies. Les premières études sur les génomes de chiens anciens ont fait allusion à des changements passés dans les populations canines. Mais avec seulement six génomes de chiens ou de loups anciens disponibles jusqu’à présent, de telles conclusions ont été préliminaires.
Chums de Pedigree
Pour élargir le pool d’ADN de chien ancien, le laboratoire de Skoglund s’est joint à des groupes dirigés par Greger Larson, généticien évolutionniste à l’Université d’Oxford, au Royaume-Uni, et l’archéologue Ron Pinhasi à l’Université de Vienne. Ensemble, les équipes ont séquencé 27 génomes de chiens anciens. Les échantillons provenaient d’Europe, du Moyen-Orient et de Sibérie, et étaient âgés de 11 000 à 100 ans.
En modélisant les relations entre les groupes de chiens anciens et modernes, les chercheurs ont déterminé qu’un chien de Russie âgé de 10 900 ans était distinct des chiens européens, du Moyen-Orient, de Sibérie ou américains plus anciens, ainsi qu’une lignée canine caractérisée par des chiens chanteurs modernes de Nouvelle-Guinée (qui sont apparentés aux dingos australiens). « Il y a déjà 11 000 ans, il y avait au moins 5 groupes de chiens différents à travers le monde, donc l’origine des chiens devait être nettement antérieure à celle-ci », explique Skoglund.
Avec autant de génomes, les chercheurs ont pu suivre les populations canines anciennes au fur et à mesure qu’elles se déplaçaient et se mélangeaient, et comparer ces changements avec ceux des populations humaines. Lorsque les agriculteurs du Moyen—Orient ont commencé à s’étendre en Europe il y a 10 000 ans, ils ont emmené des chiens avec eux et les animaux — comme leurs maîtres – se sont mélangés aux populations locales. Les anciens chiens du Moyen-Orient qui vivaient il y a environ 7 000 ans sont liés aux chiens modernes d’Afrique subsaharienne, ce qui pourrait être lié aux mouvements humains de « retour en Afrique » à cette époque.
Mais les histoires des humains et des chiens ne se sont pas toujours chevauchées. Un afflux important de personnes venues des steppes de Russie et d’Ukraine il y a 5 000 ans a entraîné un changement durable de la composition génétique des humains européens, mais pas de ses chiens. L’étude a également révélé que l’ascendance des chiens européens est devenue beaucoup moins variée au cours des 4 000 dernières années, une période où un échantillonnage approfondi de l’ADN humain ancien a révélé moins de tumulte.
Chiens errants
La cause de cette déconnexion est un mystère, explique Angela Perri, zooarchéologue à l’Université de Durham, au Royaume-Uni. « Était-ce un cas d’introduction de quelque chose comme une maladie? Préférence culturelle ? Abandon de l’ancien pour le nouveau ? » s’interroge-t-elle. « Ce sont probablement des questions culturelles auxquelles l’ADN ne peut pas répondre. »
Les mouvements humains et les préférences culturelles ne sont pas les seules explications des changements dans l’ascendance des chiens, explique Elinor Karlsson, généticienne évolutionniste à la Faculté de médecine de l’Université du Massachusetts à Worcester. « Les chiens ont probablement commencé à exploiter les humains parce qu’ils constituaient une ressource utile qui les aidait à survivre », dit-elle. Les chiens pouvaient se déplacer librement, suivre les humains ou se déplacer entre les groupes lorsque cela convenait à leurs intérêts.
Le biologiste évolutionniste Robert Wayne de l’Université de Californie à Los Angeles voit dans l’analyse à grande échelle des génomes de chiens anciens une avancée majeure. Les efforts visant à déterminer sans équivoque les origines des chiens domestiques devront adopter la même approche, ajoute-t-il. « Cela va simplement nécessiter un échantillonnage exhaustif des loups et des chiens tout au long de l’histoire de la domestication des chiens. »
Sans un grand nombre de génomes de chiens et de loups encore plus anciens, « il est vraiment difficile de connaître cette conquête initiale du monde », explique Skoglund.