Les modèles des voiliers dans et autour de l’Atlantique ont été découverts pour la première fois par des pionniers espagnols et portugais. Leurs itinéraires sont rapidement devenus familiers aux autres Européens occidentaux. Initialement, les navires portugais quittaient les ports ibériques pour les îles Canaries au large des côtes africaines. Ici, ils ont capté les alizés et les courants qui ont propulsé leurs voiliers à travers l’océan Atlantique, entrant dans les Caraïbes par le passage de la Mona ou de la Dominique et de là à Saint-Domingue et à Vera Cruz au Mexique. Là, des explorateurs espagnols ont pris contact avec des commerçants autochtones et ont ramené des marchandises du Pérou et du Mexique. Les richesses acquises par les flottes de trésors attirent les corsaires du nord de l’Europe et obligent l’Espagne à construire des bases défensives élaborées à La Havane, à Cuba, à Carthagène, en Colombie et sur l’île de Saint-Domingue. Ces routes de navigation vers les Caraïbes et les Amériques centrales étaient bien établies et utilisées par peut-être une centaine de navires par an, avant même l’introduction du sucre au Brésil, ouvrant ainsi une nouvelle phase dans l’histoire de l’Atlantique.
Les variations saisonnières des vents et des courants de l’Atlantique étaient cruciales, et les historiens en sont venus à reconnaître qu’il existait deux systèmes atlantiques reliant l’Europe, l’Afrique et les Amériques. Les Européens utilisaient le système de l’Atlantique Nord, par lequel ils transportaient les Africains vers les Caraïbes et l’Amérique centrale et du Nord sur leurs voiliers. Dans le système du sud, les marchands d’esclaves importaient des esclaves en Amérique du Sud, en particulier au Brésil. Dans les deux cas, le commerce et le flux de personnes étaient déterminés en grande partie par les forces naturelles des vents et des courants.
À l’ère de la voile, les navires européens ont pu choisir le chemin de leur voyage autour de l’océan Atlantique. Les voyages originaires du nord de l’Europe et de l’Amérique du Nord dominaient le système nordique. Les voyages originaires d’Amérique du Sud, comme le Brésil et le Rio de la Plata (séparant l’Argentine et l’Uruguay actuels) dominaient le système méridional. Les capitaines de navires ont également pu utiliser les alizés du sud-est pour traverser rapidement l’Atlantique jusqu’aux ports sud-américains. Les alizés du Nord-Est ont mis plus de temps à propulser les navires dans les Caraïbes et de là vers le nord, via les vents d’ouest, jusqu’en Amérique du Nord.
Aussi lente ou rapide que soit la traversée de l’Atlantique des navires négriers européens, elle a constitué une expérience horrible et traumatisante pour les millions d’Africains qui ont enduré le Passage du Milieu. L’équipage du navire négrier chargea les captifs sur ce qui était en fait une prison flottante. Cela a été suivi de mois de confinement car le navire pouvait s’attarder sur la côte africaine, le capitaine attendant d’avoir acquis un nombre suffisant de captifs pour rentabiliser le voyage.
Les navires destinés à débarquer au Brésil pourraient ne prendre qu’un mois pour traverser l’Atlantique, mais les navires se dirigeant vers les Caraïbes ou l’Amérique du Nord pourraient prendre huit semaines ou plus. Bien que le temps de navigation pour traverser l’Atlantique ait diminué au cours de l’histoire de la traite négrière atlantique, la taille des navires négriers a augmenté. À la fin du commerce anglais par exemple, les navires anglais transportaient en moyenne 390 Africains. Les taux de mortalité sur les navires ont également diminué avec le temps, bien que les preuves suggèrent qu’ils ont augmenté à nouveau au XIXe siècle, alors que les contrebandiers tentaient d’éviter la tentative de la marine britannique de supprimer le commerce. Alors que les Britanniques et d’autres Européens commençaient à abolir légalement la traite négrière au XIXe siècle, les esclavagistes brésiliens, portugais et cubains transportaient un plus grand nombre de captifs africains sur leurs navires. Alors qu’ils échappaient aux patrouilles de la marine britannique, les Africains ont dû endurer les conséquences d’une augmentation de la maladie et de la mortalité.
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