Algeria a fost sub conducere militară directă timp de câțiva ani, timp în care partidul a rămas în opoziție cu Guvernul în prima parte a războiului, în special în 1995 semnând platforma Sant ‘ Egidio, care a fost extrem de critică față de unitatea militară. După lupte interne pentru putere și o schimbare de conducere, a revenit la susținerea Președinției. După ce democrația formală a fost restaurată, FLN nu a reușit inițial să-și recâștige poziția proeminentă; în alegerile parlamentare din 1997 a apărut ca al treilea partid ca mărime, primind 14% din voturi și câștigând 69 din cele 231 de locuri. Cu toate acestea, a câștigat o victorie alunecătoare la alegerile din 2002, câștigând 199 din cele 389 de locuri.
Partidul l-a nominalizat pe Ali Benflis drept candidat la alegerile prezidențiale din 2004. El a terminat ca al doilea loc al titularului Abdelaziz Bouteflika, dar a primit doar 6,4% din voturi. În 2005, FLN a format Alianța prezidențială cu raliul Național pentru Democrație (RND) și mișcarea Societății pentru Pace (MSP).
alegerile parlamentare din 2007 au redus FLN la 163 de locuri, deși FLN Abdelaziz Belkhadem a rămas prim-ministru. Bouteflika a fost candidatul Partidului la alegerile prezidențiale din 2009, pe care le-a câștigat cu 90% din voturi.
în 2012 MSP a părăsit Alianța Prezidențială și s-a alăturat Alianței Algeriei verzi. În ciuda acestui fapt, FLN a rămas cel mai mare partid după alegerile parlamentare din 2012, câștigând 208 din cele 462 de locuri. Bouteflika a fost reales pe biletul FLN la alegerile prezidențiale din 2014 cu 82% din voturi. Bouteflika în vârstă și aflată în dificultate este văzută pe scară largă ca un simplu frontman pentru ceea ce a descris adesea ca un grup „umbros” de generali și ofițeri de informații cunoscuți de algerieni colectiv ca le pouvoir („puterea”) și ai căror membri individuali sunt numiți d inktokcideurs cu The Economist scriind în 2012 „Cel mai puternic om din țară poate fi Mohamed Medi, cunoscut sub numele de Toufiq care a condus serviciile de informații militare timp de două decenii”. Generalul Mohamed Medi, șeful serviciilor de informații militare din 1990 până în 2015, a fost cunoscut ca fiind un lider al D. C. cideur în cadrul le pouvior și pentru secretul său cu The Economist raportând la 21 septembrie 2013: „în ciuda rolului său principal în înfrângerea militanților islamici într-un război civil brutal între 1991 și 2000 și a rolului său mai puțin public de rege în pouvoir, fața generalului Mediene rămâne necunoscută; se spune că oricine a văzut-o expiră la scurt timp după aceea.”La 13 septembrie 2015, s-a anunțat că Medi se retrage, iar președintele Bouteflika l-a numit pe Generalul Athmane Tartag pentru a-l succeda. Demiterea lui medi a fost privită ca punctul culminant al unei lungi „lupte de putere din culise” cu Bouteflika, lăsându-l pe acesta din urmă pe deplin responsabil și oferindu-i mai multă putere pentru a-și determina propriul succesor.
la alegerile parlamentare din 2017 FLN a câștigat 164 din cele 462 de locuri, pierzând astfel 44 de locuri; cu toate acestea, datorită performanței bune a RND (care a câștigat 100 de locuri), Alianța Prezidențială a reușit să mențină o majoritate parlamentară și să continue să conducă țara.
relația cu algerienii evrei [modificare / modificare sursă]
evreilor din Algeria li s-a acordat cetățenia franceză în perioada colonială începând din 1870, în timp ce musulmanilor li s-a refuzat cetățenia de către francezi. Evreii din Algeria au fost văzuți ca un intermediar pentru relațiile franco-musulmane; cu toate acestea, lipsa cetățeniei în numele musulmanilor a creat tensiuni între cele două grupuri. În timpul Războiului din Algeria, evreii se simțeau ca și cum ar fi fost forțați să aleagă părți; fie erau algerieni și luptau cu FLN pentru independență, fie erau francezi și luptau cu francezii pentru a păstra Algeria ca colonie. La începutul războiului Algerian, FLN le-a oferit evreilor posibilitatea de a-și uni eforturile și, în schimb, evreilor li se va acorda cetățenia Algeriană atunci când Algeria va câștiga independența. Majoritatea evreilor din Algeria s-au alăturat guvernului francez, spre disperarea FLN și a susținătorilor lor. În timpul războiului, evreii din Algeria au început să se simtă ca și cum FLN ar viza evreii și nu doar francezii care trăiesc în Algeria. Acest lucru a dus la creșterea tensiunilor între evrei și musulmani din zonă. După război, cetățenia algeriană a fost extinsă doar musulmanilor ai căror tați și bunici erau musulmani în momentul în care FLN a câștigat independența față de Guvernul Francez. Evreii algerieni nu mai erau considerați Algerieni, dar au păstrat în continuare cetățenia franceză. Cu cetățenia lor Franceză, majoritatea evreilor din Algeria au decis să emigreze în Franța, cu un număr mic de evrei care au decis să emigreze în Israel și un număr și mai mic de evrei care au decis să rămână în Algeria sub conducerea FLN.