L’Algérie a été sous domination militaire directe pendant plusieurs années, pendant lesquelles le parti est resté dans l’opposition au gouvernement pendant la première partie de la guerre, signant notamment en 1995 la Plate-forme Sant’Egidio, très critique de l’establishment militaire. Après des luttes de pouvoir internes et un changement de direction, il est revenu soutenir la présidence. Après le rétablissement de la démocratie formelle, le FLN n’a d’abord pas réussi à retrouver sa position dominante; aux élections législatives de 1997, il est devenu le troisième parti en importance, obtenant 14% des voix et remportant 69 des 231 sièges. Cependant, il remporte une victoire écrasante aux élections de 2002, remportant 199 des 389 sièges.
Le parti a désigné Ali Benflis comme candidat aux élections présidentielles de 2004. Il a terminé deuxième derrière le sortant Abdelaziz Bouteflika, mais n’a obtenu que 6,4% des voix. En 2005, le FLN a formé l’Alliance Présidentielle avec le Rassemblement National pour la Démocratie (RND) et le Mouvement de la Société pour la Paix (MSP).
Les élections législatives de 2007 ont vu le FLN réduit à 163 sièges, bien que Abdelaziz Belkhadem du FLN soit resté Premier ministre. Bouteflika est le candidat du parti aux élections présidentielles de 2009, qu’il remporte avec 90% des voix.
En 2012, MSP quitte l’Alliance présidentielle et rejoint l’Alliance Algérie Verte. Malgré cela, le FLN est resté le plus grand parti après les élections législatives de 2012, remportant 208 des 462 sièges. Bouteflika a été réélu sur le ticket FLN lors des élections présidentielles de 2014 avec 82% des voix. Bouteflika, âgé et malade, est largement considéré comme un simple leader de ce qui a souvent été décrit comme un groupe « obscur » de généraux et d’officiers du renseignement connu des Algériens collectivement sous le nom de le pouvoir et dont les membres individuels sont appelés décideurs, The Economist écrivant en 2012 « L’homme le plus puissant du pays peut être Mohamed Mediène, connu sous le nom de Toufiq qui dirige le renseignement militaire depuis deux décennies ». Le général Mohamed Mediène, chef des renseignements militaires de 1990 à 2015, était connu pour être un décideur de premier plan au sein du pouvoir et pour son secret avec le rapport The Economist du 21 septembre 2013: « Malgré son rôle de premier plan dans la défaite des militants islamistes dans une guerre civile brutale entre 1991 et 2000, et son rôle moins public de faiseur de rois au pouvoir, le visage du général Mediene reste inconnu; on dit que quiconque l’a vu expire peu après. » Le 13 septembre 2015, il a été annoncé que Mediène prenait sa retraite et que le président Bouteflika avait nommé le général Athmane Tartag pour lui succéder. Le limogeage de Mediène a été considéré comme l’aboutissement d’une longue » lutte de pouvoir en coulisses » avec Bouteflika, laissant ce dernier pleinement aux commandes et lui donnant plus de pouvoir pour déterminer son propre successeur.
Aux élections législatives de 2017, le FLN a remporté 164 des 462 sièges, perdant ainsi 44 sièges; cependant, grâce à la bonne performance du RND (qui a remporté 100 sièges), l’Alliance présidentielle a pu conserver une majorité parlementaire et continuer à gouverner le pays.
Relation avec les Algériens juifs
Les Juifs d’Algérie ont reçu la nationalité française à l’époque coloniale à partir de 1870, tandis que les Musulmans se sont vu refuser la citoyenneté par les Français. Les Juifs d’Algérie étaient considérés comme un intermédiaire pour les relations franco-musulmanes; cependant, le manque de citoyenneté de la part des Musulmans a créé des tensions entre les deux groupes. Pendant la Guerre d’Algérie, les Juifs avaient l’impression d’être forcés de choisir leur camp ; soit ils étaient algériens et combattaient avec le FLN pour l’indépendance, soit ils étaient français et combattaient avec les Français pour garder l’Algérie comme colonie. Au début de la Guerre d’Algérie, le FLN offre aux Juifs la possibilité de se joindre à leurs efforts et, en retour, les Juifs recevront la citoyenneté algérienne lorsque l’Algérie obtiendra son indépendance. La plupart des Juifs d’Algérie se rangèrent du côté du gouvernement français, au grand dam du FLN et de leurs partisans. Au cours de la guerre, les Juifs d’Algérie ont commencé à avoir l’impression que le FLN ciblait les Juifs et pas seulement les Français vivant en Algérie. Cela a conduit à des tensions accrues entre Juifs et musulmans dans la région. Après la guerre, la citoyenneté algérienne n’a été étendue qu’aux musulmans dont les pères et les grands-pères étaient musulmans au moment où le FLN a obtenu son indépendance du gouvernement français. Les Juifs algériens n’étaient plus considérés comme algériens, mais ils conservaient toujours la nationalité française. Avec leur nationalité française, la majorité des Juifs d’Algérie ont décidé d’émigrer en France, avec un petit nombre de Juifs décidant d’émigrer en Israël et un nombre encore plus faible de Juifs décidant de rester en Algérie sous la domination du FLN.