Algerije stond enkele jaren onder direct militair bewind, gedurende welke de partij in oppositie bleef tijdens het eerste deel van de oorlog, met name in 1995 het ondertekenen van het Platform van Sant ‘ Egidio, dat zeer kritisch was over het militaire establishment. Na interne machtsstrijd en een leiderschapsverandering, keerde het terug naar het ondersteunen van het voorzitterschap. Nadat de formele democratie was hersteld, slaagde het FLN er aanvankelijk niet in zijn prominente positie terug te krijgen.; bij de parlementsverkiezingen van 1997 werd de partij de op twee na grootste partij, met 14% van de stemmen en 69 van de 231 zetels. Bij de verkiezingen van 2002 won het land een overweldigende overwinning, waarbij het 199 van de 389 zetels won.De partij benoemde Ali Benflis als kandidaat voor de presidentsverkiezingen van 2004. Hij eindigde als tweede op de zittende Abdelaziz Bouteflika, maar kreeg slechts 6,4% van de stemmen. In 2005 vormde FLN de presidentiële alliantie met de National Rally for Democracy (RND) en de Movement of Society for Peace (MSP).Bij de parlementsverkiezingen van 2007 werd het FLN teruggebracht tot 163 zetels, hoewel Abdelaziz Belkhadem Premier bleef. Bouteflika was kandidaat van de partij bij de presidentsverkiezingen van 2009, die hij won met 90% van de stemmen.In 2012 verliet MSP de presidentiële alliantie en sloot zich aan bij de groene Algerijnse Alliantie. Ondanks dat bleef de FLN de grootste partij na de parlementsverkiezingen van 2012, het winnen van 208 van de 462 zetels. Bouteflika werd herkozen op het FLN-ticket in de presidentsverkiezingen van 2014 met 82% van de stemmen. De oudere en zieke Bouteflika wordt algemeen gezien als een louter frontman voor wat vaak omschreven is als een” schimmige”groep generaals en inlichtingenofficieren die bij de Algerijnen collectief bekend staan als le pouvoir (“de macht”) en waarvan de individuele leden décideurs worden genoemd met The Economist die in 2012 schreef:”de machtigste man in het land kan Mohamed Mediène zijn, bekend als Toufiq die al twee decennia aan het hoofd staat van de militaire inlichtingendienst”. Generaal Mohamed Mediène, het hoofd van de militaire inlichtingendienst van 1990 tot 2015, stond bekend als een vooraanstaand décideur binnen le pouvior en vanwege zijn geheimzinnigheid met The Economist reporting op 21 September 2013: “ondanks zijn leidende rol in het verslaan van islamitische militanten in een brutale burgeroorlog tussen 1991 en 2000, en zijn minder publieke rol als koningmaker in de pouvoir, blijft het gezicht van generaal Mediene onbekend; Er wordt gezegd dat iedereen die het gezien heeft snel daarna vervalt. Op 13 September 2015 werd bekend dat Mediène met pensioen zou gaan en dat President Bouteflika generaal Athmane Tartag had aangesteld als opvolger van hem. Mediène ‘ s ontslag werd gezien als het hoogtepunt van een lange “machtsstrijd achter de schermen” met Bouteflika, waarbij deze laatste volledig de leiding had en hem meer macht gaf om zijn eigen opvolger te bepalen.
in de parlementsverkiezingen van 2017 won het FLN 164 van de 462 zetels, waardoor het 44 zetels verloor.; dankzij de goede prestaties van de RND (die 100 zetels won) kon de presidentiële Alliantie echter een parlementaire meerderheid behouden en het land blijven regeren.Relatie met de Algerijnse Joden
relatie met de Algerijnse Joden
Joden in Algerije kregen vanaf 1870 het Franse staatsburgerschap, terwijl de Fransen Moslims het staatsburgerschap ontzegden. De Joden in Algerije werden gezien als een tussenpersoon voor de Frans-Islamitische relaties; echter, het gebrek aan burgerschap namens de moslims creëerde spanning tussen de twee groepen. Tijdens de Algerijnse Oorlog voelden de Joden zich gedwongen partij te kiezen; ze waren ofwel Algerijns en vochten met het FLN voor onafhankelijkheid, ofwel ze waren Frans en vochten met de Fransen om Algerije als kolonie te houden. Aan het begin van de Algerijnse oorlog bood het FLN Joden de mogelijkheid om zich bij hun inspanningen aan te sluiten, en in ruil daarvoor zouden Joden het Algerijnse staatsburgerschap krijgen als Algerije onafhankelijk werd. De meeste Joden in Algerije kozen de kant van de Franse regering, tot grote ontzetting van de FLN en hun aanhangers. In de loop van de oorlog begonnen Joden in Algerije het gevoel te krijgen dat het FLN zich richtte op Joden en niet alleen op de Fransen die in Algerije wonen. Dit leidde tot verhoogde spanningen tussen Joden en moslims in het gebied. Na de oorlog werd het Algerijnse staatsburgerschap alleen uitgebreid tot Moslims wier vaders en grootvaders moslim waren op het moment dat de FLN onafhankelijk werd van de Franse regering. De Algerijnse Joden werden niet langer als Algerijns beschouwd, maar behielden wel het Franse staatsburgerschap. Met hun Franse nationaliteit besloot de meerderheid van de Joden in Algerije om naar Frankrijk te emigreren, met een klein aantal Joden die besloten om naar Israël te emigreren en een nog kleiner aantal Joden die besloten om in Algerije te blijven onder het bewind van de FLN.