ceapa trebuie păstrată la temperatura camerei, departe de lumina puternică și într-o zonă bine ventilată. Pentru a realiza cel mai bine acest obiectiv, așezați-le fie într-un coș suspendat din sârmă, fie într-un bol perforat cu o bază ridicată, astfel încât aerul să poată circula dedesubt. Durata capacității de stocare variază în funcție de tipul de ceapă. Cele care au o aromă mai înțepătoare, cum ar fi ceapa galbenă, se vor menține mai mult decât cele cu un gust mai dulce, cum ar fi ceapa albă, deoarece compușii care produc gustul ascuțit sunt și conservanți naturali. Ceapa verde trebuie depozitată într-o pungă de plastic perforată în frigider, unde se vor păstra aproximativ o săptămână. Toate ceapa trebuie depozitată departe de cartofi, deoarece își vor absorbi umezeala și gazul de etilenă, determinându-i să se strice mai ușor.
restul de ceapă tăiată trebuie învelit bine în folie de plastic sau depozitat într-un recipient sigilat. Acestea se oxidează rapid, deci va trebui să le utilizați în decurs de una până la două zile. Ceapa gătită își va menține cel mai bine gustul într-un recipient etanș, dar își va păstra aroma și prospețimea doar o zi sau două. Nu le depozitați în boluri metalice sau recipiente de depozitare, deoarece acest lucru le va face să se decoloreze. Ceapa decojită și tocată poate fi înghețată, dar acest proces îi va face să-și piardă o mare parte din aromă.