kontroverser og senere karriere
Sosa forblev en stærk hitter i de næste seks sæsoner med Cubs, men han begyndte at støde på nogle problemer i 2003. Han blev suspenderet i flere spil for at bruge en korket flagermus i et spil, og hans navn kom også op i en undersøgelse om steroidbrug, en påstand, som han hårdt har benægtet. Sosa protesterede endda sin uskyld foran medlemmer af kongressen i 2005. Han fortalte et kongresudvalg ,at ” jeg har aldrig taget ulovlige præstationsfremmende stoffer. Jeg har aldrig injiceret mig selv eller fået nogen til at injicere mig med noget,” ifølge Times. Samme år blev Sosa handlet til Baltimore Orioles.
mens han ikke spillede i 2006-sæsonen, vendte Sosa tilbage til de store ligaer i 2007 med Rangers. Dette viste sig at være hans sidste tur på en flagermus. I løbet af sine 18 år som professionel spiller er han blevet valgt som medlem af National League All-Star team syv gange. Sosa har scoret 609 home runs og har en karriere batting gennemsnit på .273.
i 2009 befandt Sosa sig igen midt i en stofbrugsskandale. En rapport afslørede, at Sosa havde en positiv narkotikatest i 2003, hvilket afslørede, at han havde brugt en form for præstationsfremmende stof. Testen, udført af MLB, skulle være anonym, men oplysningerne blev lækket til avisen af en ukendt kilde. Kongresudvalget besluttede ikke at retsforfølge Sosa for mened for hans vidnesbyrd i 2005.
mens han aldrig stod over for retssager, har Sosa stadig en mørk sky hængende over sine chancer for at komme ind i Baseball Hall of Fame. Den tidligere slugger har imponerende karrierestatistikker, men hans påståede stofbrug vil være en anstødssten for de fleste vælgere.