Es gab wachsende Bedenken hinsichtlich der gesundheitlichen Bedingungen und des Zugangs zu Gesundheitsdiensten, da die Zahl der Flüchtlinge aus dem Südsudan, die nach Uganda einreisen, weiter zunimmt, insbesondere im Flüchtlingslager Bidi Bidi. Reuters berichtete, dass in den ersten sechs Monaten des Jahres 180 Flüchtlinge (fast die Hälfte davon Kleinkinder) in der Bidibidi Refugee Settlement starben 2017. Hinzu kommt, dass die Genauigkeit der Gesundheitsmessungen in Lagern häufig begrenzt ist, wobei die Unterberichterstattung von Todesfällen durch humanitäre Organisationen in der Regel häufiger auftritt als die Überberichterstattung von Todesfällen.
Aus menschenrechtlicher und ethischer Sicht stellt sich auch die Frage, ob Menschen mit unterschiedlichen körperlichen Fähigkeiten oder ältere Menschen in diesen Siedlungen nicht priorisiert werden und weniger Ressourcen erhalten als jüngere, arbeitsfähige Bewohner bei guter Gesundheit. In Siedlungen im Distrikt Ayilo im Norden Ugandas beispielsweise berichtet die Organisation Caritas, dass Programme entwickelt wurden, um Gruppen, die als schutzbedürftig eingestuft wurden, wie ältere Bewohner, behinderte Bewohner und Haushalte mit Kindern, mehr Unterstützung beim Bau von Latrinen zu bieten.
Darüber hinaus wurde ein 2016 U.S. Der Bericht des Außenministeriums über den Menschenhandel warnt davor, dass südsudanesische Kinder in nordugandischen Flüchtlingssiedlungen anfällig für Menschenhandel sein könnten, wobei das UNHCR vermutet, dass Fälle von Menschenhandel bereits unter jungen südsudanesischen Flüchtlingen auftreten. Leider kann die zuverlässige Quantifizierung der Zahl der Opfer von Menschenhandel eine Herausforderung sein, da es an wirksamer Überwachung, Korruption, unzureichendem Opferschutz, unterschiedlichen Begriffsdefinitionen und anderen Kontextaspekten mangelt.