En el bar Tarasco en México, un estadounidense llamado Buscemi cuenta la historia de cómo presenció una masacre en otro bar cometida por un mexicano con una funda de guitarra llena de armas. Los clientes del bar no están interesados hasta que Buscemi menciona el nombre «Bucho». Mientras tanto, El Mariachi tiene un sueño de su encuentro con Moco, el subordinado de Bucho, quien mató a su amante y le disparó en la mano izquierda. Es despertado por Buscemi, quien le dice que continúe su búsqueda de Bucho en el bar.
El Mariachi conoce a un niño, cuyo padre supuestamente toca la guitarra para ganarse la vida. Le da al chico algunos consejos. En el bar Tarasco, El Mariachi se involucra en un tenso enfrentamiento con los matones de Bucho antes de que estalle un tiroteo masivo. Mata a todos en el bar, pero Tavo, que estaba en un cuarto trasero realizando negocios ilegales, sobrevive y lo sigue afuera. En la calle, Tavo hiere a El Mariachi antes de suicidarse. Carolina, la mujer a la que El Mariachi protege de las balas de Tavo, lo lleva a su librería. Bucho llega al bar para inspeccionar la carnicería. Paranoico, Bucho ordena a sus hombres que busquen al hombre «vestido de negro».
En la librería, Carolina atiende las heridas de El Mariachi. Mientras descansa, ella descubre las armas en su funda de guitarra y se da cuenta de quién es. El Mariachi le pide que lo ayude a encontrar a Bucho. Va a la iglesia de la ciudad y habla con Buscemi. Molesto por la masacre en el bar, Buscemi convence a El Mariachi de renunciar a su búsqueda de sangre. Fuera de la iglesia, un hombre armado con cuchillos arrojadizos emboscadas de ellos, mata Buscemi y gravemente heridas El Mariachi. Los hombres de Bucho llegan a la escena, confunden al hombre (que se viste de negro) con El Mariachi y lo matan. Llevan el cuerpo de vuelta a Bucho, quien se da cuenta de que han matado a la persona equivocada, un sicario llamado Navajas enviado por los colombianos para matar a El Mariachi.
Mientras El Mariachi deambula por las calles, conoce al chico con la guitarra. Se entera de que el niño está siendo utilizado por su padre para mulas de drogas escondidas en su guitarra. Se enfrenta con enojo al niño, quien le dice que la mayoría de la gente del pueblo trabaja para Bucho. El Mariachi regresa a Carolina y se entera de que Bucho pagó para construir su librería como otra fachada para su tráfico de drogas. Inesperadamente, Bucho le hace una visita, y a toda prisa esconde El Mariachi. Finge ignorancia de la conmoción en la ciudad, y Bucho se va. Carolina termina de coser las heridas de El Mariachi. Esa noche, Carolina le da a El Mariachi una guitarra nueva, él toca para ella antes de que hagan el amor apasionado. Mientras tanto, Bucho se da cuenta de que Carolina le mintió.
Por la mañana, los hombres de Bucho llegan y los atacan mientras incendian la librería. Los dos luchan para salir del edificio en llamas y llegar a una azotea local, donde El Mariachi tiene un tiro claro contra Bucho, pero inexplicablemente elige no intentar matarlo. Los dos se refugian en una habitación de hotel.
Bucho reúne a sus hombres y les dice que maten a cualquiera que vean en la ciudad que no conozcan. Al darse cuenta de que Bucho nunca dejará de cazarlos, El Mariachi llama a sus amigos Campa y Quino para que los ayuden. El trío se encuentra en las afueras de la ciudad y se encuentra con los matones de Bucho. Se produce un tiroteo masivo, y la mayoría de los matones de Bucho, junto con Campa y Quino, mueren. El Mariachi ve al niño herido en el fuego cruzado y lo lleva a un hospital.
El Mariachi y Carolina se dirigen al complejo de Bucho para enfrentarse a él directamente. Luego se revela que Bucho y El Mariachi son hermanos. Bucho se ofrece a dejar ir a El Mariachi si lo deja matar a Carolina. El Mariachi mata a su hermano, luego dispara a sus secuaces restantes. Los dos visitan al niño en el hospital, y El Mariachi se va por su cuenta. Carolina lo alcanza en la carretera y lo recoge, con El Mariachi inicialmente dejando sus armas a un lado de la carretera. Los dos se alejan juntos, pero en breve regresan y recogen la funda de la guitarra llena de armas por si acaso.