Marruecos era un protectorado francés, y gobernado por el gobierno de Vichy, aunque el Sultán de Marruecos era el gobernante oficial. No estaban muy involucrados en la guerra, los franceses eran más bien delgados en el terreno, y Argelia era su principal posesión en el norte de África, mientras que los marroquíes tenían poco interés en la guerra, y resentían el protectorado francés.
En agosto de 1941, el Gobierno francés de Vichy promulgó leyes que discriminaban a los judíos marroquíes. Estableció cuotas en el número de médicos y abogados judíos, expulsó a los estudiantes de las escuelas francesas y obligó a muchos judíos que vivían en los barrios europeos a mudarse a los mellahs (barrios judíos tradicionales).
El Sultán marroquí, Mohammed V, dijo a los líderes judíos que, en su opinión, las leyes de Vichy que singularizaban a los judíos eran incompatibles con la ley marroquí. Creía que los judíos debían ser tratados en pie de igualdad con los musulmanes. Hizo hincapié en que la propiedad y la vida de los judíos permanecían bajo su protección. Debido a su firme postura, los administradores de Vichy no implementaron enérgicamente las leyes y regulaciones discriminatorias.
Cuando los aliados desembarcaron en 1942, el gobierno de Vichy se rindió después de tres días. En la conferencia de Casablanca de enero de 1943, el Presidente Roosevelt, Winston Churchill, el General de Gaulle, el General Noguès (comandante de Vichy de las tropas francesas en Marruecos y General Residente del protectorado) se reunieron con el sultán Mohammed V y su hijo Moulay Hassan. El sultán causó una buena impresión en Roosevelt, y seis meses después Roosevelt, Churchill y el Sultán tuvieron una reunión sin presencia francesa. Roosevelt pidió al Sultán su opinión sobre el Protectorado francés, y el Sultán respondió que lo consideraba un colonialismo opresivo, y que su objetivo era liberar a su país, y que había un creciente movimiento de independencia en el país. Sin embargo, cumpliría con su promesa de apoyar a los franceses hasta que se ganara la guerra. Roosevelt respondió que tenía confianza en el futuro independiente del país, que el Sultán vio como una declaración americana de apoyo a un Marruecos independiente, y que dio al movimiento de independencia un gran impulso.
El general Noguès, que se enteró de la reunión, estaba preocupado y trató de aislar al Sultán aliando a su estrecho partidario El Ayadi, que era uno de los señores feudales más poderosos de Marruecos, con el otro poderoso señor supremo, T’hami el Glaoui, que era un firme partidario de los franceses. Esto resultó difícil, ya que El Ayadi y T’hami El Glaoui no se hablaban. Finalmente, los franceses arreglaron un matrimonio entre las dos familias. Para entonces, el general Noguès ya había sido destituido de su cargo por el gobierno francés. Aunque se oponían en sus objetivos, el general Noguès y el Sultán habían formado una estrecha amistad personal, y ambos lloraron cuando vino a visitar al Sultán por última vez.
En 1944, bajo Gabriel Puaux, sucesor del general Noguès, habría disturbios, arrestos de líderes del movimiento independentista y medidas represivas por parte de los franceses. Después de la guerra, habría levantamientos y represiones, T’hami El Glaoui descendería dos veces de sus fortalezas de Atlas con sus fuerzas para amenazar Casablanca, y Mohammed V se vería obligado a exiliarse. Pero los franceses reconocieron que no podían aferrarse a Marruecos en contra de los sentimientos locales e internacionales, y en 1956 el país se independizó, y T’hami El Glaoui se sometió a su archienemigo el Sultán, muriendo de cáncer poco después.