Algeria oli suoran sotilashallinnon alla useita vuosia, jonka aikana puolue pysyi hallituksen vastustajana sodan ensimmäisen osan ajan, erityisesti vuonna 1995 allekirjoittaen Sant ’ Egidio-foorumin, joka oli hyvin kriittinen sotilaallista perustamista kohtaan. Sisäisten valtataistelujen ja johtajavaihdoksen jälkeen se palasi tukemaan presidenttiyttä. Muodollisen demokratian palauttamisen jälkeen FLN ei aluksi onnistunut saamaan merkittävää asemaansa takaisin; vuoden 1997 parlamenttivaaleissa se nousi kolmanneksi suurimmaksi puolueeksi saaden 14% äänistä ja saaden 69 paikkaa 231: stä. Se sai kuitenkin murskavoiton vuoden 2002 vaaleissa saaden 199 paikkaa 389: stä.
puolue asetti Ali Benflisin ehdokkaakseen vuoden 2004 presidentinvaaleihin. Hän sijoittui toiseksi istuvan Abdelaziz Bouteflikan jälkeen, mutta sai vain 6,4% äänistä. Vuonna 2005 FLN muodosti Presidential Alliancen National rally for Democracyn (RND) ja Movement of Society for Peace-liikkeen (MSP) kanssa.
vuoden 2007 parlamenttivaaleissa FLN kutistui 163 paikkaan, vaikka FLN: n Abdelaziz Belkhadem pysyi pääministerinä. Bouteflika oli puolueen ehdokas vuoden 2009 presidentinvaaleissa, jotka hän voitti 90% äänistä.
vuonna 2012 MSP erosi Presidentillisestä allianssista ja liittyi vihreän Algerian allianssiin. Siitä huolimatta FLN pysyi vuoden 2012 parlamenttivaalien jälkeen suurimpana puolueena saaden 208 paikkaa 462: sta. Bouteflika valittiin uudelleen FLN: n ehdokkaaksi vuoden 2014 presidentinvaaleissa saaden 82% äänistä. Iäkästä ja sairasta Bouteflikaa pidetään yleisesti pelkkänä keulahahmona sille, mitä algerialaiset ovat usein kuvailleet ”hämäräksi” ryhmäksi kenraaleja ja tiedustelu-upseereita, jotka tunnetaan kollektiivisesti nimellä le pouvoir (”valta”) ja joiden yksittäisiä jäseniä kutsutaan décideureiksi The Economist-lehden mukaan vuonna 2012 ”maan mahtavin mies voi olla Mohamed Mediène, joka tunnetaan nimellä Toufiq, joka on johtanut sotilastiedustelua kahden vuosikymmenen ajan”. Kenraali Mohamed Mediène, sotilastiedustelun päällikkö vuosina 1990-2015, tunnettiin johtavana décideurina le pouviorissa ja salailustaan The Economistin raportoidessa 21.syyskuuta 2013: ”huolimatta hänen johtavasta roolistaan islamilaisten militanttien kukistamisessa raa’ assa sisällissodassa vuosina 1991-2000, ja hänen vähemmän julkisesta roolistaan kuninkaantekijänä pouvoirissa, kenraali Medienen kasvot ovat edelleen tuntemattomat; sanotaan, että jokainen, joka on nähnyt sen, kuolee pian sen jälkeen.”13. syyskuuta 2015 ilmoitettiin, että Mediène jää eläkkeelle ja presidentti Bouteflika oli nimittänyt kenraali Athmane Tartagin hänen seuraajakseen. Mediènen erottamista pidettiin pitkän ”kulissien takaisen valtataistelun” huipentumana Bouteflikan kanssa, jolloin tämä jätti tämän täysin johtoon ja antoi hänelle enemmän valtaa päättää omasta seuraajastaan.
vuoden 2017 parlamenttivaaleissa FLN voitti 164 paikkaa 462: sta ja menetti näin 44 paikkaa; rnd: n (joka voitti 100 paikkaa) hyvien suoritusten ansiosta presidentillinen Allianssi pystyi kuitenkin säilyttämään parlamentaarisen enemmistön ja jatkamaan maan hallitsemista.
suhde juutalaiseen Algerianseditiin
Algerian juutalaiset saivat Ranskan kansalaisuuden vuonna 1870 alkaneella siirtomaakaudella, kun taas ranskalaiset eväsivät muslimeilta kansalaisuuden. Algerian juutalaiset nähtiin välikätenä Ranskan ja muslimien välisille suhteille, mutta kansalaisuuden puute muslimien puolesta loi jännitteitä näiden kahden ryhmän välille. Algerian sodan aikana juutalaiset kokivat, että heidät pakotettiin valitsemaan puolensa; he olivat joko algerialaisia ja taistelivat FLN: n kanssa itsenäisyydestä, tai he olivat ranskalaisia ja taistelivat ranskalaisten kanssa pitääkseen Algerian siirtomaana. Algerian sodan alussa FLN tarjosi juutalaisille mahdollisuutta liittyä heidän pyrkimyksiinsä, ja vastineeksi juutalaiset saisivat Algerian kansalaisuuden Algerian itsenäistyessä. Suurin osa Algerian juutalaisista asettui Ranskan hallituksen puolelle FLN: n ja heidän tukijoidensa suureksi tyrmistykseksi. Sodan aikana Algerian juutalaisista alkoi tuntua siltä kuin FLN olisi kohdistanut iskunsa Algeriassa asuvien ranskalaisten lisäksi juutalaisiin. Tämä johti siihen, että juutalaisten ja muslimien väliset jännitteet alueella kasvoivat. Sodan jälkeen Algerian kansalaisuus ulotettiin vain muslimeihin, joiden isät ja isoisät olivat muslimeja FLN: n itsenäistyessä Ranskan hallituksesta. Algerian juutalaisia ei enää pidetty Algerialaisina, mutta he säilyttivät silti Ranskan kansalaisuuden. Ranskan kansalaisuuden myötä suurin osa Algerian juutalaisista päätti muuttaa Ranskaan, pieni joukko juutalaisia päätti muuttaa Israeliin ja vielä pienempi joukko juutalaisia päätti jäädä Algeriaan FLN: n vallan alle.