poliittisesti hän valvoi useita keisarien ja kuninkaiden välisiä konflikteja sekä Paavivaltioiden laajentumista. Hän vaikutti osaltaan siihen, että valtakunnat omaksuivat hänen oman maallisen valtansa. Hän käytti diplomaattisia keinoja ja suurta oveluutta saadakseen aikaan toivotut päämäärät useissa arkaluontoisissa, poliittisissa tilanteissa.
vaikka 1200—luvun paaviuden vaatimukset näyttävät meistä 2000—luvulla ensisijaisesti poliittisilta-ja Innocentin lukemattomat saavutukset tällä areenalla ovat loputtomia-on luultavasti totta, että meille katolista uskoa tunnustaville hänen hengellisillä saavutuksillaan on pysyvämpi arvo.
vuonna 1215 Innocentius III kutsui koolle neljännen Lateraanikonsiilin. Merkittävää hänen omalla aikakaudellaan oli Albigenssien harhaopin tuomitseminen Etelä-Ranskassa ja muut tämän ajan harhaoppiset kysymykset. Kirkolliskokous kannusti oppimaan, mikä oli ymmärrettävä lahja paavilta, jolla oli tällainen älyllinen kyky. Neuvosto kehotti maallisia valtoja auttamaan harhaoppien kitkemisessä. Merkittävä jopa meidän aikanamme oli määritelmä, joka annettiin todelliselle läsnäololle ehtoollisessa, transsubstantiaatiolle. Kirkolliskokous määräsi myös, että kaikkien katolilaisten on saatava ehtoollinen pääsiäisaikaan.
synkempänä asiana neuvosto vaati, että kristittyjen yhteiskuntien muslimit ja juutalaiset tunnistettaisiin erottuvin merkein heidän vaatteissaan—päätöksen tiedetään vaikuttaneen kauaskantoisesti 1900-luvulla.
tämä ajanjakso oli ristiretkien aikaa ja Innocentius julisti tuhoon päättyneen neljännen ristiretken. Hänen röyhkeä vaatimuksensa ’ristiretkestä’ Etelä-Ranskan Albigensseja vastaan on edelleen vitsaus hänen paaviudelleen. Nämä Manikealaiset harhaoppiset olivat asettuneet Välimeren rannoille, alueelle, joka ulottui Pohjois-Espanjasta Etelä-Ranskaan ja pieneen osaan Luoteis-Italiaa. Ne olivat erityisen yleisiä Etelä-Ranskassa Langue d’ Oc: n puhujien keskuudessa. Siellä tapahtunut paavin legaatin murha sai Innocentius III: n vaatimaan ristiretkeä. Maallisista ja poliittisista kysymyksistä tuli erottamattomia puhtaasti uskonnollisista, ja ne alueen kreivikunnat, jotka sietivät Albigenssien läsnäoloa, takavarikoivat heidän maansa ja tuhosivat tehokkaasti heidän sivilisaationsa. Vaikka Innocentius III tuomitsi ristiretkeläisten ylilyönnit, hän oli mitä varmimmin mukana ristiretken suunnittelussa ja paikallisten aatelisten Maiden pakkolunastuksessa.
jos hän ei olisi tehnyt mitään muuta kuin kannustanut Franciscus Assisilaisen ja espanjalaisen Dominic Guzmanin (Pyhä Dominicus) julistamia käskyjä, Innocentius III olisi jättänyt perinnön nykypäivään. Koska se oli, mies, joka valittiin paavinistuimelle, vaikka ei vielä pappi (hänet vihittiin kuukausi hänen valintansa) oli poikkeuksellinen vaikutus omana aikanaan saavuttaa enemmän poliittista menestystä kuin kukaan muu paavi siihen mennessä.
Innocentius III kuoli vuonna 1216.
paavin artefakteissa kokoelman vanhin esine on bulla Innocentius III: n paaviudesta.