Avant que la « Rébellion de Virginie » (comme on l’a appelée) ne commence sérieusement en 1674, certains propriétaires de la frontière de Virginie exigent que les Amérindiens, y compris ceux des tribus amies vivant sur des terres protégées par traité, soient chassés ou tués. Le dégoût combiné pour la population indienne de Virginie est un catalyseur très discuté de la rébellion de Bacon, car la rébellion portait tout autant sur les « Indiens violents » et « cette haine » que sur la politique frontalière britannique. Ils ont également protesté contre la corruption au sein du gouvernement du gouverneur Berkeley, qui a été décrit comme « incorrigiblement corrompu, inhumainement oppressif et inexcusablement inefficace, en particulier en temps de guerre ».
Avant la Rébellion de Bacon, les guerres Anglo-Powhatanes ont institué la séparation hiérarchique distincte et l’égoïsme entre les Indiens et les Virginiens qui finiraient par servir de base à la soumission des Indiens pendant la Rébellion de Bacon. À la suite d’un raid mené par des Indiens Doeg dans le comté de Stafford, en Virginie, au cours duquel ont été tués deux hommes blancs associés à un commerçant nommé Mathews (que des rapports plus tard ont trouvé régulièrement des Indiens « trompés et maltraités »), un groupe de miliciens de Virginie a attaqué des colonies de la tribu Susquehannock, au lieu de la tribu Doeg, y compris certaines de l’autre côté du fleuve Potomac dans le Maryland. Le gouverneur du Maryland Calvert protesta contre l’incursion et les Susquehannocks ripostèrent. La milice du Maryland rejoint alors les forces de Virginie et attaque un village fortifié de Susquehannock. Après que cinq chefs eurent accepté l’invitation du chef du Maryland à parler, ils furent massacrés, ce qui provoqua plus tard des enquêtes législatives et des réprimandes. Les Susquehannocks ripostent en force contre les plantations, tuant 60 colons dans le Maryland et 36 autres lors de leur premier assaut sur le sol de la Virginie. Puis d’autres tribus se sont jointes à eux, tuant des colons, brûlant des maisons et des champs et abattant du bétail jusqu’aux rivières James et York.
Cherchant à éviter un conflit plus vaste similaire à la guerre du roi Philippe en Nouvelle-Angleterre, Berkeley préconisa l’endiguement, proposant la construction de plusieurs fortifications défensives le long de la frontière et exhortant les colons frontaliers à se rassembler dans une posture défensive. Les colons de la frontière rejetèrent le plan comme coûteux et inadéquat, et soupçonnèrent également qu’il pourrait servir de prétexte pour augmenter les taux d’imposition.
Entre-temps, Bacon, dont le surveillant d’une plantation de la James River avait été tué par des pillards indiens, est devenu un chef rebelle. Lorsque Berkeley refuse d’accorder à Bacon une commission militaire pour attaquer tous les Indiens, Bacon rassemble sa propre force de 400 à 500 hommes et remonte la rivière James pour attaquer les tribus Doeg et Pamunkey. Bien que tous deux aient généralement vécu en paix avec les colons et n’aient pas attaqué les colonies frontalières, leurs terres cultivées étaient précieuses.
En mars, Berkeley avait tenté d’obtenir des guerriers de la tribu Pamunkey pour combattre des tribus hostiles conformément aux traités antérieurs. La reine Pamunkey Cockacoeske a rappelé avec passion au Conseil du gouverneur la mort il y a 20 ans de son mari et de 100 guerriers qu’ils avaient fournis dans une situation similaire. Le président avait ignoré sa plainte, et a plutôt continué à exiger plus de guerriers, recevant une promesse en échange d’en fournir une douzaine. Berkeley arrête Bacon et le retire du conseil, mais les hommes de Bacon obtiennent rapidement sa libération et forcent Berkeley à organiser des élections législatives. Pendant ce temps, les hommes de Bacon continuèrent leur offensive contre les Pamunkeys, qui s’enfuirent dans Dragon Swamp. Lorsque l’ami Occoneechee réussit à capturer un fort de Susquehannock, les forces de Bacon exigent tout le butin, bien qu’elles n’aient pas participé aux combats. Ils ont ensuite attaqué l’Oconeechee par trahison, tuant des hommes, des femmes et des enfants.
Malgré le statut de hors-la-loi de Bacon, les électeurs du comté de Henrico l’ont élu à la Chambre recomposée des Bourgeois. Cet organe a adopté un certain nombre de réformes radicales, limitant les pouvoirs du gouverneur et rétablissant le droit de vote aux hommes libres sans terre. Ils ont également rendu la vente d’armes à n’importe quel Indien passible de la peine de mort. Les partisans de Bacon ne furent pas inquiétés, accusant Berkeley de refuser d’autoriser des représailles contre les indigènes pour protéger ses propres investissements dans le commerce des fourrures et les monopoles qu’il avait accordés à ses favoris. Après un certain nombre d’altercations verbales, dont une querelle dans une rue de Jamestown, Berkeley se retira dans sa plantation et signa la commission militaire demandée par Bacon. En conséquence, les scouts entreprirent de réquisitionner des vivres, de tuer et d’asservir des Indiens, ce qui provoqua les protestations des citoyens du comté de Gloucester qui étaient soumis aux exactions de la milice. Les forces de Bacon se retirent à Middle Plantation (rebaptisée plus tard Williamsburg).
Le 30 juillet 1676, Bacon et son armée improvisée publièrent une Déclaration du peuple, qui critiquait l’administration de Berkeley, l’accusant de percevoir des impôts injustes, de nommer des amis à des postes élevés et de ne pas protéger les agriculteurs périphériques des attaques indiennes. Ils ont également publié un « Manifeste » exhortant à l’extermination de tous les Indiens, affirmant qu’ils ne méritaient pas de protections légales car ils « ont depuis de nombreuses années des ennemis du Roi et du Pays, des Voleurs et des Voleurs et des Envahisseurs du Droit de sa Majesté et de nos Intérêts et de notre Succession ». Des mois de conflit s’ensuivent, y compris une tentative navale à travers le Potomac et dans la baie de Chesapeake par les alliés de Bacon pour capturer Berkeley à Accomac. Bacon lui-même s’est concentré sur le Pamunkey dans Dragon Swamp; ses forces s’emparèrent de 3 cargaisons de chevaux, réduisirent en esclavage 45 Indiens et en tuèrent beaucoup d’autres, incitant la reine Cockacoeske (qui s’échappa de peu avec son fils) à se jeter à la merci du Conseil du gouverneur. Berkeley leva sa propre armée de mercenaires sur la côte est, captura également les alliés navals de Bacon et exécuta les deux chefs. Les forces de Bacon se retournèrent alors contre la capitale de la colonie, incendiant Jamestown le 19 septembre 1676.
Avant l’arrivée d’une escadre navale anglaise, Bacon meurt de dysenterie le 26 octobre 1676. Bien que John Ingram ait pris le contrôle des forces rebelles, la rébellion s’est rapidement effondrée. Le gouverneur Berkeley est revenu au pouvoir, s’emparant des biens de plusieurs rebelles et pendantant finalement vingt-trois hommes, dont beaucoup sans procès. Après qu’un comité d’enquête a rendu son rapport au roi Charles II, critiquant Berkeley et Bacon pour leur conduite envers les tribus amies, Berkeley a été relevé du poste de gouverneur, est retourné en Angleterre pour protester et est décédé peu de temps après. Charles II aurait dit plus tard: « Ce vieil imbécile a mis à mort plus de gens dans ce pays nu que moi ici pour le meurtre de mon père. »Il s’agit peut-être d’un mythe colonial, apparu environ 30 ans plus tard.