miért a lizin rövidítése ' K'? [duplikátum]

6993 és mtsai. elsőként tettek közzé egy konkrét egybetűs rövidítési rendszert, a fehérjéken. LXIII. a fehérjék láncaiban alacsonyabb struktúrák gyűlnek össze. Cseh. Kémia. Kommun. 1961, 26, 531-578.

ebben a kiadványban Hans Neurath egy korábbi, korábban nem publikált rendszere is megjelent.

ha gyakorlati szimbólumokat kell javasolni, azoknak meg kell felelniük a következő követelményeknek: l) a fehérjeszerkezetekben előforduló aminosavak 23 különböző egybetűs szimbólumát kell kiválasztani, (2) csak olyan egyszerű szimbólumokat kell használni, amelyek jelenleg a nyomdákban hozzáférhetők, és amelyek közös írógéppel írhatók, (3) a szimbólumoknak lehetőséget kell kínálniuk arra, hogy kifejezzék, hogy a szekvencia kötése meghatározott-e, vagy pedig eddig meghatározatlan-egyetlen betűn belül, és (4) a szimbólumok használatának nemzetközi alkalmazhatóságúnak kell lennie.

a számok használatát az (1) követelmény, a görög vagy más nem gyakori betűk és szimbólumok használatát pedig a (2) követelmény kizárja. Úgy tűnik, hogy a legmegfelelőbb mód a Latin ábécé közös betűinek használata, amely megfelel a (4) követelménynek, és lehetővé teszi a (3) szerinti megkülönböztetést meghatározott és meghatározatlan szekvenciák között nagybetűk vagy kisbetűk kiválasztásával. A peptidlánc meghatározott szekvenciájának kifejezésére javasoljuk a VIII. táblázat szerinti nagybetűk használatát, továbbá kisbetűk elhelyezését azokon a helyeken, ahol eddig zárójeleket és vesszőket használtak. Szimbólumaink az aminosavak angol nevéből származnak. Mivel azonban az azonos betűk általában megismétlődnek a nevek elején, ezeket nem lehetett következetesen felhasználni szimbólumainkban. A név első két betűjének kétbetűs szimbólumait (pl. glutaminsav, glutamin, glicin)tartalmazó alapos rendszert sem lehetett összeállítani; ráadásul ez ellentétes lenne az egybetűs szimbólumok tervezett rendszerével. Ezért kompromisszumot kötöttünk, és az első betűket csak bizonyos esetekben (aszparatsav, glutaminsav, cisztin (fél), hisztidin, metionin, prolin, szerin, triptofán, valin), sok más esetben a helyesírásból (ala-l, arg – r, lys – i, leu – u, ileu – w, phe – F) vagy a grafikus ábrázolásból (glu – g, glu(NH$_2$) – q) származó jellegzetes szimbólumokat választottuk.

a “Q” – t elsőként a glutaminra használták. (Neurath ” E ” – t használt mind a glutamin, mind a glutaminsav esetében.)

Neurath “O” – t használt a lizinhez, míg az “I” – t az ” I ” – hez.

az IUPAC általi kiválasztásig egyetlen egységes rendszert sem használtak.

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.

More: