Come scrivere i tuoi metodi

Garantire comprensione, riproducibilità e replicabilità

Cosa dovresti includere nella sezione metodi e quanti dettagli sono appropriati?

Perché i metodi contano

La sezione metodi era una volta la parte più probabile di un documento per essere ingiustamente abbreviata, eccessivamente riassunta, o addirittura relegata a sezioni difficili da trovare del sito web di un editore. Mentre alcune riviste possono responsabilmente includere elementi più dettagliati dei metodi in sezioni supplementari, il movimento per una maggiore riproducibilità e rigore nella scienza ha ripristinato l’importanza della sezione metodi. I metodi sono ora visti come un elemento chiave per stabilire la credibilità della ricerca riportata, insieme alla disponibilità aperta di dati e risultati.

Una sezione di metodi chiari influisce sulla valutazione editoriale e sulla comprensione dei lettori, ed è anche la spina dorsale della trasparenza e della replicabilità.

Ad esempio, il progetto di riproducibilità: Il progetto di biologia del cancro è stato avviato nel 2013 per replicare esperimenti da 50 documenti di cancro di alto profilo, ma ha rivisto il loro obiettivo a 18 documenti una volta capito quanto dettaglio metodologico non fosse contenuto nei documenti originali.

Cosa includere nella sezione metodi

Ciò che includi nelle sezioni metodi dipende dal campo in cui ti trovi e dagli esperimenti che stai eseguendo. Tuttavia, il principio generale in vigore nella maggior parte delle riviste è riassunto bene dalle linee guida di PLOS ONE: “La sezione Materiali e metodi dovrebbe fornire dettagli sufficienti per consentire agli investigatori adeguatamente qualificati di replicare completamente il tuo studio.”Le enfasi qui sono deliberate: i metodi dovrebbero consentire ai lettori di capire la tua carta e replicare il tuo studio. Tuttavia, non c’è bisogno di andare nel livello di dettaglio che un laico richiederebbe-l’attenzione è sul lettore che è anche addestrato nel tuo campo, con le competenze e le conoscenze adeguate per tentare una replica.

Un principio costante di scienza rigorosa

Una sezione metodi che consente ad altri ricercatori di comprendere e replicare i risultati è un principio costante di scienza rigorosa, trasparente e aperta. Obiettivo di essere approfondita, anche se un particolare giornale non richiede lo stesso livello di dettaglio . La riproducibilità è tutta nostra responsabilità. Non è possibile creare problemi superando uno standard minimo di informazioni. Se un giornale ha ancora limiti di parole-sia per l’articolo complessivo che per sezioni specifiche—e richiede che alcuni dettagli metodologici siano in una sezione supplementare, va bene purché i dettagli aggiuntivi siano ricercabili e trovabili.

Immagina di replicare il tuo lavoro, anni nel futuro

Come parte della presentazione di PLOS su Riproducibilità e Open Publishing (parte della serie di riproducibilità di UCSF) ti consigliamo di pianificare il livello di dettaglio nella sezione metodi immaginando che stai scrivendo per il tuo sé futuro, replicando il tuo lavoro. Se si considera che si potrebbe essere in un istituto diverso, con diversi account di accesso, applicazioni, risorse e livelli di accesso—si può aiutare a immaginare il livello di specificità che voi stessi richiederebbe per rifare l’esperimento esatto. Considera:

• Quali dettagli avresti bisogno di essere ricordato?
• Quale linea cellulare, o anticorpo, o software o reagente hai usato e ha un Research Resource ID (RRID) che puoi citare?
• Quale versione di un questionario hai utilizzato nel tuo sondaggio?
• Esattamente quale stimolo visivo hai mostrato ai partecipanti ed è disponibile al pubblico?
• Quali partecipanti hai deciso di escludere?
• Quale processo hai regolato, durante il tuo lavoro?

Gli ausili visivi per i metodi aiutano quando si legge l’intero documento

Considerare se una rappresentazione visiva dei metodi potrebbe essere appropriata o aiutare a comprendere il processo. Un lettore di riferimento visivo può facilmente tornare a, come un diagramma di flusso, albero decisionale, o lista di controllo, può aiutare i lettori a capire meglio l’articolo completo, non solo la sezione metodi.

Considerazioni etiche

Oltre a descrivere ciò che hai fatto, è altrettanto importante assicurare ai lettori che hai anche seguito tutte le linee guida etiche rilevanti quando conduci la tua ricerca. Mentre gli standard etici e le linee guida di reporting sono spesso presentati in una sezione separata di un documento, assicurati che i tuoi metodi e protocolli seguano effettivamente queste linee guida. Per saperne di più su etica.

Standard esistenti, liste di controllo, linee guida, partner

Mentre il livello di dettaglio contenuto in una sezione dei metodi dovrebbe essere guidato dai principi universali della scienza rigorosa sopra delineati, varie discipline, campi e progetti hanno lavorato duramente per progettare e sviluppare standard, linee guida e strumenti coerenti per aiutare a riportare tutti i tipi di esperimenti. Di seguito, troverai alcune delle iniziative chiave. Assicurati di leggere le linee guida di presentazione per il giornale specifico a cui stai inviando, al fine di scoprire eventuali ulteriori politiche specifiche del giornale o del campo da seguire o iniziative/strumenti da utilizzare.

Studi randomizzati controllati – CONSORT
Il progetto Consolidated Standards of Reporting Trials (CONSORT) copre varie iniziative volte a prevenire i problemi di segnalazione inadeguata di studi randomizzati controllati. L’iniziativa principale è un insieme minimo basato sull’evidenza di raccomandazioni per la segnalazione di studi randomizzati noti come Dichiarazione CONSORT.

Revisioni sistematiche e meta-analisi – PRISMA
Gli elementi di segnalazione preferiti per revisioni sistematiche e meta-analisi (PRISMA) è un insieme minimo basato sull’evidenza di elementi focalizzati sulla segnalazione di recensioni che valutano studi randomizzati e altri tipi di ricerca.

Ricerca sugli animali – ARRIVE
La ricerca sugli animali: segnalazione di esperimenti in Vivo (ARRIVE) le linee guida incoraggiano a massimizzare le informazioni riportate nella ricerca sugli animali riducendo al minimo gli studi non necessari. (Studio originale e proposta, e linee guida aggiornate, in PLOS Biology.)

Protocolli di laboratorio
Protocols.io ha sviluppato una piattaforma specifica per la condivisione e l’aggiornamento dei protocolli di laboratorio, ai quali sono assegnati i propri DOI e che possono essere collegati da sezioni metodologiche di paper per migliorarne la riproducibilità.

Reporting coerente di materiali, progettazione e analisi – la lista di controllo MDAR
Un gruppo cross-publisher di editori ed esperti ha sviluppato, testato e implementato una lista di controllo per aiutare a stabilire e armonizzare gli standard di reporting nelle scienze della vita. La lista di controllo, che è disponibile per l’uso da parte degli autori per compilare i loro metodi, e gli editori/revisori per verificare i metodi, stabilisce un insieme minimo di requisiti in relazione trasparente ed è adattabile a qualsiasi disciplina all’interno delle scienze della vita, coprendo un’ampia gamma di elementi e considerazioni metodologiche potenzialmente rilevanti. Se sei nelle Scienze della vita e scrivi la sezione metodi, prova a lavorare attraverso la lista di controllo MDAR e vedi se ti aiuta a includere tutti i dettagli rilevanti nei tuoi metodi e se ti ha ricordato qualcosa che potresti aver perso altrimenti.

Suggerimenti di scrittura sommari

La sfida principale che potresti trovare quando scrivi i tuoi metodi è mantenerlo leggibile E coprire tutti i dettagli necessari per la riproducibilità e la replicabilità. Anche se questo è difficile, non scendere a compromessi su standard rigorosi per la credibilità!

Do

• Tieni presente la replicabilità futura, oltre alla comprensione e alla leggibilità.
• Segui le liste di controllo e le linee guida specifiche per campi e riviste.
• Considera un impegno per una scienza rigorosa e trasparente una responsabilità personale, e non solo aderire alle linee guida della rivista.
• Stabilire se esistono identificatori persistenti per le risorse di ricerca utilizzate che possono essere specificamente citate nella sezione metodi.
• Depositare i protocolli di laboratorio in Protocols.io, stabilendo un collegamento permanente a loro. Puoi aggiornare i tuoi protocolli in un secondo momento se li migliori, così come i futuri scienziati che seguono i tuoi protocolli.
• Considera aiuti visivi come diagrammi di flusso, elenchi, per aiutarti a leggere altre sezioni del documento.
• Sii specifico su tutte le decisioni prese durante gli esperimenti che qualcuno che riproduce il tuo lavoro avrebbe bisogno di sapere.

Non

• Riassumere o abbreviare i metodi senza fornire tutti i dettagli in una sezione supplementare rilevabile.
• Presumo che sarai sempre in grado di ricordare come hai eseguito gli esperimenti, o avere accesso a taccuini e risorse private o istituzionali.
• Tentativo di nascondere vincoli o decisioni non ottimali che dovevi prendere-la trasparenza è la chiave per garantire la credibilità della tua ricerca.