手術後に子宮内膜症が戻ってくる（再発する）かどうかは、三つの要因に依存する:
- 手術時の重症度
- 手術で病変がどのように完全に除去されたか
- 術後の医学的抑制療法が使用されたかどうか
手術後に現れる病変は、新規 あなたの医者はあなたの病気が戻ってきたか、進行しているかどうかを伝えるために、このような理由から、それは困難な場合があります。 多くの研究はまた、新しい疾患の徴候として患者の症状を報告している。
最新の研究では、保存的手術後5年以内に子宮内膜症が20%から40%の割合で再発することが示されています。 外科の後の経口避妊薬、他の抑制的なホルモン性療法、またはプロゲステロンの内部の子宮装置(IUD)の使用は苦痛の徴候の再発を減らすために示され 進行した再発性子宮内膜症および不妊症を有する女性では、ある研究では、別の外科的処置ではなく、体外受精（IVF-ET）による妊娠率が高いことが示された。 不妊の患者の苦痛を取り除くと外科か医学療法は考慮されるかもしれません。
卵巣の除去の有無にかかわらず子宮の外科的除去（子宮摘出術）（両側卵巣摘出術）は、子供を出産した患者の骨盤痛または近くの腫瘤に関連する子宮内膜症を治療するためにしばしば使用される。
最近のフォローアップ研究では、卵巣の除去の有無にかかわらず、子宮摘出後の症状の再発を調査しました。 彼らの卵巣を保った患者では、女性のより高い割合は彼らの卵巣を取除かれてもらった女性と比較されるそれ以上の外科を必要としました。 しかし、卵巣の除去には重大な副作用が伴う。 したがって、一部の女性では、手術時に正常であれば卵巣を残すことが推奨されます。 卵巣が除去された場合、子宮内膜症の再発に対するエストロゲン療法の有害作用は多くの研究で報告されていない。 なお、2つの最近の調査は卵巣の外科取り外しの後でエストロゲンの取り替え療法の手始めの遅延の利点を示しませんでした。