A conceptual and practical overview of cDNA microarray technology :implications for basic and clinical sciences

Braz J Med Biol Res, oktober 2005, Volume 38 (10) 1543-1552 (Review)

A conceptual and practical overview of cDNA microarray technology:implications for basic and clinical sciences

V. De Mello-Coelho en K. L. Hess

Departamento de Histologia e Embriologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, Brasil

Abstracte
Tekst

Correspondentie en Voetnoten

Abstracte

gen microarray is een innovatieve technologie die helpt de analyse van de expressie van duizenden genen tegelijkertijd. Het gebruik van deze methodologie, die snel evolueert, vereist een combinatie van expertise uit de biologische, wiskundige en statistische wetenschappen. In dit overzicht, proberen wij een overzicht van de principes van cDNA microarray technologie, de praktische zorgen van de analytische verwerking van de verkregen gegevens te verstrekken, de correlatie van deze methodologie met andere methodes van de gegevensanalyse zoals immunohistochemie in weefselmicroarrays, en de toepassing van cDNA microarray op verschillende gebieden van de fundamentele en klinische wetenschappen.

sleutelwoorden: Biotechnologie, cDNA microarray, genuitdrukking, Genomica

genen zijn erfelijke eenheden gevormd door deoxyribonucleïnezuur (DNA) sequenties georganiseerd in chromosomen in de celkern. Het ingewikkelde proces van transcriptie van deze opeenvolgingen resulteert in de generatie van boodschapper ribonucleic zuren (mRNA). Deze mRNA-code voor proteã nen, die uit aminozuren zijn samengesteld, en de aangewezen functie van het gen (1) uitvoeren. Aldus, worden de structurele en functionele eigenschappen van cellen en weefsels bepaald door de gelijktijdige, selectieve, en differentiële uitdrukking van duizenden genen.

sinds het laatste decennium hebben studies met betrekking tot het in kaart brengen van genen, klonen en sequencing belangrijke informatie opgeleverd voor de structurele analyse van afzonderlijke genomen (2,3). De hoeveelheid informatie die uit deze onderzoeken wordt verkregen, vereist een organisatie van de verkregen gegevens. Om aan deze behoefte te voldoen, zijn openbare gegevensbestanden gecreëerd om miljoenen gensequenties en uitgedrukte sequenties-tags (ESTs) op te slaan, die toetreding tot gensequenties toestaan voor analyse van de gelijkenissen en de verschillen tussen genomen van verschillende soorten (4).

structurele studies van genomen hebben talrijke vragen doen rijzen in verband met de functionele en regelgevende kennis van genexpressieprofielen in verschillende celtypen en weefsels van verschillende organismen (3,5,6). De technologie van DNA microarray werd ontwikkeld om de complexe biologische verwerking te bestuderen die verscheidene duizend genen impliceren (7,8). Één dergelijke microarray technologie gebruikt enige bundels of sondes van DNA (oligomers) die op een glasoppervlakte worden gedrukt gebruikend fotolithografie (9). Een andere methodologie van DNA microarray, die de nadruk van het huidige overzicht is, is complementaire microarray technologie van DNA (cDNA) (10). Met deze methodologieën is het mogelijk 1) om gelijktijdig het dynamische expressiepatroon van duizenden genen in cellen of weefsels te vergelijken, 2) om moleculaire verschillen te detecteren tijdens verschillende stadia van cellulaire processen, b.v. differentiatie, proliferatie, en de inductie van apoptose, 3) om transcriptionele verschillen tussen niet-zieke en pathologische aandoeningen te identificeren, 4) om veranderingen in cellen te identificeren als gevolg van een drugrespons, en 5) om nieuwe biomarkers te identificeren voor potentieel gebruik in de diagnose, prognose en klinische therapie van ziekten.

the principles of cDNA microarray technology

een klassieke methodologie die wordt gebruikt voor de detectie en kwantificering van mRNA in een bepaalde cel wordt Northern blot analysis (11) genoemd. Het belangrijkste principe van noordelijke vlekanalyse is de kruising van een radioactief gelabelde gen-specifieke sonde aan mRNA gebonden aan een filter, om te bepalen of dat gen aanwezig is. Een andere methode die wordt gebruikt om uitdrukking van een specifiek gen te ontdekken is de omgekeerde transcriptiepolymerasekettingreactie (RT-PCR). RT-PCR impliceert het gebruik van Gen-specifieke primers en omgekeerde transcriptase om een cDNA opeenvolging aan mRNA samen te stellen. CDNA wordt dan versterkt door veelvoudige rondes van polymerase-bemiddelde transcriptie van dit malplaatje cDNA (12). Er zijn verscheidene types van RT-PCR en nauwkeurigste in termen van kwantificering is de real-time RT-PCR methode, die een geautomatiseerd systeem Bekwaam vereist om fluorescentie te ontdekken die tijdens de RT-PCR reactie wordt veroorzaakt (12). Tijdens RT-PCR, kan de uitdrukking van een bepaald gen worden afgeleid door het te vergelijken met constitutief uitgedrukte genen, ook bekend als “huishouding” genen.

cDNA microarray-technologie, die de genexpressieniveaus van duizenden genen gelijktijdig analyseert, is gebaseerd op dezelfde principes als die voor zowel Northern blot-als RT-PCR-analyses (7,8). Hoofdzakelijk, is cDNA microarray de kruising van duizenden genen van cDNA aan hun overeenkomstige doelstellingen op een spaander of filter. Nochtans, is de huidige uitdaging van deze technologie om de wezenlijke hoeveelheden ruwe numerieke gegevens te analyseren die door de aanwinst van hybridisatiesignalen worden verkregen (13). Computationele en biostatistische analyses zijn nodig om significante gegevens nauwkeurig te verwerken voor de specifieke doelstellingen van het onderzoek (figuur 1).

het produceren van een cDNA microarray matrix

onlangs hebben verscheidene bedrijven cDNA microarray ‘ s ontworpen die zich op specifieke genexpressieprofielsystemen concentreren. Deze matrices zijn commercieel beschikbaar door biotechnologiebedrijven, waaronder SuperArray Bioscience Corporation en Affymetrix, voor gebruik tegen betaalbare prijzen. In deze sectie, proberen wij de basisstappen in de productie van een cDNA microarray matrijs te beschrijven.

de eerste stap voor het produceren van een cDNA-microarray-matrix is selectie en versterking van volledige of gedeeltelijke fragmenten van cDNA-sequenties die worden afgedrukt op substraten, die vervolgens worden gehybridiseerd met doel-cDNA-sequenties (14,15). De meest voorkomende methoden voor het selecteren van sequenties zijn gebaseerd op de volgende bronnen: 1) gendatabanken zoals Unigene, dbEST en GenBank, die informatie geven over de functie van het specifieke gen en de chromosoomlokalisatie; 2) kloon collecties of beschikbare cDNA-sequenties in website homepages van commerciële ondernemingen; 3) op maat gemaakte constructies van cDNA-bibliotheken van doelcellen of weefselmateriaal die eerder gekloond en gesequenced zijn voor EST-identificatie. Zodra geselecteerd, worden de fragmenten van cDNA versterkt door PCR op multiwell-microplaten, gezuiverd door chemische precipitatie, en dan voor kwaliteit en kwantiteit door gelelektroforese onderzocht. De PCR-producten worden gedrukt op een dia of membraan gebruikend een robotic machine, microarrayer. Tijdens de robotdruk, of depositie, van het DNA, ontvangen de capillaire buizen een constante druk en plaatsen het DNA in serie op de dia of het membraan, waardoor een “microarray” ontwerp wordt gecreëerd (16). Verschillende types van substraten, met inbegrip van glasplaatjes en nylon membranen worden voorbehandeld om hun hydrofobe lasten te vergroten, waardoor in een verhoging van de totale hechting van DNA-sequenties aan de substraten (13). Het belangrijkst, wordt het indexeren van gegevens die de plaats van duizenden cDNA klonen bevatten die op de substraten worden gedrukt uitgevoerd door voorzichtige etikettering van elke microplaat gebruikend software die voor gegevensbankanalyse wordt ontworpen. Dit gegevensbestand omvat ook de kloon-identiteit( kloon-ID), de gennaam, de chromosoomlocatie en de genfunctie(s).

hybridisatie van de cDNA-sonde met de doeldna-microarray-matrix

een cruciale factor voor succesvolle hybridisatie van de cDNA-sonde met de doeldna-microarray-matrix is afhankelijk van de kwaliteit van het mRNA uit cellen of weefsels. De contaminanten van het sonderna met genomic DNA, proteã nen, of detergentenresiduen kunnen in vals-positieve/vals-negatieve gegevens resulteren.

het labelen van de sonde tijdens cDNA-synthese door omgekeerde transcriptie van RNA-sequenties hangt af van het type cDNA-microarray dat wordt gebruikt (16). In het algemeen, wanneer de analyse van cDNA microarray wordt uitgevoerd gebruikend nylon membranen als substraat, wordt de proberna radioactief geëtiketteerd door integratie van dctp-P33 nucleotiden tijdens het proces van omgekeerde transcriptie (7). In het geval van een cDNA-microarray die op glazen objectglaasjes wordt gedrukt, worden radioactieve nucleotiden (17) en fluorescerende kleurstoffen met een hoog rendement gebruikt, zoals de cyaninen Cy-3 dUTP en CY-5 dUTP (8). Voor meer informatie over soorten cDNA-microarrays en het hybridisatieproces (7,8,17-20), zie Tabel 1.

analyse-instrumenten voor de identificatie van genexpressiepatronen met behulp van cDNA microarray-technologie

hulpmiddelen voor de analyse van de enorme hoeveelheden gegevens gegenereerd uit cDNA microarrays worden nog steeds ontwikkeld. Momenteel, analyseren de onderzoekers cDNA microarray gegevens gebruikend diverse softwareprogramma ‘ s (21-24). Dit betekent dat er geen enkele methode voor het analyseren van de enorme hoeveelheid gegevens verkregen met behulp van deze technologie. Het gebruik van biostatistical hulpmiddelen is steeds belangrijker geworden in het analyseren van de Betekenis van de profielen van de genuitdrukking.

om een algemeen idee te geven over enkele van de soorten methoden die worden gebruikt om cDNA-microarray-gegevens te analyseren, zullen we stappen beschrijven en bespreken die het analyseproces zouden kunnen hinderen. Van het grootste belang is de validatie van de resultaten door het voltooien van meerdere replicate experimenten. Na acquisitie van de hybridisatiesignalen, worden de substraten visueel onderzocht gebruikend computationele programma ‘ s. In dit geval wordt rekening gehouden met de kwaliteit van de substraten. Bijvoorbeeld, worden de vage vlekbeelden, kleurstofprecipitaten, of steekproeven met sterke achtergrondsignalen gewoonlijk verworpen. Deze analyse is belangrijk om artefacten te elimineren, die kunnen resulteren in de detectie van vals-positieve signalen (16). Verschillende onderzoekers passen de methode van achtergrondaftrek van de kruissignalen toe op de niet-specifieke signalen op de achtergrond. In deze stap, afhankelijk van de gebruikte software, is het mogelijk om achtergrondsignalen af te trekken op de volgende twee manieren: 1) door het rekenkundig gemiddelde of mediaan als gevolg van de signaalintensiteit tussen de positieve signalen van vlekken in het substraat, of 2) door het rekenkundig gemiddelde of mediaan van het niet-specifieke signaal, zoals de signaalintensiteit als gevolg van het directe gebied rond elke vlek die overeenkomt met een specifiek gensignaal. Bij deze twee methoden worden de rekenkundige gemiddelde of mediane waarden afgetrokken van het positieve signaal dat een differentieel uitgedrukt gen vertegenwoordigt (16). De verwerving van positieve signaalintensiteit in roosters van lokalisatie die met behulp van specifieke software worden gecreeerd wordt voltooid in willekeurige waarden die als algoritmen worden bekend. Deze waarden kunnen direct in de gegevensbestandssoftware worden benaderd, die eerder gecatalogiseerde informatie van elk gen bevat dat op het substraat wordt gedrukt.

vanwege de enorme hoeveelheid gelijktijdig geanalyseerde genen en de variabiliteit in alle technische stappen van de cDNA microarray techniek, is het belangrijk om een factor van aanpassing of compensatie te creëren, die wordt gedaan door middel van een data normalisatie proces. Het bestaan van niet-specifieke signalen op de substraten, problemen met betrekking tot kwantiteit of kwaliteit van RNA voorafgaand aan hybridisatie, of variabiliteit in probe integratie van RNA kan allen resulteren in de stoornis van steekproef normalisatie (14,16). Voor verdere betekenisvolle interpretatie van de gegevens voert het normalisatieproces een vergelijkende analyse uit van het rekenkundig gemiddelde van de algoritmen van een individuele groep met een andere, vaak gekozen als een controle (24,25). Er zijn verschillende soorten normalisatie methoden en het selecteren van de meest geschikte methode kan een uitdaging zijn. De reden hiervoor is dat veelvoudige experimentele variabelen vaak de nauwkeurige identificatie van differentieel uitgedrukte genen verhinderen zonder vals-positieve / vals-negatieve resultaten die de evaluatie van de gegevens besmetten. De wiskundige, statistische, en bioinformatische steun is kritiek in dit stadium in cDNA microarray technologie.

normalisatie methoden omvatten: 1) de logaritmische Verhouding van gemeten expressieniveaus tussen verschillende groepen gebaseerd op het gemiddelde, mediaan, mediaan verschillen, of variantie verkregen uit alle positieve signalen op de substraten; 2) regressie-analyse, die wordt beoordeeld door middel van de correlatie coëfficiënt of Euclidian distance, en is gebaseerd op de verdeling vertegenwoordigd door de algoritmes die overeenkomt met het signaal intensiteit in de verschillende monsters van dezelfde groep, en 3) statistische tests zoals de t-test of associatieve analyse, die rekening houden met meerdere gekoppelde vergelijkingen op basis van de belangrijke grens van P < 0,05 t-test drempel betekenis correctie, respectievelijk (25,26). Daarnaast is de lokaal gewogen lineaire regressie (lowess) normalisatie methode, vaak gebruikt voor fluorescente arrays, verantwoordelijk voor afnemende variaties van intensiteit hybridisatie signalen en ruimtelijke locatie van gevlekte cDNA op de dia (27).

na normalisatie is de eenvoudigste methode om verschillen tussen patronen van genexpressie te identificeren, het ratio verschil tussen een monster en de juiste controle te gebruiken. In dit geval wordt een willekeurige limiet vastgesteld en uit deze waarde is het mogelijk om de differentieel uitgedrukte genen te selecteren met behulp van databasesoftware. Bijvoorbeeld, is het mogelijk om een 2-voudige drempel te vestigen om genen met significante veranderingen in uitdrukkingsniveau te identificeren. Tijdens dit proces zullen de genen binnen dit bereik worden geselecteerd en georganiseerd in tabellen in de database. De genen die voldoen aan de selectiecriteria kunnen worden gevisualiseerd vanuit databases met behulp van software die zelforganiserende kaarten toont (28,29). Verder kunnen deze veranderingen in de profielen van de genuitdrukking tussen verschillende groepen in dendrograms worden gevisualiseerd op basis van hiërarchische clustering analyse (25,29,30). In dit geval, worden de genen die neer-geregeld zijn over het algemeen getoond in groen en omhoog-geregelde genen worden over het algemeen getoond in rood. Aangezien het verschil in genregulatie intenser is, zo is zijn respectieve kleur. Softwareprogramma ‘ s om cDNA microarray-gegevens te analyseren zijn beschikbaar via Internet.

het is belangrijk op te merken dat de analyse van genexpressieprofielen verkregen door cDNA microarray-technologie gepaard gaat met duizenden genen die gelijktijdig worden geanalyseerd. Alvorens fysiologische studies van geselecteerde genen te doen, zouden de resultaten van cDNA microarray op RNA-niveau door Noordelijke vlek analyse of real time RT-PCR moeten worden bevestigd (14). Dit elimineert de mogelijkheid van vals-positieve cDNA microarray resultaten toe te schrijven aan Kruis-kruising tussen genen binnen dezelfde genfamilie. De verdere bevestiging wordt ook hoogst geadviseerd op het eiwitniveau, zoals door Westelijke vlekanalyse, cytometry stroom of immunohistochemistry. In deze context, is het momenteel mogelijk om genen op het eiwitniveau te evalueren gebruikend weefselmicroarray analyses (31-33). De analyse van weefselmicroarray is een methode die de evaluatie van tot duizend weefsels tegelijk toestaat gebruikend een specifieke teller. In principe worden kleine kernbiopten van 1 mm of minder geïsoleerd uit afzonderlijke paraffine-ingebedde weefselblokken met een speciaal metalen apparaat of naald, en geplaatst in een ander paraffineblok op een arrayed manier. De voordelen van deze techniek zijn: 1) de economie en het behoud van de originele weefselspecimens die voor biopsie worden verkregen om de reeks te construeren; 2) om technische problemen te vermijden aangezien de reeks in één glasplaatje wordt geconstrueerd, waardoor het wassen en het bevlekken technische processen wordt vergemakkelijkt, en 3) De snelheid om in situ analyse gelijktijdig in verscheidene weefselspecimens tegelijk uit te voeren. Klinisch, is het een krachtige techniek om gezamenlijk met cDNA microarray analyse te gebruiken om nieuwe biomarkers voor potentieel gebruik als kenmerkende, prognostische en therapeutische hulpmiddelen tegen pathologische voorwaarden te identificeren (31,32).

cDNA-microarray-technologie: toepassingen en perspectieven

in termen van toepassing leidt cDNA microarray technologie tot de identificatie van specifieke genen en stelt onderzoekers in staat om de profielen van genexpressie in normale versus pathologische omstandigheden in verschillende organismen te vergelijken. In fundamentele wetenschap, is cDNA microarray gebruikt om de rol van verscheidene genen betrokken bij cellulaire processen, zoals cellulaire differentiatie, door de vergelijking van de patronen van de genuitdrukking tussen normale en transfected celculturen, bijvoorbeeld (34) te identificeren. Vele onderzoeksgroepen hebben cDNA microarray technologie gebruikt om verschillende types van kanker evenals de pathogenese van besmettelijke ziekten (35-40) te bestuderen. In dit geval, heeft de identificatie van nieuwe genen of veranderingen in de patronen van de genuitdrukking in weefsels van niet-zieke aan zieke staat bijgedragen tot beter begrip van de moleculaire mechanismen die begin en vooruitgang van ziekten regelen. Bovendien is cDNA microarray beschouwd als een zeer interessante methodologie in de farmaceutische industrie. In dit verband kan de analyse van het genexpressieprofiel in grote schaal van cellen die aan verschillende Drugstests worden onderworpen relevant zijn om potentiële agentia voor therapeutisch gebruik te classificeren (41). Verscheidene voorbeelden van de toepassing van de methodologie van cDNA microarray in fundamentele en klinische wetenschappen (34-48) worden beschreven in lijst 2.CDNA-microarray-analyse is een kostbare methodologie, maar de overvloed aan resultaten die met deze technologie worden gegenereerd, is een onbetwistbare beloning. Zodra een centrale onderzoekseenheid voor de ontwikkeling van deze methodologie wordt georganiseerd, kunnen diverse onderzoekers van het voordeel genieten om eerder gedrukte cDNA microarray substraten te gebruiken om differentieel uitgedrukte genen in zowel biologische als klinische gebieden te onderzoeken. Voor de organisatie van cDNA microarray-eenheden, moet de multidisciplinaire interactie tussen wiskundige en biologische arena ‘ s worden overwogen. Een eenvoudig hypothetisch schematisch model dat de infrastructuur van een cDNA microarray-eenheid demonstreert wordt getoond in Figuur 2.

ten slotte zijn gecentraliseerde banken gecreëerd die gegevens bevatten van genexpressieprofielen die zijn geanalyseerd met behulp van cDNA microarray-technologie en beschikbaar zijn voor inspectie via Internet (49,50). Op deze manier kunnen verschillende groepen over de hele wereld gegevens van geselecteerde genprofielen vergelijken met andere die zijn gedeponeerd in moleculaire databanken zoals genexpressie omnibus of Array Express, ontworpen door het European Bioinformatics Institute (51).

een probleem dat een gunstige interactie tussen verschillende onderzoeksgroepen die gebruik maken van cDNA-microarray-technologie heeft beperkt, is het gebrek aan normen voor het presenteren en uitwisselen van resultaten. Om deze hachelijke situatie te compenseren, werd de minimale informatie voor de annotatie van een Microarray Experiment (MIAME) gecreëerd (52). De richtlijnen die tot de standaardisatie van cDNA microarray experimenten leiden zijn voorgesteld door de micro-serie genuitdrukking data Society (MGED). MIAME bestaat in principe uit zes secties: 1) experimenteel ontwerp; 2) array ontwerp; 3) gebruikte monsters, extractie voorbereidingen, en hybridisatie; 4) procedures en parameters van hybridisatie; 5) Beeld, kwantificering, en parameter meting, en 6) types, waarden, en specificaties voor normalisatie controles. MIAME is een vereiste geworden om cDNA microarray resultaten in vele wetenschappelijke tijdschriften te publiceren. Bovendien, hebben de verschillende groepen met inbegrip van MGED, Rosetta, Agilent, en Affymetrix samengewerkt gebruikend Bioinformatica om microarray genuitdrukking (MAGE) te ontwerpen, die een gemeenschappelijk flexibel structuurplatform is dat communicatie tussen verschillende onderzoeksgroepen toestaat die cDNA microarray technologie gebruiken. MAGE bestaat uit het volgende: 1) MAGE-ON (object model), een gecentreerd datamodel dat unified modeling language gebruikt en de miame vereisten implementeert; 2) MAGE-ML( markup language), die de vertaling documenteert van MAGE-OM naar een XML-gebaseerd dataformaat, en 3) MAGE-SLK, een vrij toegankelijke software die de interface van applicatieprogrammeurs definieert naar MAGE-om, waardoor gegevens naar MAGE-ML kunnen worden geëxporteerd en vervolgens gegevens kunnen worden opgeslagen in een relationele database (53).De laatste tijd is nanotechnologie op grote schaal toegepast in verschillende arena ‘ s, zoals industriële, farmaceutische en overheidstoepassingen, om de moderne wetenschappelijke vooruitgang te verbeteren. Wegens de unieke fysische en chemische kenmerken van nanoparticles, hebben deze materialen de capaciteit om sensorische apparaten, voortstuwingsadditieven, weefsel het remodelleren technieken, en drug het richten mechanismen te verbeteren. Voorts is nanotechnologie gebruikt om microarray vaardigheid (54) te verbeteren en in de ontwikkeling van proteã ne nanoarrays (55) bij te staan. Binnen de laboratoriumsetting, beginnen de wetenschappers nu de potentiële positieve/negatieve invloed te onderzoeken die nanoparticles op de inductie / remming van genen binnen cellen hebben door de microarray techniek te gebruiken (56). Ten slotte heeft de combinatie van nanotechnologie met microarray-technologie zelfs de huidige kennis van genen die differentieel worden gereguleerd tijdens ziekteprocessen vooruit geholpen (57,58).

samen kunnen deze hulpmiddelen bijdragen tot het begrip van nieuwe genfuncties in diverse genomen en van de correlatie tussen deze functies en de pathogenese van ziekten bij de mens. De ontwikkeling en toepassing van cDNA microarray-technologie hebben heel wat vooruitgang aan de ontdekking van drugs, onderzoeksdiagnostiek, en potentiële gentherapie gebracht die aan de behandeling van diverse ziekten wordt bestemd. Deze fundamentele technologie helpt onderzoekers bij het begrijpen van de moleculaire mechanismen betrokken bij veelvoudige en diverse biologische processen.

9. Sengupta R & Tompa M (2002). Kwaliteitscontrole in de productie van oligo arrays: een combinatorische ontwerpbenadering. Journal of Computational Biology, 9: 1-22.

11. Alwine JC, Kemp DJ & Stark GR (1977). Methode voor detectie van specifieke RNAs in agarose gels door overdracht aan diazobenzyloxymethyl-papier en hybridisatie met DNA-sondes. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 74: 5350-5354.

12. Bustin A (2000). Absolute kwantificering van mRNA met behulp van realtime reverse transcriptie polymerase chain reaction assays. Journal of Molecular Endocrinology, 25: 169-193.

17. Whitney LW & Becker KG (2001). Radioactieve 33-p sondes in hybridisatie aan glas cDNA microarrays gebruikend neurale weefsels. Journal of Neuroscience Methods, 106: 9-13.

19. Shalon D, Smith SJ & Brown PO (1996). Een microarray-systeem van DNA voor het analyseren van complexe DNA-steekproeven die twee-kleur fluorescente sondekruising gebruiken. Genome Research, 6: 639-645.

20. Bertucci F, Bernard K, Loriod B et al. (1999). Gevoeligheidsproblemen in de array-gebaseerde uitdrukkingsmetingen van DNA en prestaties van nylon microarrays voor kleine steekproeven. Human Molecular Genetics, 8: 1715-1722.

22. Kerr Mk & Churchill GA (2001). Bootstrapping cluster analyse: het beoordelen van de betrouwbaarheid van conclusies van microarray experimenten. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 98: 8961-8965.

23. Planet PJ, Desalle R, Sidall m et al. (2001). Systematische analyse van de gegevens van DNA microarray: het ordenen en interpreteren van patronen van genuitdrukking. Genome Research, 11: 1149-1155.

24. Tanaka ts, Jaradat SA, Lim MK et al. (2000). Het genoom-brede uitdrukking profileren van mid-drachtatie placenta en embryo gebruikend een microarray van 15.000 muisontwikkeling cDNA. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 97: 9127-9132.

25. Quackenbush J (2001). Computationele analyse van microarray gegevens. Nature Genetics, 2: 418-427.

27. Yang YH, Dudoit S, Luu P et al. (2002). Normalisatie voor cDNA microarray-gegevens: een robuuste samengestelde methode die enige en veelvoudige dia systematische variatie adresseert. Nucleic Acids Research, 30: e15.

28. Tamayo P, Slonim D, Mesirov J et al. (1999). Het interpreteren van patronen van genexpressie met zelforganiserende kaarten: methoden en toepassing op hematopoëtische differentiatie. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 96: 2907-2912.

30. Eisen MB, Spellman PT, Brown PO et al. (1998). Clusteranalyse en weergave van genoombrede expressiepatronen. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 95: 14863-14868.

31. Braunschweig T, Chung JY & Hewitt SM (2004). Perspectieven in weefselmicroarrays. Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening, 7: 575-585.

34. Tseng YH, Butte AJ, Kokkotou E et al. (2005). Voorspelling van preadipocyte differentiatie door genexpressie onthult de rol van insuline receptor substraten en necdin. Nature Cell Biology, 7: 601-611.

36. Staudt LM (2001). Genexpressie fysiologie en pathofysiologie van het immuunsysteem. Trends in Immunology, 22: 35-40.

37. Berns A (2000). Genexpressie in diagnose. Natuur, 403: 491-492.

38. Sawiris GP, Sherman-Baust CA, Becker KG et al. (2002). Ontwikkeling van een zeer gespecialiseerde cDNA-serie voor de studie en diagnose van epitheliale eierstokkanker. Cancer Research, 62: 2923-2928.

39. Khan J, Wei JS, Ringner M et al. (2001). Classificatie en diagnostische voorspelling van kanker die genuitdrukking profileren en kunstmatige neurale netwerken gebruiken. Natuurgeneeskunde, 7: 673-679.

40. Chang JC, Hilsenbeck SG & Fuqua SA (2005). Genomic benaderingen in het beheer en de behandeling van borstkanker. British Journal of Cancer, 92: 618-624.

41. Lovett RA (2000). Toxicogenomics. Toxicologen steunen genomicarevolutie. Wetenschap, 289: 536-537.

42. Flores-Morales A, Stahlberg N, Tollet-Egnell P et al. (2001). Microarray analyse van de in vivo effecten van hypofysectomie en de behandeling van het de groeihormoon op genuitdrukking in de rat. Endocrinology, 142: 3163-3176.

43. Liu K, Li Y, Prabhu V et al. (2001). De verhoging in uitdrukking van activering-veroorzaakte genen onderscheidt geheugen van naïeve CD4 + T cellen en is een moleculair mechanisme voor verbeterde cellulaire reactie van geheugen CD4+ T cellen. Journal of Immunology, 166: 7335-7344.

44. Hess K, Yang Y, Golech s et al. (2004). Kinetische beoordeling van algemene genexpressieveranderingen tijdens menselijke naïeve CD4 + T-celactivering. International Immunology, 16: 1711-1721.

46. Hacia JG, Fan JB, Ryder o et al. (1999). Bepaling van voorouderlijke allelen voor menselijke single-nucleotide polymorfismen met behulp van high-density oligonucleotide arrays. Nature Genetics, 22: 164-167.

49. Miles M (2001). Microarray: verloren in een storm van gegevens? Nature Neuroscience, 2: 441-443.

50. Becker KG (2001). Het delen van cDNA microarray gegevens. Nature Neuroscience, 2: 438-440.

54. Wang X, Jiang N, Feng X et al. (2003). Een nieuwe benadering voor hoogwaardige microarray-verwerking die derde-kleurstofreeks visualisatietechnologie gebruiken. IEEE Transactions on Nanobioscience, 2: 193-201.

56. Berry CC, Charles S, Wells s et al. (2004). De invloed van het overbrengen van gestabiliseerde magnetische nanoparticles op menselijke huidfibroblasten in cultuur. International Journal of Pharmaceutics, 269: 211-225.

57. Crnic I & Christofori G (2004). Nieuwe technologieën en recente vooruitgang in metastaseonderzoek. International Journal of Developmental Biology, 48: 573-581.

correspondentie en voetnoten