voordat de “Virginia Rebellion” (zoals het genoemd werd) serieus begon in 1674, eisten sommige freeholders aan de grens van Virginia dat inheemse Amerikanen, inclusief die in bevriende stammen die op door het Verdrag beschermde gebieden leven, verdreven of gedood moesten worden. De gecombineerde afkeer voor de Indiase bevolking van Virginia is een zeer onderbesproken katalysator van Bacon ’s rebellie, omdat de rebellie net zo ging over “gewelddadige Indianen” en “die haat” als over het Britse grensbeleid. Ze protesteerden ook tegen corruptie in de regering van gouverneur Berkeley, die is beschreven als “onverbeterlijk corrupt, onmenselijk onderdrukkend en onvergeeflijk inefficiënt, vooral in oorlog”.De Anglo-Powhatan-oorlogen leidden tot een duidelijke hiërarchische scheiding en egoïsme tussen de Indianen en de Virginiërs, die uiteindelijk de basis zouden vormen voor de onderwerping van de Indianen tijdens de Opstand van Bacon. Na een inval door de Doeg Indianen in Stafford County, Virginia, waarbij twee blanke mannen werden gedood die geassocieerd waren met een handelaar genaamd Mathews (die later regelmatig ‘bedrogen en misbruikt’ Indianen vonden), viel een groep van Virginia milities nederzettingen binnen van de Susquehannock-stam, in plaats van de Doeg-stam, waaronder enkele over de Potomac-rivier in Maryland. Calvert protesteerde tegen de inval en de Susquehannocks namen wraak. Maryland militia sloot zich aan bij Virginia en viel een versterkt Susquehannock dorp aan. Nadat vijf chiefs de uitnodiging van de Maryland leider om te onderhandelen hadden geaccepteerd, werden ze afgeslacht, een actie die later wetgevende onderzoeken en berisping uitgelokt. De Susquehannocks namen wraak op plantages en doodden 60 kolonisten in Maryland en nog eens 36 in hun eerste aanval op Virginia bodem. Daarna sloten andere stammen zich aan, waarbij kolonisten werden gedood, huizen en velden in brand werden gestoken en vee werd geslacht tot aan de James en York rivieren.In een poging om een groter conflict te vermijden, vergelijkbaar met de oorlog van koning Filips in New England, pleitte Berkeley voor insluiting, door de bouw van verschillende verdedigingswerken langs de grens voor te stellen en er bij de kolonisten op aan te dringen zich in een defensieve houding te verzamelen. Grensverleggers vonden het plan duur en ontoereikend en vermoedden ook dat het een voorwendsel zou kunnen zijn om de belastingtarieven te verhogen.Bacon, wiens opzichter op een James River plantage was gedood door Indiaanse raiders, werd ondertussen een rebellenleider. Toen Berkeley Bacon een militaire commissie weigerde om alle Indianen aan te vallen, verzamelde Bacon zijn eigen leger van 400-500 man en trok de James rivier op om de Doeg en Pamunkey stammen aan te vallen. Hoewel beide over het algemeen vreedzaam hadden geleefd met de kolonisten, en de grens nederzettingen niet hadden aangevallen, hun gecultiveerde land waren waardevol.In maart had Berkeley geprobeerd krijgers van de Pamunkey-stam te bemachtigen om vijandige stammen te bevechten op grond van eerdere verdragen. De Pamunkey koningin Cockacoeske herinnerde de Governor ‘ s Council hartstochtelijk aan de dood 20 jaar geleden van haar man en 100 krijgers die zij in een vergelijkbare situatie hadden geleverd. De voorzitter had haar klacht genegeerd, en in plaats daarvan bleef meer krijgers eisen, en kreeg een belofte in ruil om een dozijn te leveren. Berkeley arresteerde Bacon wel en ontsloeg hem uit de raad, maar de mannen van Bacon zorgden snel voor zijn vrijlating en dwongen Berkeley om parlementsverkiezingen te houden. Ondertussen zetten Bacon ‘ s mannen hun offensief voort tegen de Pamunkeys, die het Drakenmoeras in vluchtten. Toen de bevriende Occoneechee een fort van Susquehannock wist te veroveren, eisten de troepen van Bacon alle buit, hoewel ze niet hadden geholpen in de gevechten. Ze vielen de Oconeechee aan door verraad, waarbij mannen, vrouwen en kinderen werden gedood.Ondanks Bacon ‘ s outlaw status, kozen kiezers van Henrico County hem in het opnieuw samengestelde Huis van Burgesses. Dat lichaam voerde een aantal ingrijpende hervormingen uit, die de bevoegdheden van de gouverneur beperkten en het recht op stemrecht herstelde aan landloze vrije mannen. Ze maakten ook de verkoop van wapens aan Indiërs strafbaar met de doodstraf. Bacons volgelingen beschuldigden Berkeley van het weigeren van vergelding tegen de inboorlingen om zijn eigen bonthandel investeringen te beschermen en de monopolies die hij aan zijn favorieten had toegekend. Na een aantal mondelinge woordenwisselingen, waaronder een ruzie in Jamestown street, trok Berkeley zich terug naar zijn plantage en tekende de militaire commissie die Bacon eiste. Scouting partijen gingen daarom op zoek naar voorraden, evenals om Indianen te doden en tot slaaf te maken, wat aanleiding gaf tot protesten van burgers van Gloucester County die onderworpen waren aan de milities. Bacons troepen trokken zich terug naar Middle Plantation (later omgedoopt tot Williamsburg).Op 30 juli 1676 gaven Bacon en zijn geïmproviseerde leger een verklaring van het volk uit, waarin hij de regering van Berkeley bekritiseerde, hem beschuldigde van het heffen van oneerlijke belastingen, het benoemen van vrienden op hoge posities, en het falen om afgelegen boeren te beschermen tegen Indiaanse aanvallen. Ze gaven ook een ‘manifest’ uit waarin ze aandringen op de uitroeiing van alle Indianen, waarin ze beweren dat ze geen wettelijke bescherming verdienden omdat ze “bin voor deze vele jaren vijanden hebben voor de koning en het Land, Rovers en dieven en indringers van het recht van Zijne Majesteit en ons belang en Landgoed”. Maanden van conflicten volgden, waaronder een zeepoging over de Potomac en in Chesapeake Bay door Bacons bondgenoten om Berkeley te veroveren bij Accomac. Bacon zelf gericht op de Pamunkey in Dragon Swamp; zijn troepen namen 3 paardenladingen goederen in beslag, maakten 45 indianen tot slaaf en doodden er nog veel meer, waardoor koningin Cockacoeske (die ternauwernood ontsnapte met haar zoon) zich overgaf aan de genade van de Raad van Gouverneurs. Berkeley richtte zijn eigen leger van huurlingen op aan de oostelijke kust, en nam ook Bacons Marine bondgenoten gevangen en executeerde de twee leiders. Bacons troepen keerden zich vervolgens tegen de hoofdstad van de kolonie en verbrandden Jamestown tot de grond op 19 September 1676.Op 26 oktober 1676 stierf Bacon aan dysenterie, voordat een Engels Squadron kon arriveren. Hoewel John Ingram de controle over de rebellen overnam, stortte de opstand al snel in. Gouverneur Berkeley keerde terug aan de macht, nam het bezit van verschillende rebellen in beslag en hing uiteindelijk 23 man op, waarvan velen zonder proces. Nadat een onderzoekscommissie het rapport terugbracht aan koning Karel II, waarin ze zowel Berkeley als Bacon bekritiseerden voor hun gedrag ten opzichte van bevriende stammen, werd Berkeley ontheven van het gouverneurschap, keerde hij terug naar Engeland om te protesteren en stierf kort daarna. Charles II zou later zeggen: “die oude dwaas heeft meer mensen in dat naakte land ter dood gebracht dan ik hier deed voor de moord op mijn vader.”Dit kan een koloniale mythe zijn, die ongeveer 30 jaar later ontstaat.