po wybuchu wojny między Francją a Austrią w 1805 roku Ferdynand IV neapolitański uzgodnił z Napoleonem Traktat o neutralności, ale kilka dni później zadeklarował poparcie dla Austrii. Zezwolił dużym siłom Anglo-rosyjskim na lądowanie w jego królestwie. Napoleon jednak wkrótce odniósł zwycięstwo. Po rozbiciu wojny iii koalicji 5 grudnia w bitwie pod Austerlitz Ferdynand został poddany gniewu Napoleona.
Marszałek André Masséna poprowadził inwazję na Neapol w 1806 roku.
27 grudnia 1805 roku Napoleon wydał proklamację z Schönbrunn, w której ogłosił, że Ferdynand utracił swoje królestwo. Powiedział, że wkrótce nastąpi Francuska inwazja, aby zapewnić, że ” najwspanialsze kraje zostaną uwolnione z jarzma najbardziej niewiernych ludzi.”
31 grudnia Napoleon rozkazał Józefowi Bonaparte przenieść się do Rzymu, gdzie miał zostać przydzielony do dowodzenia armią wysłaną w celu obalenia Ferdynanda z tronu. Chociaż Bonaparte był nominalnym głównodowodzącym ekspedycji, Marszałek Masséna był faktycznym dowódcą operacji, a generał St.Cyr drugim. Jednak St. Cyr, który wcześniej sprawował dowództwo nad wojskami francuskimi w regionie, wkrótce zrezygnował w proteście przeciwko podporządkowaniu Massény i wyjechał do Paryża. Oburzony Napoleon rozkazał St. Cyr natychmiast wrócić na swoje stanowisko.
8 lutego 1806 roku do Neapolu wkroczyły francuskie siły inwazyjne liczące 40 tysięcy ludzi. Centrum i prawica armii pod dowództwem Massény i generała Reyniera posunęła się na południe od Rzymu, podczas gdy Giuseppe Lechi poprowadził siły wzdłuż wybrzeża Adriatyku od Ankony. Na polecenie brata Bonaparte związał się z Reynierem. Francuzi napotkali niewielki opór. Jeszcze zanim jakiekolwiek wojska francuskie przekroczyły granicę, siły Anglo-rosyjskie pokonały rozważny odwrót, Brytyjczycy wycofali się na Sycylię, a Rosjanie na Korfu. Opuszczony przez sojuszników król Ferdynand już 23 stycznia wyruszył do Palermo. Królowa Maria-Karolina pozostała nieco dłużej w stolicy, ale 11 lutego uciekła, by dołączyć do męża.
pierwszą przeszkodą, jaką napotkali Francuzi, była Twierdza Gaeta; jej gubernator, książę Ludwik z Hesji-Philippsthal, odmówił poddania się. Nie było znaczącego opóźnienia ze strony najeźdźców, ponieważ Masséna odłączył niewielką siłę, aby oblegać garnizon przed kontynuowaniem na południe. Kapua otworzyła swoje bramy po zaledwie symbolicznym oporze. 14 lutego Masséna zajął Neapol, a następnego dnia Bonaparte dokonał Triumfalnego wejścia do miasta. Reynier został szybko wysłany, aby przejąć kontrolę nad Cieśniną Mesyńską i 9 marca zadał miażdżącą klęskę Neapolitańskiej Armii Królewskiej w bitwie pod Campo Tenese, skutecznie niszcząc ją jako siłę bojową i zabezpieczając cały kontynent dla Francuzów.
portret Józefa Bonaparte, króla Neapolu, Jean-Baptiste Wicar
30 marca 1806 roku Napoleon wydał dekret o mianowaniu Józefa Bonapartego królem Neapolu i Sycylii. dekret brzmiał następująco:
„Napoleon, z łaski Bożej i konstytucji. Cesarz Francji i Król Włoch, dla wszystkich tych, którym te prezenty przychodzą, pozdrowienia. Interesy naszego narodu, Honor naszej korony i spokój kontynentu europejskiego, wymagający, abyśmy w sposób stabilny i zdecydowany zapewnili los ludu Neapolu i Sycylii, którzy wpadli w naszą władzę przez prawo podboju i którzy stanowią część Wielkiego Imperium, oświadczamy, że uznajemy, jako króla Neapolu i Sycylii, naszego umiłowanego brata, Józefa Napoleona, Wielkiego Elektora Francji. Korona ta będzie dziedziczna, według kolejności pierworodności, u jego potomków męskich, prawowitych i naturalnych itd.”
napoleońskich Italii w 1810 r., A Neapol był w tym samym stopniu pod rządami Józefa (1806 – 1808)
Julie Clary, Królowa Neapolu, z córką Zenaide Bonaparte w 1807 roku, Robert Lefèvre
przyjazd Józefa do Neapolu został ciepło powitany okrzykami i pragnął być monarchą lubianym przez poddanych. Starając się zdobyć przychylność lokalnych elit, utrzymał na ich stanowiskach zdecydowaną większość tych, którzy zajmowali urząd i pozycję pod Burbonami i pragnęli w żaden sposób nie okazać się obcym ciemiężcą. Z tymczasowym rządem utworzonym w stolicy, Józef natychmiast wyruszył, w towarzystwie generała Lamarque ’ a, w podróż po swoim nowym królestwie. Głównym celem wyprawy była ocena możliwości natychmiastowego najazdu na Sycylię i wygnania Ferdynanda I Marii-Karoliny z ich schronienia w Palermo. Jednak po zapoznaniu się z sytuacją w Cieśninie Messyńskiej Józef był zmuszony przyznać się do niemożliwości takiego przedsięwzięcia, Bourbonowie zrzucili wszystkie łodzie i transporty z wybrzeża i skoncentrowali pozostałe siły, obok Brytyjczyków, po przeciwnej stronie. Nie mogąc opanować Sycylii, Józef był jednak panem kontynentu i kontynuował swój postęp przez Kalabrię, a następnie do Lucanii i Apulii, odwiedzając główne wioski i spotykając lokalnych notabli, duchowieństwa i ludzi, pozwalając swemu ludowi przyzwyczaić się do nowego króla i umożliwić sobie kształtowanie z pierwszej ręki obrazu kondycji jego królestwa.
po powrocie do Neapolu Bonaparte otrzymał Deputację od francuskiego Senatu, gratulując mu przystąpienia. Król stworzył Ministerstwo obsadzone przez wielu kompetentnych i utalentowanych ludzi; był zdecydowany podążać za programem reform i przynieść Neapolowi korzyści płynące z Rewolucji Francuskiej, bez jej ekscesów. Saliceti został mianowany ministrem Policji, Roederer ministrem finansów, Miot Ministrem Spraw Wewnętrznych i generał Dumas ministrem wojny. Marszałek Jourdan został również potwierdzony jako gubernator Neapolu, mianowanie dokonane przez Napoleona, I służył jako główny doradca wojskowy Bonapartego.
Bonaparte rozpoczął ambitny program reform i odnowy, aby podnieść Neapol do poziomu nowoczesnego państwa w formie napoleońskiej Francji. Klasztory zostały stłumione, ich majątek upaństwowiono, a ich fundusze skonfiskowano, aby ustabilizować Finanse Królewskie. Zniesiono przywileje feudalne i podatki, jednak szlachta została zrekompensowana odszkodowaniem w postaci zaświadczenia, które można było wymienić w zamian za ziemie znacjonalizowane od kościoła. Inspektorialni intendenci zostali poinstruowani, aby zaangażować tych wywłaszczonych byłych mnichów, którzy byli skłonni do pracy w publicznej edukacji i zapewnić, że starsi mnisi, którzy nie są już w stanie się utrzymać, będą mogli przenieść się do zakładów komunalnych założonych dla ich opieki. W każdej prowincji utworzono kolegium do edukacji młodych dziewcząt. W Aversie założono Centralne kolegium dla córek funkcjonariuszy publicznych i najzdolniejszych ze szkół prowincjonalnych, które miały zostać przyjęte pod osobistym patronatem Królowej Julii.
zniesiono praktykę przymusowego werbowania więźniów do wojska. Aby stłumić i kontrolować rabusiów w górach, utworzono komisje wojskowe z mocą osądzania i egzekucji, bez odwołania, wszystkich bandytów aresztowanych z bronią w ręku. Rozpoczęto programy robót publicznych, które miały zapewnić zatrudnienie ubogim i inwestować w ulepszenia królestwa. Wybudowano autostrady do Reggio. Projekt drogi kalabryjskiej został ukończony przez Bonapartego w ciągu roku po dziesięcioleciach opóźnienia. W drugim roku swego panowania Bonaparte zainstalował w Neapolu pierwszy system publicznego oświetlenia ulicznego, wzorowany na tym działającym w Paryżu.
chociaż Królestwo nie było w tym czasie wyposażone w konstytucję, a zatem Wola Józefa jako monarchy panowała w najwyższym stopniu, nie ma jeszcze przypadku, aby kiedykolwiek przyjął środek polityki bez uprzedniego omówienia sprawy w Radzie Stanu i przyjęcia większości głosów za jego postępowaniem przez doradców. W ten sposób Józef przewodził Neapolowi w najlepszych tradycjach oświeconego absolutyzmu, podwajając dochody korony z siedmiu do czternastu milionów dukatów podczas swego krótkiego, dwuletniego panowania, podczas gdy cały czas starał się zmniejszyć ciężary swego ludu, zamiast je zwiększać.
Józef rządził Neapolem przez dwa lata, zanim został zastąpiony przez męża swojej siostry, Joachima Murata. Józef został królem Hiszpanii w sierpniu 1808 roku, wkrótce po inwazji francuskiej.