politycznie nadzorował kilka konfliktów z udziałem cesarzy i królów oraz ekspansję państw papieskich. Odegrał kluczową rolę w doprowadzeniu królestw do przyjęcia Jego władzy nad własną władzą doczesną. Posługiwał się środkami dyplomatycznymi i wielką przebiegłością, aby osiągnąć pożądany cel w wielu delikatnych, politycznych sytuacjach.
podczas gdy żądania papiestwa XIII wieku wydają się nam w XXI wieku być przede wszystkim polityczne—a niezliczone osiągnięcia Innocentego na tej arenie są nieskończone—prawdopodobnie prawdą jest, że dla tych z nas, którzy wyznają wiarę katolicką, jego osiągnięcia duchowe mają trwalszą wartość.
w 1215 Innocenty III zwołał IV Sobór Laterański. Znaczenie w jego epoce miało potępienie herezji Albigeńskiej w południowej Francji i innych heretyckich spraw tego czasu. Sobór zachęcał do uczenia się, co było zrozumiałym zapisem papieża o takiej sprawności intelektualnej. Sobór wezwał władze świeckie do pomocy w wykorzenieniu herezji. Znamienne nawet dla naszych czasów było określenie rzeczywistej obecności w Eucharystii, transsubstancjacji. Sobór zarządził również, że wszyscy katolicy muszą otrzymać Eucharystię w okresie wielkanocnym.
Rada nalegała, aby muzułmanie i Żydzi w społeczeństwach chrześcijańskich byli identyfikowani przez charakterystyczne oznaczenia na ich ubraniach—decyzja, o której wiadomo, że ma daleko idące skutki w XX wieku.
okres ten był czasem krucjat i Innocenty ogłosił IV krucjatę, która zakończyła się klęską. Jego bezczelne wezwanie do „krucjaty” przeciwko Albigensom z południowej Francji pozostaje plagą dla jego papiestwa. Manichejscy heretycy osiedlili się w regionach położonych wzdłuż Morza Śródziemnego, na obszarze rozciągającym się od północnej Hiszpanii, przez południową Francję aż do niewielkiej części północno-zachodnich Włoch. Były one szczególnie rozpowszechnione na południu Francji wśród mówców „Langue d 'Oc”. Zamordowanie tamtejszego legata papieskiego skłoniło Innocentego III do zwołania Krucjaty. Kwestie świeckie i polityczne stały się nierozerwalnie związane z kwestiami czysto religijnymi, a ci hrabiowie regionu, którzy tolerowali obecność Albigensianów, musieli skonfiskować swoje ziemie i skutecznie zniszczyć ich cywilizację. Chociaż Innocenty III potępił ekscesy krzyżowców, z pewnością był zaangażowany w planowanie Krucjaty i wywłaszczenie ziem miejscowej szlachty.
gdyby nie robił nic innego, jak tylko zachęcał do nakazów ogłaszanych przez Franciszka z Asyżu i Hiszpana Dominika Guzmana (św. Dominika), Innocenty III pozostawiłby spuściznę po dziś dzień. Jak to było, człowiek, który został wybrany do papiestwa, podczas gdy nie był jeszcze kapłanem (został wyświęcony miesiąc po jego wyborze) był niezwykłym wpływem w jego własnych czasach osiągnięcia większego sukcesu politycznego niż jakikolwiek inny papież do tego czasu.
Innocenty III zmarł w 1216 roku.
w artefakcie papieskim najstarszą pozycją w kolekcji jest bulla z papiestwa Innocentego III.