Michael Scofield (Wentworth Miller) i-a urmărit pe Gretchen Morgan (Jodi Lyn O ‘ Keefe) și James Whistler (Chris Vance) la Los Angeles. Perechea negociază pentru „Scylla”, un card/disc cu date importante ale companiei, iar Whistler își ucide actualul proprietar, mai degrabă decât să plătească pentru el. Înainte ca el și Gretchen să-și poată termina Operațiunea, Michael ajunge, plănuind să-i omoare ca răzbunare pentru moartea lui Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies). Gretchen susține că Sara este în viață, dar înainte de a putea spune altceva, poliția ajunge ca răspuns la o crimă comisă de Whistler. Fără știrea lui Gretchen, Whistler a copiat cardul, păstrând originalul pentru el însuși și dând copia unui reprezentant al Companiei la ieșire. Când generalul (Leon Russom) descoperă acest lucru, el îi ordonă lui Wyatt (Cress Williams), un asasin al companiei, să o ucidă pe Gretchen.
Lincoln Burrows (Dominic Purcell) este încă în Panama cu Sofia Lugo (Danay Garcia) și L. J. Burrows (Marshall Allman) când Michael îl sună. Ei discută despre evenimentele recente din Sona: prizonierii s-au revoltat, arzând locul și permițând Theodore „T-Bag” Bagwell (Robert Knepper), Fernando Sucre (Amaury Nolasco) și Brad Bellick (Wade Williams) să scape. Michael întreabă, de asemenea, cât de sigur este Lincoln că Sara este moartă. După conversație, Michael este contactat de Alexander Mahone (William Fichtner) și Whistler, care lucrează în secret cu Homeland Security pentru a distruge compania. Cheia acestui plan este cardul, denumit în cod „Scylla”, care conține informații despre toți agenții și operațiunile companiei, dar poate fi decodat doar dintr-o instalație necunoscută. Whistler sugerează din nou că Sara este încă în viață când sosește Wyatt și îi atacă, ucigându-l pe Whistler și recuperând copia originală a Scylla. Pentru a afla adevărul, Michael călătorește la Chicago și îl contactează pe prietenul Sarei Bruce Bennett (Wilbur Fitzgerald) pentru a afla cu siguranță dacă Sara este încă în viață, dar este prins de poliție. Între timp, Lincoln, Sofia și L. J. sunt atacați de un agent al companiei. Lincoln îl ucide pe asasin într-o luptă și este arestat de poliția panameză. Mahone se întoarce la casa familiei sale doar pentru a descoperi că există un gard de poliție în afara casei lui Pam. Temându-se că s-ar fi putut întâmpla ceva cu Pam și Cameron, el coboară repede din mașină și aleargă spre casă, dar ofițerul de poliție îl oprește și îi spune „că nu vrei să intri acolo”. Din moment ce el este încă căutat în Statele Unite, Mahone este imediat arestat, de asemenea.
Michael și Lincoln sunt reuniți în custodie de agentul Don Self (Michael Rapaport). Self este agentul de securitate internă care lucra nu numai cu Whistler, ci și cu Aldo Burrows (Anthony Denison), pentru a da Jos compania. Incapabil să aibă încredere în oamenii din cadrul Guvernului, Self aranjează ca Michael și Lincoln să facă parte dintr-o operațiune neoficială, neoficială, pentru a recupera Scylla de la companie, cu libertatea lor garantată când se va termina totul. Frații refuză oferta. Bruce le plătește cauțiunea și, când sunt eliberați, îl reunește pe Michael cu Sara, care s-a ascuns de compania din Chicago după ce a fost torturată de Gretchen. Când Wyatt atacă grupul la ascunzătoarea lor presupusă secretă, Michael, Lincoln și Sara decid să se alăture echipei lui Self, crezând că pot fi în siguranță numai după ce compania este distrusă. De asemenea, în echipă sunt înscriși Mahone, Bellick și Sucre – care au fost capturați în timp ce încercau să o viziteze pe fetița lui Sucre.
într-un subplot, T-Bag își face drum din Panama în Statele Unite, căutându-l pe Michael pentru a se răzbuna. Încearcă să ajungă la San Diego, urmând instrucțiunile scrise în cartea păsărilor lui Whistler (care, fără să știe, conține informații despre unde să decodeze Scylla), dar șoferii săi fură banii lui T-Bag și îl abandonează în deșert cu tovarășul lor supraponderal.