Michael Scofield (Wentworth Miller) ha seguido a Gretchen Morgan (Jodi Lyn O’Keefe) y James Whistler (Chris Vance) a Los Ángeles. La pareja está negociando por «Scylla», una tarjeta/disco de datos importantes de la compañía, y Whistler mata a su propietario actual en lugar de pagarlo. Antes de que él y Gretchen puedan terminar su operación, Michael llega, planeando matarlos como venganza por la muerte de Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies). Gretchen afirma que Sara está viva, pero antes de que pueda decir algo más, la policía llega en respuesta a un asesinato cometido por Whistler. Sin el conocimiento de Gretchen, Whistler ha copiado la Tarjeta, guardando el original para sí mismo, y entregando la copia a un representante de la compañía a la salida. Cuando el General (Leon Russom) descubre esto, ordena a Wyatt (Cress Williams), una asesina de la Compañía, que mate a Gretchen.
Lincoln Burrows (Dominic Purcell) todavía está en Panamá con Sofia Lugo (Danay García) y L. J. Burrows (Marshall Allman) cuando Michael lo llama. Hablan de los acontecimientos recientes en Sona: los prisioneros se amotinaron, quemaron el lugar y permitieron que Theodore «T-Bag» Bagwell (Robert Knepper), Fernando Sucre (Amaury Nolasco) y Brad Bellick (Wade Williams) escaparan. Michael también pregunta qué tan seguro está Lincoln de que Sara está muerta. Después de la conversación, Michael es contactado por Alexander Mahone (William Fichtner) y Whistler, que están trabajando en secreto con Seguridad Nacional para destruir la Compañía. La clave de este plan es la Tarjeta, con nombre en código «Scylla», que contiene información sobre todos los agentes y operaciones de la Compañía, pero solo se puede decodificar desde una instalación desconocida. Whistler nuevamente insinúa que Sara todavía está viva cuando Wyatt llega y los ataca, matando a Whistler y recuperando la copia original de Scylla. Para saber la verdad, Michael viaja a Chicago y se pone en contacto con el amigo de Sara, Bruce Bennett (Wilbur Fitzgerald) para averiguar con seguridad si Sara sigue viva, pero es atrapada por la policía. Mientras tanto, Lincoln, Sofia y L. J. son atacados por un agente de la Compañía. Lincoln mata al asesino en una pelea, y es arrestado por la policía panameña. Mahone regresa a la casa de su familia solo para descubrir que hay una valla de policía fuera de la casa de Pam. Temiendo que algo les haya pasado a Pam y Cameron, rápidamente sale del coche y corre hacia la casa, pero el oficial de policía lo detiene y le dice «que no quieres entrar allí». Dado que todavía es buscado en los Estados Unidos, Mahone también es arrestado de inmediato.
Michael y Lincoln se reúnen en custodia por el agente Don Self (Michael Rapaport). Self es el agente de Seguridad Nacional que estaba trabajando no solo con Whistler, sino con Aldo Burrows (Anthony Denison), para acabar con la Compañía. Incapaz de confiar en la gente dentro del gobierno, Self se encarga de que Michael y Lincoln sean parte de una operación no oficial y extraoficial para recuperar a Scylla de la Compañía, con su libertad garantizada cuando todo haya terminado. Los hermanos rechazan la oferta. Bruce paga su fianza, y cuando son liberados, reúne a Michael con Sara, que se ha estado escondiendo de la Compañía en Chicago después de ser torturado por Gretchen. Cuando Wyatt ataca al grupo en su escondite supuestamente secreto, Michael, Lincoln y Sara deciden unirse al equipo de Self, creyendo que solo pueden estar a salvo una vez que la Compañía sea destruida. También están reclutados en el equipo Mahone, Bellick y Sucre, quienes fueron capturados mientras trataban de visitar a la niña de Sucre.
En una trama secundaria, T-Bag se dirige desde Panamá a los Estados Unidos, buscando a Michael para vengarse. Trata de llegar a San Diego, siguiendo las instrucciones escritas en el libro de aves de Whistler (que, sin saberlo, contiene información sobre dónde decodificar a Scylla), pero sus conductores roban el dinero de T-Bag y lo abandonan en el desierto con su compañero con sobrepeso.