マイケル-スコフィールド（ウェントワース-ミラー）はグレッチェン-モーガン（ジョディ-リン-オキーフ）とジェームズ-ウィスラー（クリス-ヴァンス）をロサンゼルスまで追跡した。 ペアは、重要な会社のデータのカード/ディスク”Scylla”のために交渉しており、ウィスラーはそれを支払うのではなく、現在の所有者を殺します。 彼とグレッチェンが彼らの操作を終えることができる前に、マイケルはサラ-タンクレーディ（サラ-ウェイン-カリーズ）の死の復讐として彼らを殺すことを計画している。 グレッチェンはサラが生きていると主張するが、彼女が何か他のことを言うことができる前に、警察はウィスラーによって犯された殺人に応答して到着する。 グレッチェンに知られていない、ウィスラーは、自分自身のためにオリジナルを維持し、途中で会社の代表者にコピーを与え、カードをコピーしています。 将軍（レオン-ルソム）がこれを発見したとき、彼は会社の暗殺者であるワイアット（クレス-ウィリアムズ）にグレッチェンを殺させるよう命じる。
リンカーン-バローズ（ドミニク-パーセル）は、ソフィア-ルーゴ（ダナイ-ガルシア）とL-J-バローズ（マーシャル-オールマン）と共に、マイケルが彼に電話すると、まだパナマにいる。 彼らはソナでの最近の出来事について議論します：囚人たちは暴動を起こし、場所を焼き払い、セオドア”T-Bag”バグウェル（ロバート-クネッパー）、フェルナンド-スクレ（アマウリー-ノラスコ）、ブラッド-ベリック（ウェイド-ウィリアムズ）を脱出させた。 マイケルはまた、リンカーンがサラが死んでいることをどのように確信しているかについて尋ねます。 会話の後、マイケルはアレクサンダー-マホーン（ウィリアム-フィヒトナー）とウィスラーから連絡を受け、秘密裏に国土安全保障省と協力して会社を破壊する。 この計画の鍵は、コードネーム”Scylla”というカードで、会社のすべてのエージェントと業務に関する情報が含まれていますが、未知の施設内からのみ解読できます。 ウィスラーは再びワイアットが到着し、彼らを攻撃し、ウィスラーを殺し、スキュラの元のコピーを取得したときにサラがまだ生きていることを示唆している。 真実を知るために、マイケルはシカゴに行き、サラの友人ブルース-ベネット（ウィルバー-フィッツジェラルド）と連絡を取り、サラがまだ生きているかどうかを確かめるが、警察に捕まった。 一方、リンカーン、ソフィア、L.J.は会社のエージェントに襲われている。 リンカーンは戦いで暗殺者を殺し、パナマ警察に逮捕される。 マホーンはパムの家の外に警察のフェンスがあることを発見するために彼の家族の家に戻ります。 パムとキャメロンに何かが起こったかもしれないことを恐れて、彼はすぐに車から出て家に向かって走りますが、警察官は彼を止め、”あなたはそこに行きたくない”と言います。 彼はまだ米国で指名手配されているので、マホーンはすぐに同様に逮捕されます。
マイケルとリンカーンは、ドン-セルフ捜査官（マイケル-ラパポート）によって拘束されて再会する。 セルフは、ウィスラーだけでなく、アルド-バローズ（アンソニー-デニソン）と協力して会社を倒すために働いていた国土安全保障担当者です。 政府内の人々を信頼することができない、セルフは、マイケルとリンカーンは、それがすべて終わったときに保証された彼らの自由と、会社からスキュラを回復するための非公式の、オフブック操作の一部であることを手配します。 兄弟は申し出を拒否する。 ブルースは彼らの保釈金を支払い、彼らが解放されると、彼はグレッチェンに拷問された後、シカゴの会社から隠れていたサラとマイケルを再会させる。 ワイアットが秘密の隠れ家でグループを攻撃すると、マイケル、リンカーン、サラは会社が破壊された後にのみ安全であると信じてセルフのチームに加わることに決めた。 また、チームにドラフトされたのは、マホーン、ベリック、スクレであり、スクレの赤ちゃんの女の子を訪問しようとしている間に捕獲されました。
サブプロットでは、T-Bagは復讐のためにマイケルを探して、パナマから米国に向かっています。 彼はウィスラーの鳥の本（彼には知られていないが、スキュラを解読する場所に関する情報が含まれている）に書かれた指示に従ってサンディエゴに到達しようとするが、彼の運転手はT-Bagのお金を盗み、彼らの太りすぎの仲間と一緒に砂漠で彼を放棄する。