Michael Scofield (Wentworth Miller) sledoval Gretchen Morganovou (Jodi Lyn O ‚ Keefe) a Jamese Whistlera (Chris Vance) do Los Angeles. Dvojice vyjednává o „Scylla“, kartu / disk důležitých firemních dat, a Whistler zabije svého současného majitele, spíše než platit za to. Než on a Gretchen dokončí svou operaci, Michael dorazí a plánuje je zabít jako pomstu za smrt Sary Tancredi (Sarah Wayne Callies). Gretchen tvrdí, že Sara je naživu, ale než bude moci říct něco jiného, policie dorazí v reakci na vraždu spáchanou Whistlerem. Bez vědomí Gretchen, Whistler zkopíroval kartu, ponechání originálu pro sebe, a předání kopie zástupci společnosti na cestě ven. Když to generál (Leon Russom) zjistí, nařídí Wyattovi (Cress Williams), vrahovi společnosti, aby Gretchen zabil.
Lincoln Burrows (Dominic Purcell) je stále v Panamě se Sofií Lugo (Danay Garcia) a LJ Burrows (Marshall Allman), když mu Michael zavolá. Oni diskutovali o nedávných událostech v Sona: vězni vzbouřili, vypálim a umožňuje Theodore „T-Bag“ Bagwell (Robert Knepper), Fernando Sucre (Amaury Nolasco) a Brad Bellick (Wade Williams), aby se uniknout. Michael se také ptá, jak si je Lincoln jistý, že Sara je mrtvá. Po rozhovoru je Michael kontaktován Alexandrem Mahonem (William Fichtner) a Whistlerem, kteří tajně pracují s vnitřní bezpečností na zničení společnosti. Klíčem k tomuto plánu je Karta, s kódovým označením „Scylla“, která obsahuje informace o všech agenti a operace, ale může být pouze dekódoval z v neznámé zařízení. Whistler opět naznačuje, že Sara je stále naživu, když Wyatt přijde a napadne je, zabít Whistlera a získání původní kopie Scylla. Aby se Michael dozvěděl pravdu, cestuje do Chicaga a kontaktuje Sařina přítele Bruce Bennetta (Wilbur Fitzgerald), aby zjistil, zda je Sara stále naživu, ale je chycena policií. Mezitím jsou Lincoln, Sofia a L. J. napadeni agentem společnosti. Lincoln zabije vraha v boji, a je zatčen Panamskou policií. Mahone se vrací do domu své rodiny, jen aby zjistil, že před domem Pam je policejní plot. V obavě, že se Pam a Cameronovi něco stalo, rychle vystoupí z auta a běží směrem k domu, ale policista ho zastaví a řekne mu: „že tam nechceš jít“. Protože je stále hledán ve Spojených státech, Mahone je také okamžitě zatčen.
Michael a Lincoln jsou znovu ve vazbě agentem Donem Selfem (Michael Rapaport). Self je agent vnitřní bezpečnosti, který pracoval nejen s Whistlerem, ale s Aldo Burrows (Anthony Denison), aby společnost zlikvidoval. Nelze věřit lidem ve vládě, Samostatně uspořádá mít Michael a Lincoln být součástí neoficiální, off-the-knihy operace obnovit Scylla od Společnosti, s jejich svoboda zaručena, když je po všem. Bratři nabídku odmítají. Bruce zaplatí kauci, a když jsou propuštěni, sejde Michaela se Sárou, který se skrýval před společností v Chicagu poté, co byl mučen Gretchen. Když Wyatt zaútočí na skupinu v jejich údajně tajném úkrytu, Michael, Lincoln a Sara se rozhodnou připojit se k týmu Self, věřit, že mohou být v bezpečí, až bude společnost zničena. Do týmu jsou také odvedeni Mahone, Bellick A Sucre-kteří byli zajati při pokusu navštívit Sucreovu holčičku.
v subplotu se T-Bag vydává z Panamy do Spojených států a hledá Michaela, aby se pomstil. Snaží se dostat do San Diega, po směru napsáno v Whistlerovy knize (která, unbeknownst k němu, obsahuje informace o tom, kde se dekódovat Scylla), ale jeho řidiči kradou T-Bag je peníze a opustit ho v poušti s jejich nadváhou společník.