Po vypuknutí války mezi Francií a Rakouskem v roce 1805, Ferdinand IV Neapol se dohodli smlouvu o neutralitě s Napoleonem, ale o pár dní později vyhlásil svou podporu pro Rakousko. Dovolil velké Anglo-ruské síle přistát v jeho království. Napoleon však brzy zvítězil. Poté, co byla 5. prosince v bitvě u Slavkova rozbita Válka třetí koalice, byl Ferdinand podroben Napoleonovu hněvu.
Maršála André Masséna vedl invazi do Neapole v roce 1806.
Dne 27. prosince 1805 Napoleon vydal prohlášení z Schönbrunn prohlašuje Ferdinand, aby propadne jeho království. Řekl, že francouzská invaze bude brzy následovat, aby se zajistilo, že nejlepší země budou osvobozeny od jha těch nevěřících lidí.‘
Dne 31. prosince Napoleon velel Joseph Bonaparte se pohybovat do Říma, kde by být přiřazen k velení armády poslal do vyvlastnit Ferdinanda z trůnu. Ačkoli Bonaparte byl nominálním vrchním velitelem expedice, maršál Masséna byl ve skutečném velení operací, s generálem sv. Cyrem druhým. Ale, St. Cyr, který předtím zastával senior velení francouzských vojsk v regionu, brzy odstoupil na protest, že podřízeny Masséna a odešel do Paříže. Rozhořčený Napoleon nařídil sv. Cyrovi, aby se okamžitě vrátil na své místo.
dne 8. února 1806 přešla Francouzská invazní síla čtyřiceti tisíc mužů do Neapole. Střed a pravé armády pod Masséna a Generál Reynier pokročilé jih od Říma, zatímco Giuseppe Lechi vedl sílu dolů po pobřeží Jaderského moře z Ancona. Na doporučení svého bratra se Bonaparte připojil k Reynierovi. Francouzský postup čelil malému odporu. Ještě před tím, než francouzská vojska překročila hranice, Anglo-ruské síly porazil obezřetný ústup, Britové stáhnou na Sicílii, a Rusové na Korfu. Král Ferdinand, opuštěný svými spojenci, již 23.Ledna vyplul do Palerma. Královna Maria-Carolina zůstala v hlavním městě o něco déle, ale 11. února uprchla, aby se připojila ke svému manželovi.
první překážkou, se kterou se Francouzi setkali, byla pevnost Gaeta; její guvernér, princ Ludvík Hesensko-Philippsthal, se odmítl vzdát svého velení. Tam byl žádné významné zpoždění z útočníků, jako Masséna samostatná budova malé síly obléhat posádku před pokračováním na jih. Capua otevřel své brány až po symbolickém odporu. Dne 14. února Masséna obsadili Neapol a následující den, Bonaparte představil triumfální vstup do města. Reynier byl rychle odeslán k převzetí kontroly nad Messinskou Úžinu a, na 9. Března, zasadil zdrcující porážku Neapolské Královské Armády v Bitvě u Campo Tenese, účinně ničí to jako bojová síla a zabezpečení celé pevniny pro francouze.
Portrét Josepha Bonaparte, Král neapolský, Jean-Baptiste Wicar
Dne 30. Března 1806 se Napoleon vydal dekret instalaci Joseph Bonaparte jako Král Neapole a Sicílie; vyhláška řekl takto:
“ Napoleon, z milosti Boží a ústavy. Císař francouzského a král Itálie, všem, kterým tyto dárky přicházejí, pozdravy. Zájmy našich lidí, čest naší Koruny, a klid Kontinentu vyžadují, že bychom se měli ujistit, ve stabilním a definitivním způsobem, mnoho lidí, Neapol a Sicílie, kteří upadli do naší moci tím, že právo na dobytí, a kteří jsou součástí velké Říše, prohlašujeme, že uznáváme, jako Král Neapole a Sicílie, náš milovaný bratr, Joseph Napoleon, Velký Kurfiřt Francie. Tato koruna bude dědičná, podle pořadí primogenitury, v jeho potomcích mužské, legitimní a přirozené atd.“
Napoleonské Itálie v roce 1810, s Neapolí být ve stejném rozsahu pod Joseph (1806 – 1808)
Julie Clary, Královnou Neapole, s dcerou Zenaide Bonaparte v roce 1807, Robert profesor lefebvre
Josefa příjezdu do Neapole byl vřele uvítán s jásotem a byl horlivý být monarcha je oblíben pro jeho poddané. Se snaží vyhrát pro místní elity, on udržoval v jejich příspěvky drtivá většina z těch, kteří měli ve funkci a pozici v rámci Bourbonů a byl nervózní, aby v žádném případě objeví cizí utlačovatele. S prozatímní vládou zřízenou v hlavním městě, Joseph se okamžitě vydal, doprovázený generálem Lamarquem, na prohlídku své nové říše. Hlavním cílem prohlídky bylo posoudit proveditelnost okamžité invaze na Sicílii a vyhnání Ferdinanda a Marie-Karolíny z jejich útočiště v Palermu. Ale, po přezkoumání situace na Messinskou Úžinu, Josef byl nucen přiznat, že nemožnost takového podniku, Bourbonů mít odnesl všechny lodě a transporty z podél pobřeží a soustředili své zbývající síly, po boku Britů, na opačné straně. Nelze mít sebe Sicílie, Josef byl však vládce pevniny a on pokračoval v jeho pokroku prostřednictvím Kalábrie a Lucania a Apulie, navštívíte hlavní vesnice a setkání s místní honorace, duchovenstvo a lidi, což umožňuje jeho lidi, aby růst zvyklí na jejich nový král a umožňuje sám tvořit první ruky obraz o stavu jeho království.
po návratu do Neapole obdržel Bonaparte deputaci od francouzského Senátu, která mu blahopřála k jeho přistoupení. Král vytvořil službu obsazenou mnoha kompetentními a talentovanými muži; byl rozhodnut následovat reformní agendu a přinést Neapoli výhody francouzské revoluce, bez jejích excesů. Saliceti byl jmenován ministrem Policie, Roederer ministrem financí, MIOT ministrem vnitra a generálem Dumasem ministrem války. Maršál Jourdan byl také potvrzen jako guvernér Neapole, jmenování provedené Napoleonem, a sloužil jako bonaparteův přední vojenský poradce.
Bonaparte se pustil do ambiciózního programu reformy a regenerace, s cílem zvýšit Neapol na úroveň moderního státu ve formě Napoleonské Francie. Klášterní řády byly potlačeny, jejich majetek znárodněn, a jejich finanční prostředky zabaveny na ustálení královských financí. Feudální výsady a daně byly zrušeny; šlechta však byla kompenzována odškodněním ve formě osvědčení, které bylo možné vyměnit za pozemky znárodněné církví. Provinční intendants byli instruováni, aby se zapojily ty vyvlastněn bývalých mnichů, kteří byli ochotni pracovat ve vzdělávání veřejnosti, a aby zajistily, že starší mniši již nejsou schopni postarat se o sebe mohli přestěhovat do komunální zařízení, která byla založena za jejich péči. V každé provincii byla zřízena vysoká škola pro vzdělávání mladých dívek. Centrální vysoká škola byla založena v Aversa pro dcery veřejných funkcionářů, a nejschopnější z provinční školy, které mají být přijaty pod osobní záštitou Královny Julie.
praxe násilného náboru vězňů do armády byla zrušena. K potlačení a kontroly lupiči v horách, vojenské provize byla stanovena pravomoc soudit a popravit, a to bez odvolání, všichni ti lupiči zatčeni se zbraní v jejich držení. Byly zahájeny programy veřejných prací s cílem zajistit chudým zaměstnání a investovat do zlepšení království. Dálnice byly postaveny do Reggia. Projekt kalábrijské silnice byl dokončen za Bonaparta během roku po desetiletích zpoždění. Ve druhém roce své vlády Bonaparte instaloval první systém veřejného pouličního osvětlení v Neapoli, modelovaný na systému působícím v Paříži.
Ačkoli británie byla v té době zařízený s ústavou, a tak Joseph bude jako monarcha vládl, tam je ještě žádná instance ho někdy přijetí opatření politiky bez předchozího projednání záležitosti v Radě Státu a předávání většinu hlasů ve prospěch jeho průběh akce poradci. Joseph tedy předsedal Neapole na nejlepší tradice osvícenského absolutismu, zdvojnásobení příjmů koruny od sedmi do čtrnácti milionů dukátů v jeho stručný dva-rok panování, zatímco celou dobu snaží odlehčit zátěž z jeho lidí, spíše než jejich zvýšení.
Joseph vládl Neapoli dva roky, než byl nahrazen manželem své sestry Joachimem Muratem. Josef se pak v srpnu 1808, krátce po francouzské invazi, stal španělským králem.