Algeriet var under direkte militærstyre i flere år, hvor partiet forblev i opposition til regeringen under første del af krigen, især i 1995 undertegnelse af Sant ‘ Egidio Platform, som var meget kritisk over for den militære etablering. Efter interne magtkampe og en ledelsesændring vendte det tilbage til at støtte formandskabet. Efter formelt demokrati blev genoprettet, FLN kunne oprindeligt ikke genvinde sin fremtrædende position; i parlamentsvalget i 1997 det fremkom som det tredjestørste parti, der modtog 14% af stemmerne og vandt 69 af de 231 pladser. Det vandt dog en jordskredssejr i valget i 2002 og vandt 199 af de 389 pladser.
partiet nominerede Ali Benflis som kandidat til præsidentvalget i 2004. Han sluttede som andenplads til den siddende Bouteflika, men modtog kun 6,4% af stemmerne. I 2005 dannede FLN Præsidentalliancen med National Rally for Democracy (RND) og bevægelsen for Samfund for fred (MSP).
ved parlamentsvalget i 2007 blev FLN reduceret til 163 pladser, skønt FLN ‘ s Belkhadem forblev premierminister. Bouteflika var partiets kandidat i præsidentvalget i 2009, som han vandt med 90% af stemmerne.
i 2012 forlod MSP Præsidentalliancen og sluttede sig til Green Algeria Alliance. På trods af dette forblev FLN det største parti efter parlamentsvalget i 2012 og vandt 208 af de 462 pladser. Bouteflika blev genvalgt på FLN-billetten i præsidentvalget i 2014 med 82% af stemmerne. De ældre og skrantende Bouteflika ses bredt som en simpel frontmand for det, der ofte har beskrevet som en “skyggefuld” gruppe af generaler og efterretningsofficerer kendt af Algerierne kollektivt som le pouvoir (“magten”), og hvis individuelle medlemmer kaldes D-krostcideurs med The Economist, der skrev i 2012 “den mest magtfulde mand i landet kan være Mohamed Medi Kurstne, kendt som Toufik, der har ledet militær efterretning i to årtier”. General Mohamed Medi Kurtne, chef for militær efterretning fra 1990 til 2015 var kendt for at være en førende d-kristicideur inden for le pouvior og for hans hemmeligholdelse med The Economist, der rapporterede den 21.September 2013: “på trods af hans førende rolle i at besejre islamiske militante i en brutal borgerkrig mellem 1991 og 2000, og hans mindre offentlige rolle som kongemager i pouvoir, forbliver General Medienes ansigt ukendt; det siges, at enhver, der har set det, udløber kort efter.”Den 13. September 2015 blev det meddelt, at Medi Kurtne trak sig tilbage, og præsident Bouteflika havde udnævnt General Athmane Tartag til at efterfølge ham. Medi kurtnes afskedigelse blev betragtet som kulminationen på en lang “magtkamp bag kulisserne” med Bouteflika, hvilket efterlod sidstnævnte fuldt ansvarlig og gav ham mere magt til at bestemme sin egen efterfølger.
i parlamentsvalget i 2017 vandt FLN 164 af de 462 pladser og tabte dermed 44 pladser; takket være den gode præstation af RND (som vandt 100 pladser) var Præsidentalliancen imidlertid i stand til at opretholde et parlamentarisk flertal og fortsætte med at styre landet.
forholdet til jødiske Algerierredit
jøder i Algeriet fik fransk statsborgerskab i kolonitiden startende i 1870, mens muslimer blev nægtet statsborgerskab af franskmændene. Jøderne i Algeriet blev set som en mellemmand for fransk-muslimske relationer; manglen på statsborgerskab på muslimernes vegne skabte imidlertid spændinger mellem de to grupper. Under Algerisk krig, jøder følte sig som om de blev tvunget til at vælge side; de var enten algeriske og kæmpede med FLN for uafhængighed, eller de var franske og kæmpede med franskmændene for at beholde Algeriet som en koloni. I starten af algerisk krig, FLN tilbød jøder muligheden for at deltage i deres indsats, og til gengæld ville jøder få Algerisk statsborgerskab, da Algeriet vandt uafhængighed. De fleste af Jøderne i Algeriet stod på den franske regering, til stor Forfærdelse for FLN og deres tilhængere. I løbet af krigen begyndte jøder i Algeriet at føle sig som om FLN var rettet mod jøder og ikke kun det franske folk, der bor i Algeriet. Dette førte til øgede spændinger mellem jøder og muslimer i området. Efter krigen blev Algerisk statsborgerskab kun udvidet til muslimer, hvis fædre og bedstefædre var muslimer på det tidspunkt, hvor FLN vandt uafhængighed fra den franske regering. Algeriske jøder blev ikke længere betragtet som Algeriske, men de bevarede stadig fransk statsborgerskab. Med deres franske statsborgerskab besluttede flertallet af jøder i Algeriet at emigrere til Frankrig, hvor et lille antal jøder besluttede at emigrere til Israel og et endnu mindre antal jøder besluttede at blive i Algeriet under FLN ‘ s styre.