politisk overvågede han adskillige konflikter, der involverede kejsere og konger og udvidelsen af de pavelige stater. Han var medvirkende til at bringe kongeriger til at acceptere hans autoritet over deres egen tidsmæssige autoritet. Han brugte diplomatiske midler og stor kløgt til at skabe de ønskede mål i en række sarte, politiske situationer.
mens kravene fra det 13.århundredes pavedømme forekommer os i det 21. århundrede primært at være politiske—og Innocents utallige præstationer på denne arena er uendelige—er det sandsynligvis sandt, at for dem af os, der bekender den katolske tro, er hans åndelige præstationer af mere varig værdi.
i 1215 indkaldte Innocent III det 4.Lateranråd. Af betydning i hans egen æra var fordømmelsen af Albigensian kætteri i det sydlige Frankrig og andre kætterske spørgsmål af denne tid. Rådet opfordrede til læring, en forståelig arv fra en pave med sådan intellektuel dygtighed. Rådet opfordrede de sekulære magter til at hjælpe med at udrydde kætteri. Signifikant selv til vores egen tid, blev definitionen givet til den virkelige tilstedeværelse i eukaristien, transubstantiation. Rådet besluttede også, at alle katolikker skal modtage Eukaristien i Påskesæsonen.
på en mere dyster note insisterede Rådet på, at muslimer og jøder i kristne samfund blev identificeret ved markante markeringer på deres tøj—en beslutning, der vides at have vidtrækkende påvirkninger i det 20.århundrede.
denne periode var tidspunktet for korstogene og Innocent proklamerede 4.korstog, som endte i katastrofe. Hans modige opfordring til et’ korstog ‘ mod Albigenserne i det sydlige Frankrig forbliver en rødme på hans pavedømme. Disse Manichean kættere havde bosat sig i regionerne langs Middelhavet, et område, der strakte sig fra det nordlige Spanien, i hele det sydlige Frankrig og ind i en lille del af det nordvestlige Italien. De var især udbredt i det sydlige Frankrig blandt talerne for Langue d’ Oc. Mordet på en pavelig legat der førte Innocent III til at opfordre til korstog. Sekulære og politiske spørgsmål blev uadskillelige fra de rent religiøse, og de tællinger i regionen, der tolererede Albigensernes tilstedeværelse, fik deres lande konfiskeret og deres civilisation effektivt ødelagt. Selvom Innocent III fordømte korsfarernes overskridelser, var han helt sikkert involveret i planlægningen af korstoget og ekspropriationen af de lokale adels lande.
havde han ikke gjort andet end opmuntret de ordrer, der blev udstedt af Frans af Assisi og spanieren, Dominic Gusman (St. Dominic), ville Innocent III have efterladt en arv til i dag. Som det var, var den mand, der blev valgt til pavedømmet, mens han endnu ikke var præst (han blev ordineret en måned efter hans valg), en ekstraordinær indflydelse på sin egen dag og opnåede mere politisk succes end nogen anden pave indtil den tid.
Innocent III døde i 1216.
i de pavelige artefakter er den ældste genstand i samlingen en bulla fra pavedømmet Innocent III.