Bei Ausbruch des Krieges zwischen Frankreich und Österreich im Jahr 1805 hatte Ferdinand IV. Er erlaubte einer großen anglo-russischen Streitmacht, in seinem Königreich zu landen. Napoleon war jedoch bald siegreich. Nachdem der Krieg der Dritten Koalition am 5. Dezember in der Schlacht von Austerlitz zerbrochen war, war Ferdinand Napoleons Zorn ausgesetzt.
Marschall André Masséna führte 1806 die Invasion von Neapel an.
Am 27. Dezember 1805 erließ Napoleon eine Proklamation aus Schönbrunn, in der er erklärte, Ferdinand habe sein Königreich verwirkt. Er sagte, dass eine französische Invasion bald folgen würde, um sicherzustellen, dass das feinste Land vom Joch der treulosesten Menschen befreit wird.
Am 31. Dezember befahl Napoleon Joseph Bonaparte, nach Rom zu ziehen, wo er die Armee befehligen sollte, die Ferdinand von seinem Thron enteignen sollte. Obwohl Bonaparte der nominelle Oberbefehlshaber der Expedition war, Marschall Masséna hatte das Kommando über die Operationen, mit General St. Cyr zweiter. Aber St. Cyr, der zuvor das Oberkommando der französischen Truppen in der Region innehatte, trat bald aus Protest gegen die Unterordnung unter Masséna zurück und ging nach Paris. Ein empörter Napoleon befahl St. Cyr, sofort zu seinem Posten zurückzukehren.
Am 8. Februar 1806 überquerte die französische Invasionstruppe von vierzigtausend Mann Neapel. Die Mitte und das Recht der Armee unter Masséna und General Reynier rückten von Rom nach Süden vor, während Giuseppe Lechi von Ancona aus eine Streitmacht an der Adriaküste anführte. Auf Empfehlung seines Bruders schloss sich Bonaparte Reynier an. Der französische Vormarsch stieß auf wenig Widerstand. Noch bevor französische Truppen die Grenze überschritten hatten, hatten sich die anglo-russischen Streitkräfte vorsichtig zurückgezogen, die Briten zogen sich nach Sizilien und die Russen nach Korfu zurück. Von seinen Verbündeten verlassen, hatte König Ferdinand bereits am 23.Januar die Segel nach Palermo gesetzt. Königin Maria-Carolina verweilte etwas länger in der Hauptstadt, floh jedoch am 11.
Das erste Hindernis, auf das die Franzosen stießen, war die Festung Gaeta; ihr Gouverneur, Prinz Louis von Hessen-Philippsthal, weigerte sich, seine Anklage aufzugeben. Es gab keine nennenswerte Verzögerung der Invasoren, da Masséna eine kleine Streitmacht loslöste, um die Garnison zu belagern, bevor sie nach Süden weiterfuhr. Capua öffnete seine Tore nach nur symbolischem Widerstand. Am 14. Februar nahm Masséna Besitz von Neapel und am folgenden Tag inszenierte Bonaparte einen triumphalen Eingang in die Stadt. Reynier wurde schnell entsandt, um die Kontrolle über die Straße von Messina zu übernehmen, und fügte der neapolitanischen Königlichen Armee am 9. März in der Schlacht von Campo Tenese eine vernichtende Niederlage zu, zerstörte sie effektiv als Streitmacht und sicherte das gesamte Festland für die Franzosen.
Porträt von Joseph Bonaparte, König von Neapel, von Jean-Baptiste Wicar
Am 30. März 1806 erließ Napoleon ein Dekret zur Installation Joseph Bonaparte als König von Neapel und Sizilien; Das Dekret sagte wie folgt:
„Napoleon, durch die Gnade Gottes und die Verfassungen. Kaiser der Franzosen und König von Italien, an alle, zu denen diese Geschenke kommen, Grüße. Die Interessen unseres Volkes, die Ehre unserer Krone und die Ruhe des Europäischen Kontinents, die es erfordern, dass wir das Los des Volkes von Neapel und Sizilien, das durch das Eroberungsrecht in unsere Macht geraten ist und ein Teil des Großen Reiches ist, auf stabile und eindeutige Weise sichern, erklären wir, dass wir als König von Neapel und Sizilien unseren geliebten Bruder Joseph Napoleon, den Großen Kurfürsten von Frankreich, anerkennen. Diese Krone wird erblich sein, in der Reihenfolge der Erstgeburt, in seinen Nachkommen männlich, legitim und natürlich usw.“
Napoleonischen Italien im Jahre 1810, mit Neapel im gleichen Ausmaß unter Joseph (1806 – 1808)
Julie Clary, Königin von Neapel, mit ihrer Tochter Zenaide Bonaparte im Jahre 1807, von Robert Lefèvre
Josephs Ankunft in Neapel wurde herzlich mit Jubel begrüßt und er war bestrebt, ein Monarch zu sein, der von seinen Untertanen gut gemocht wurde. Um die Gunst der lokalen Eliten zu gewinnen, behielt er die überwiegende Mehrheit derjenigen, die unter den Bourbonen Ämter und Positionen innehatten, in ihren Ämtern und war bestrebt, in keiner Weise als ausländischer Unterdrücker aufzutreten. Mit einer provisorischen Regierung in der Hauptstadt, Joseph machte sich dann sofort auf den Weg, begleitet von General Lamarque, auf eine Tour durch sein neues Reich. Das Hauptziel der Tour war es, die Machbarkeit einer sofortigen Invasion Siziliens und der Vertreibung von Ferdinand und Maria-Carolina aus ihrer Zuflucht in Palermo zu beurteilen. Als Joseph jedoch die Situation in der Straße von Messina überprüfte, musste er die Unmöglichkeit eines solchen Unternehmens eingestehen, da die Bourbonen alle Boote und Transporte von der Küste abtransportiert und ihre verbleibenden Streitkräfte neben den Briten auf der gegenüberliegenden Seite konzentriert hatten. Unfähig, Sizilien zu besitzen, war Joseph dennoch Herr des Festlandes und setzte seinen Fortschritt durch Kalabrien und weiter nach Lucania und Apulien fort, besuchte die wichtigsten Dörfer und traf die örtlichen Honoratioren, Klerus und Volk, so dass sich sein Volk an seinen neuen König gewöhnen konnte und sich aus erster Hand ein Bild vom Zustand seines Königreichs machen konnte.
Nach seiner Rückkehr nach Neapel erhielt Bonaparte eine Deputation des französischen Senats, die ihm zu seinem Beitritt gratulierte. Der König bildete ein Ministerium, das von vielen kompetenten und talentierten Männern besetzt war; er war entschlossen, einer Reformagenda zu folgen und Neapel die Vorteile der Französischen Revolution ohne ihre Exzesse zu bringen. Saliceti wurde zum Polizeiminister, Roederer zum Finanzminister, Miot zum Innenminister und General Dumas zum Kriegsminister ernannt. Marschall Jourdan wurde auch als Gouverneur von Neapel bestätigt, eine Ernennung Napoleons, und diente als Bonapartes wichtigster Militärberater.
Bonaparte begann ein ehrgeiziges Reform- und Erneuerungsprogramm, um Neapel auf das Niveau eines modernen Staates nach dem Vorbild des napoleonischen Frankreichs zu erheben. Mönchsorden wurden unterdrückt, ihr Eigentum verstaatlicht und ihre Gelder konfisziert, um die königlichen Finanzen zu stabilisieren. Feudale Privilegien und Steuern wurden abgeschafft; Der Adel wurde jedoch durch eine Entschädigung in Form eines Zertifikats entschädigt, das gegen von der Kirche verstaatlichte Ländereien eingetauscht werden konnte. Provinzielle Intendanten wurden angewiesen, die enteigneten ehemaligen Mönche, die bereit waren, in der öffentlichen Bildung zu arbeiten, zu engagieren und sicherzustellen, dass ältere Mönche, die nicht mehr in der Lage waren, sich selbst zu ernähren, in kommunale Einrichtungen ziehen konnten, die für ihre Pflege gegründet wurden. In jeder Provinz wurde ein College für die Ausbildung junger Mädchen eingerichtet. In Aversa wurde ein zentrales College für die Töchter öffentlicher Funktionäre gegründet, und die fähigsten aus den Provinzschulen, unter der persönlichen Schirmherrschaft von Königin Julie zugelassen werden.
Die Praxis der Zwangsrekrutierung von Gefangenen in die Armee wurde abgeschafft. Um Räuber in den Bergen zu unterdrücken und zu kontrollieren, wurden Militärkommissionen eingesetzt, die befugt waren, alle mit Waffen in ihrem Besitz verhafteten Räuber ohne Berufung zu richten und hinzurichten. Öffentliche Bauprogramme wurden begonnen, um den Armen Beschäftigung zu bieten und in Verbesserungen des Königreichs zu investieren. Autobahnen wurden nach Reggio gebaut. Das Projekt einer kalabrischen Straße wurde unter Bonaparte innerhalb eines Jahres nach jahrzehntelanger Verzögerung abgeschlossen. Im zweiten Jahr seiner Regierungszeit installierte Bonaparte das erste System der öffentlichen Straßenbeleuchtung in Neapel, das dem in Paris nachempfunden war.
Obwohl das Königreich damals noch nicht mit einer Verfassung ausgestattet war und somit Josephs Wille als Monarch die Oberhand hatte, gibt es noch keinen Fall, in dem er jemals eine politische Maßnahme ergriffen hätte, ohne vorher im Staatsrat darüber zu diskutieren und die Mehrheit der Räte für seine Vorgehensweise zu stimmen. Joseph präsidierte somit Neapel in den besten Traditionen des aufgeklärten Absolutismus und verdoppelte die Einnahmen der Krone in seiner kurzen zweijährigen Regierungszeit von sieben auf vierzehn Millionen Dukaten, während er die ganze Zeit versuchte, die Lasten seines Volkes zu erleichtern, anstatt sie zu erhöhen.
Joseph regierte Neapel zwei Jahre lang, bevor er durch den Ehemann seiner Schwester, Joachim Murat, ersetzt wurde. Joseph wurde dann im August 1808, kurz nach der französischen Invasion, zum König von Spanien ernannt.