Algerien stand mehrere Jahre unter direkter Militärherrschaft, während der die Partei während des ersten Teils des Krieges in Opposition zur Regierung blieb, insbesondere 1995, als sie die Sant’Egidio-Plattform unterzeichnete, die dem militärischen Establishment sehr kritisch gegenüberstand. Nach internen Machtkämpfen und einem Führungswechsel kehrte sie zur Unterstützung der Präsidentschaft zurück. Nach der Wiederherstellung der formellen Demokratie, Die FLN konnte ihre herausragende Position zunächst nicht wiedererlangen; bei den Parlamentswahlen 1997 ging sie als drittgrößte Partei hervor, erhielt 14% der Stimmen und gewann 69 der 231 Sitze. Bei den Wahlen 2002 errang sie jedoch einen Erdrutschsieg und gewann 199 der 389 Sitze.
Die Partei nominierte Ali Benflis als Kandidaten für die Präsidentschaftswahlen 2004. Er wurde Zweiter hinter Amtsinhaber Abdelaziz Bouteflika, erhielt aber nur 6,4% der Stimmen. Im Jahr 2005 bildete FLN die Präsidentenallianz mit der Nationalen Rallye für Demokratie (RND) und der Bewegung der Gesellschaft für Frieden (MSP).
Bei den Parlamentswahlen 2007 wurde die FLN auf 163 Sitze reduziert, obwohl der FLN-Abgeordnete Abdelaziz Belkhadem Premierminister blieb. Bouteflika war der Kandidat der Partei bei den Präsidentschaftswahlen 2009, die er mit 90% der Stimmen gewann.
2012 verließ MSP die Präsidentenallianz und trat der Green Algeria Alliance bei. Trotzdem blieb die FLN nach den Parlamentswahlen 2012 die größte Partei und gewann 208 der 462 Sitze. Bouteflika wurde bei den Präsidentschaftswahlen 2014 mit 82% der Stimmen auf dem FLN-Ticket wiedergewählt. Der ältere und kranke Bouteflika wird weithin als bloßer Frontmann für das angesehen, was oft als „schattige“ Gruppe von Generälen und Geheimdienstoffizieren bezeichnet wird, die den Algeriern kollektiv als le pouvoir („die Macht“) bekannt sind und deren einzelne Mitglieder Décideurs genannt werden Der Economist schrieb 2012: „Der mächtigste Mann im Land könnte Mohamed Mediène sein, bekannt als Toufiq, der seit zwei Jahrzehnten den militärischen Geheimdienst leitet“. General Mohamed Mediène, der Chef des militärischen Geheimdienstes von 1990 bis 2015, war bekannt als führender Décideur innerhalb von le Pouvoir und für seine Geheimhaltung gegenüber dem Economist, der am 21.September 2013 berichtete: „Trotz seiner führenden Rolle bei der Niederlage islamistischer Militanter in einem brutalen Bürgerkrieg zwischen 1991 und 2000 und seiner weniger öffentlichen Rolle als Königsmacher im Pouvoir bleibt das Gesicht von General Mediene unbekannt; Es wird gesagt, dass jeder, der es gesehen hat, bald danach abläuft.“ Am 13.September 2015 wurde bekannt gegeben, dass Mediène in den Ruhestand geht und Präsident Bouteflika General Athmane Tartag zum Nachfolger ernannt hat. Mediènes Entlassung wurde als Höhepunkt eines langen „Machtkampfes hinter den Kulissen“ mit Bouteflika angesehen, wobei letzterer die volle Verantwortung übernahm und ihm mehr Macht gab, seinen eigenen Nachfolger zu bestimmen.
Bei den Parlamentswahlen 2017 gewann die FLN 164 der 462 Sitze und verlor damit 44 Sitze; dank der guten Leistung der RND (die 100 Sitze gewann) konnte die Präsidentenallianz jedoch eine parlamentarische Mehrheit aufrechterhalten und das Land weiterhin regieren.
Beziehung zu jüdischen Algeriernbearbeiten
Juden in Algerien erhielten während der Kolonialzeit ab 1870 die französische Staatsbürgerschaft, während Muslimen die französische Staatsbürgerschaft verweigert wurde. Die Juden in Algerien wurden als Vermittler für die französisch-muslimischen Beziehungen angesehen; Der Mangel an Staatsbürgerschaft im Namen der Muslime führte jedoch zu Spannungen zwischen den beiden Gruppen. Während des Algerienkrieges fühlten sich die Juden gezwungen, eine Seite zu wählen; Sie waren entweder Algerier und kämpften mit der FLN für die Unabhängigkeit, oder sie waren Franzosen und kämpften mit den Franzosen, um Algerien als Kolonie zu erhalten. Zu Beginn des Algerienkrieges bot die FLN Juden die Möglichkeit, sich ihren Bemühungen anzuschließen, und im Gegenzug erhielten Juden die algerische Staatsbürgerschaft, wenn Algerien die Unabhängigkeit erlangte. Die meisten Juden in Algerien stellten sich auf die Seite der französischen Regierung, sehr zum Entsetzen der FLN und ihrer Anhänger. Im Verlauf des Krieges begannen die Juden in Algerien das Gefühl zu haben, dass die FLN Juden und nicht nur die in Algerien lebenden Franzosen ins Visier nahm. Dies führte zu verstärkten Spannungen zwischen Juden und Muslimen in der Region. Nach dem Krieg, Die algerische Staatsbürgerschaft wurde nur Muslimen gewährt, deren Väter und Großväter zu der Zeit Muslime waren, als die FLN die Unabhängigkeit von der französischen Regierung erlangte. Algerische Juden galten nicht mehr als algerisch, behielten aber die französische Staatsbürgerschaft. Mit ihrer französischen Staatsbürgerschaft beschloss die Mehrheit der Juden in Algerien, nach Frankreich auszuwandern, wobei eine kleine Anzahl von Juden beschloss, nach Israel auszuwandern, und eine noch kleinere Anzahl von Juden beschloss, unter der Herrschaft der FLN in Algerien zu bleiben.