Politisch leitete er mehrere Konflikte zwischen Kaisern und Königen und die Expansion des Kirchenstaates. Er war maßgeblich daran beteiligt, Königreiche dazu zu bringen, seine Autorität über ihre eigene zeitliche Autorität zu akzeptieren. Er setzte diplomatische Mittel und große Klugheit ein, um in einer Reihe heikler politischer Situationen die gewünschten Ziele zu erreichen.
Während uns die Forderungen des Papsttums des 13.Jahrhunderts im 21.Jahrhundert in erster Linie politisch erscheinen — und Innocents unzählige Errungenschaften auf diesem Gebiet sind endlos —, ist es wahrscheinlich wahr, dass für diejenigen von uns, die sich zum katholischen Glauben bekennen, seine spirituellen Errungenschaften von dauerhafterem Wert sind.
1215 berief Innozenz III. das 4. Laterankonzil ein. Von Bedeutung in seiner eigenen Zeit war die Verurteilung der Albigenser Häresie in Südfrankreich und andere ketzerische Fragen dieser Zeit. Das Konzil förderte das Lernen, ein verständliches Vermächtnis eines Papstes mit solchen intellektuellen Fähigkeiten. Der Rat forderte die weltlichen Mächte auf, zur Beseitigung der Häresie beizutragen. Bedeutsam auch für unsere Zeit war die Definition der realen Gegenwart in der Eucharistie, Transsubstantiation. Der Rat verfügte auch, dass alle Katholiken während der Osterzeit die Eucharistie empfangen müssen.
In einer düsteren Note bestand das Konzil darauf, dass Muslime und Juden in christlichen Gesellschaften durch markante Markierungen auf ihrer Kleidung identifiziert werden — eine Entscheidung, von der bekannt ist, dass sie im 20.Jahrhundert weitreichende Auswirkungen hatte.
Diese Periode war die Zeit der Kreuzzüge und Innocent proklamierte den 4. Kreuzzug, der in einer Katastrophe endete. Sein dreister Ruf nach einem ‚Kreuzzug‘ gegen die Albigenser in Südfrankreich bleibt ein Schandfleck für sein Papsttum. Diese manichäischen Ketzer hatten sich in den Regionen entlang des Mittelmeers niedergelassen, einem Gebiet, das sich von Nordspanien über Südfrankreich bis in einen kleinen Teil Nordwestitaliens erstreckte. Sie waren besonders in Südfrankreich unter den Sprechern der Langue d’Oc verbreitet. Die Ermordung eines päpstlichen Legaten veranlasste Innozenz III. zum Kreuzzug. Weltliche und politische Fragen wurden untrennbar mit den rein religiösen verbunden, und die Grafen der Region, die die Anwesenheit der Albigenser tolerierten, ließen ihr Land beschlagnahmen und ihre Zivilisation effektiv zerstören. Obwohl Innozenz III. die Exzesse der Kreuzfahrer verurteilte, war er mit Sicherheit an der Planung des Kreuzzugs und der Enteignung der Ländereien der örtlichen Adligen beteiligt.
Hätte er nichts anderes getan, als die von Franz von Assisi und dem Spanier Dominikus Guzman (Hl. So wie es war, war der Mann, der zum Papsttum gewählt wurde, während er noch kein Priester war (er wurde einen Monat nach seiner Wahl ordiniert), ein außergewöhnlicher Einfluss in seiner eigenen Zeit, der mehr politischen Erfolg erzielte als jeder andere Papst bis zu diesem Zeitpunkt.
Innozenz III. starb 1216.
In den päpstlichen Artefakten ist der älteste Gegenstand der Sammlung eine Bulla aus dem Papsttum von Innozenz III.