Ha habido una creciente preocupación por las condiciones de salud y el acceso a los servicios de salud a medida que el número de refugiados de Sudán del Sur que ingresan a Uganda sigue aumentando, en particular, el campamento de refugiados de Bidi Bidi, y Reuters informa de que 180 refugiados (casi la mitad de ellos niños pequeños) murieron en el Asentamiento de Refugiados de Bidibidi en los primeros seis meses de 2017. Esto se ve agravado por la escasa precisión de las mediciones de la salud en los campamentos, ya que las organizaciones humanitarias suelen informar menos de las muertes con más frecuencia que el exceso de denuncias de muertes.
Desde una perspectiva de derechos humanos y ética, también hay preguntas sobre si las personas con diferentes capacidades físicas o los ancianos no están siendo priorizados en estos asentamientos, recibiendo menos recursos en comparación con los residentes más jóvenes, sanos y con buena salud. En asentamientos ubicados en el distrito de Ayilo, en el norte de Uganda, por ejemplo, la organización Caritas informa de que se han diseñado programas para proporcionar más asistencia para la construcción de letrinas a grupos identificados como vulnerables, como los residentes de edad avanzada, los residentes discapacitados y los hogares encabezados por niños.
Además, a 2016 U. S. El informe del Departamento de Estado sobre la trata advierte que los niños de Sudán del Sur en los asentamientos de refugiados del norte de Uganda pueden ser vulnerables a la trata, y el ACNUR sospecha que ya se están produciendo casos de trata entre los jóvenes refugiados de Sudán del Sur. Lamentablemente, la cuantificación fiable del número de niños víctimas de la trata puede ser un desafío debido a la falta de supervisión eficaz, la corrupción, la protección insuficiente de las víctimas para que se presenten, las diferencias en las definiciones de los términos y otros aspectos contextuales.