Antes de que la» Rebelión de Virginia » (como llegó a llamarse) comenzara en serio en 1674, algunos propietarios libres en la frontera de Virginia exigieron que los nativos americanos, incluidos los de tribus amigas que vivían en tierras protegidas por tratados, fueran expulsados o asesinados. El disgusto combinado por la población india de Virginia es un catalizador muy poco discutido de la Rebelión de Bacon, ya que la rebelión fue igualmente sobre «indios violentos» y «ese odio», así como sobre la política fronteriza británica. También protestaron contra la corrupción en el gobierno del gobernador Berkeley, que ha sido descrito como «incorregiblemente corrupto, inhumanamente opresivo e inexcusablemente ineficiente, especialmente en la guerra».
Antes de la Rebelión de Bacon, las Guerras Anglo-Powhatan instituyeron la separación jerárquica distinta y el egoísmo entre los indios y los virginianos que eventualmente se moldearían en la base para la subyugación de los indios durante la Rebelión de Bacon. Después de una redada de indios Doeg en el condado de Stafford, Virginia, en la que murieron dos hombres blancos asociados con un comerciante llamado Mathews (quien según informes posteriores encontró regularmente indios «engañados y abusados»), un grupo de milicianos de Virginia asaltó asentamientos de la tribu Susquehannock, en lugar de la tribu Doeg, incluidos algunos al otro lado del río Potomac en Maryland. El gobernador de Maryland, Calvert, protestó contra la incursión, y los Susquehannocks tomaron represalias. La milicia de Maryland se unió a las fuerzas de Virginia y atacó una aldea fortificada de Susquehannock. Después de que cinco jefes habían aceptado la invitación del líder de Maryland para parlamentar, fueron asesinados, una acción que provocó posteriores investigaciones legislativas y reprimendas. Los Susquehannocks tomaron represalias contra las plantaciones, matando a 60 colonos en Maryland y a otros 36 en su primer asalto en suelo de Virginia. Luego se unieron otras tribus, matando colonos, quemando casas y campos y matando ganado hasta los ríos James y York.
Buscando evitar un conflicto mayor similar a la Guerra del Rey Felipe en Nueva Inglaterra, Berkeley abogó por la contención, proponiendo la construcción de varias fortificaciones defensivas a lo largo de la frontera e instando a los colonos fronterizos a reunirse en una postura defensiva. Los colonos fronterizos desestimaron el plan por considerarlo costoso e inadecuado, y también sospecharon que podría ser un pretexto para aumentar las tasas impositivas.
Mientras tanto, Bacon, cuyo supervisor en una plantación del río James había sido asesinado por invasores indios, emergió como líder rebelde. Cuando Berkeley se negó a otorgar a Bacon una comisión militar para atacar a todos los indios, Bacon reunió a su propia fuerza de 400-500 hombres y se trasladó por el río James para atacar a las tribus Doeg y Pamunkey. Aunque ambos habían vivido pacíficamente con los colonos y no habían atacado los asentamientos fronterizos, sus tierras cultivadas eran valiosas.
En marzo, Berkeley había intentado asegurar guerreros de la tribu Pamunkey para luchar contra tribus hostiles de conformidad con tratados anteriores. La reina Pamunkey Cockacoeske recordó apasionadamente al Consejo del Gobernador la muerte hace 20 años de su esposo y de 100 guerreros a quienes habían proporcionado en una situación similar. El presidente había ignorado su queja, y en su lugar continuó exigiendo más guerreros, recibiendo una promesa a cambio de suministrar una docena. Berkeley arrestó a Bacon y lo expulsó del consejo, pero los hombres de Bacon rápidamente aseguraron su liberación y obligaron a Berkeley a celebrar elecciones legislativas. Mientras tanto, los hombres de Bacon continuaron su ofensiva contra los Pamunkeys, que huyeron al Pantano del Dragón. Cuando el amistoso Occoneechee logró capturar un fuerte de Susquehannock, las fuerzas de Bacon exigieron todo el botín, aunque no habían ayudado en la lucha. Luego atacaron a los Oconeechee por traición, matando a hombres, mujeres y niños.
A pesar del estatus de forajido de Bacon, los votantes del condado de Henrico lo eligieron para la recompuesta Casa de los Burgueses. Ese organismo promulgó una serie de reformas radicales, limitando los poderes del gobernador y restaurando los derechos de sufragio a los hombres libres sin tierra. También hicieron que la venta de armas a cualquier indio fuera punible con la pena de muerte. Los seguidores de Bacon no se contaminaron, acusando a Berkeley de negarse a autorizar represalias contra los nativos para proteger sus propias inversiones en el comercio de pieles y los monopolios que había concedido a sus favoritos. Después de una serie de altercados verbales, incluida una pelea en una calle de Jamestown, Berkeley se retiró a su plantación y firmó la comisión militar que Bacon exigió. En consecuencia, los grupos de exploradores se dispusieron a requisar suministros, así como a matar y esclavizar a los indios, lo que provocó protestas de los ciudadanos del condado de Gloucester que estaban sujetos a las exacciones de la milicia. Las fuerzas de Bacon se retiraron a Middle Plantation (más tarde renombrado Williamsburg).
El 30 de julio de 1676, Bacon y su ejército improvisado emitieron una Declaración del Pueblo, que criticaba a la administración de Berkeley, acusándolo de recaudar impuestos injustos, nombrar amigos para altos cargos y no proteger a los granjeros de los ataques indios. También emitieron un ‘Manifiesto’ instando al exterminio de todos los indios, afirmando que no merecían protección legal porque «durante muchos años tienen enemigos del Rey y del País, Ladrones y Ladrones e Invasores del Derecho de su Majestad y de nuestros Intereses y Bienes». Meses de conflicto siguieron, incluyendo un intento naval a través del Potomac y en la bahía de Chesapeake por los aliados de Bacon para capturar Berkeley en Accomac. El propio Bacon se centró en el Pamunkey en Dragon Swamp; sus fuerzas se apoderaron de 3 cargas de caballos, esclavizaron a 45 indios y mataron a muchos más, lo que provocó que la reina Cockacoeske (que escapó por poco con su hijo) se sometiera a la misericordia del Consejo del Gobernador. Berkeley levantó su propio ejército de mercenarios en la Costa Este, y también capturó a los aliados navales de Bacon y ejecutó a los dos líderes. Las fuerzas de Bacon se volvieron contra la capital de la colonia, quemando Jamestown hasta los cimientos el 19 de septiembre de 1676.
Antes de que un escuadrón naval inglés pudiera llegar, Bacon murió de disentería el 26 de octubre de 1676. Aunque John Ingram tomó el control de las fuerzas rebeldes, la rebelión pronto colapsó. El gobernador Berkeley regresó al poder, apoderándose de la propiedad de varios rebeldes y finalmente colgando a veintitrés hombres, muchos sin juicio. Después de que un comité de investigación devolviera su informe al rey Carlos II, criticando tanto a Berkeley como a Bacon por su conducta hacia tribus amigas, Berkeley fue relevado de la gobernación, regresó a Inglaterra para protestar y murió poco después. Carlos II supuestamente comentó más tarde: «Ese viejo tonto ha matado a más personas en ese país desnudo que yo aquí por el asesinato de mi padre.»Esto puede ser un mito colonial, surgido unos 30 años después.