Comment Écrire vos Méthodes

Assurer la compréhension, la reproductibilité et la réplicabilité

Que devez-vous inclure dans votre section méthodes et dans quelle mesure les détails sont-ils appropriés?

Pourquoi les méthodes sont importantes

La section méthodes était autrefois la partie la plus susceptible d’un article d’être injustement abrégée, trop résumée ou même reléguée dans des sections difficiles à trouver du site Web d’un éditeur. Alors que certaines revues peuvent inclure de manière responsable des éléments plus détaillés de méthodes dans des sections supplémentaires, le mouvement pour une reproductibilité et une rigueur accrues en science a rétabli l’importance de la section des méthodes. Les méthodes sont maintenant considérées comme un élément clé pour établir la crédibilité de la recherche rapportée, parallèlement à la disponibilité ouverte des données et des résultats.

Une section de méthodes claires a un impact sur l’évaluation éditoriale et la compréhension des lecteurs, et constitue également l’épine dorsale de la transparence et de la reproductibilité.

Par exemple, le projet de reproductibilité: Le projet de biologie du cancer a entrepris en 2013 de reproduire des expériences à partir de 50 articles sur le cancer très médiatisés, mais a révisé son objectif à 18 articles une fois qu’ils ont compris combien de détails méthodologiques n’étaient pas contenus dans les articles originaux.

Ce qu’il faut inclure dans votre section méthodes

Ce que vous incluez dans vos sections méthodes dépend du domaine dans lequel vous vous trouvez et des expériences que vous effectuez. Cependant, le principe général en vigueur dans la majorité des revues est bien résumé par les lignes directrices de PLOS ONE: « La section des matériaux et des méthodes devrait fournir suffisamment de détails pour permettre aux enquêteurs qualifiés de reproduire pleinement votre étude. »Les emphases ici sont délibérées: les méthodes doivent permettre aux lecteurs de comprendre votre article et de reproduire votre étude. Cependant, il n’est pas nécessaire d’entrer dans le niveau de détail dont un profane aurait besoin – l’accent est mis sur le lecteur qui est également formé dans votre domaine, avec les compétences et les connaissances appropriées pour tenter une réplication.

Un principe constant de science rigoureuse

Une section de méthodes qui permet à d’autres chercheurs de comprendre et de reproduire vos résultats est un principe constant de science rigoureuse, transparente et ouverte. Visez à être minutieux, même si un journal particulier ne nécessite pas le même niveau de détail. La reproductibilité est de notre responsabilité. Vous ne pouvez pas créer de problèmes en dépassant un niveau minimum d’informations. Si une revue a encore des limites de mots — que ce soit pour l’article global ou des sections spécifiques — et nécessite que certains détails méthodologiques soient dans une section supplémentaire, c’est OK tant que les détails supplémentaires sont consultables et trouvables.

Imaginez reproduire votre propre travail, des années dans le futur

Dans le cadre de la présentation de PLOS sur la reproductibilité et la publication ouverte (faisant partie de la série Reproductibilité de l’UCSF), nous vous recommandons de planifier le niveau de détail dans votre section méthodes en imaginant que vous écrivez pour vous-même futur, en reproduisant votre propre travail. Lorsque vous considérez que vous êtes peut—être dans une institution différente, avec des connexions de compte, des applications, des ressources et des niveaux d’accès différents, vous pouvez vous aider à imaginer le niveau de spécificité dont vous auriez besoin pour refaire l’expérience exacte. Considérez:

• De quels détails auriez-vous besoin d’être rappelé?
• Quelle lignée cellulaire, ou anticorps, ou logiciel, ou réactif avez-vous utilisé, et possède-t-il un identifiant de ressource de recherche (RRID) que vous pouvez citer?
• Quelle version de questionnaire avez-vous utilisée dans votre enquête?
• Quel stimulus visuel avez-vous montré aux participants et est-il accessible au public?
• Quels participants avez-vous décidé d’exclure ?
• Quel processus avez-vous ajusté pendant votre travail ?

Aides visuelles aux méthodes aidez-vous lors de la lecture de l’article entier

Examinez si une représentation visuelle de vos méthodes pourrait être appropriée ou aider à comprendre votre processus. Une référence visuelle à laquelle les lecteurs peuvent facilement revenir, comme un organigramme, un arbre de décision ou une liste de contrôle, peut aider les lecteurs à mieux comprendre l’article complet, pas seulement la section des méthodes.

Considérations éthiques

En plus de décrire ce que vous avez fait, il est tout aussi important d’assurer aux lecteurs que vous avez également suivi toutes les directives éthiques pertinentes lors de la conduite de vos recherches. Bien que les normes éthiques et les lignes directrices en matière de rapports soient souvent présentées dans une section distincte d’un document, assurez-vous que vos méthodes et protocoles respectent réellement ces lignes directrices. En savoir plus sur l’éthique.

Normes, listes de contrôle, lignes directrices et partenaires existants

Bien que le niveau de détail contenu dans une section sur les méthodes devrait être guidé par les principes universels de la science rigoureuse décrits ci-dessus, diverses disciplines, domaines et projets ont travaillé dur pour concevoir et développer des normes, des lignes directrices et des outils cohérents pour aider à rapporter tous les types d’expériences. Vous trouverez ci-dessous quelques-unes des principales initiatives. Assurez-vous de lire les directives de soumission pour la revue spécifique à laquelle vous soumettez, afin de découvrir d’autres politiques spécifiques à la revue ou au domaine à suivre, ou des initiatives / outils à utiliser.

Essais contrôlés randomisés – CONSORT
Le projet CONSORT (Consolidated Standards of Reporting Trials) couvre diverses initiatives visant à prévenir les problèmes de déclaration inadéquate des essais contrôlés randomisés. L’initiative principale est un ensemble minimal de recommandations fondées sur des données probantes pour la déclaration d’essais randomisés connu sous le nom de Déclaration de CONJOINT.

Revues systématiques et Méta-Analyses – PRISMA
Les éléments de rapport préférés pour les Revues systématiques et les Méta-Analyses (PRISMA) sont un ensemble minimal d’éléments fondés sur des preuves, axés sur la déclaration des examens évaluant les essais randomisés et d’autres types de recherche.

Recherche utilisant des animaux – ARRIVED
Les lignes directrices sur la recherche sur les animaux: Rapports d’expériences In Vivo (ARRIVED) encouragent à maximiser les informations rapportées dans la recherche utilisant des animaux, minimisant ainsi les études inutiles. (Étude et proposition originales, et lignes directrices mises à jour, dans PLOS Biology.)

Protocoles de laboratoire
Protocols.io a développé une plate-forme spécifiquement pour le partage et la mise à jour des protocoles de laboratoire, qui se voient attribuer leur propre DOI et peuvent être liés à partir de sections de méthodes d’articles pour améliorer la reproductibilité.

Rapports cohérents sur les Matériaux, la conception et l’analyse – la liste de contrôle MDAR
Un groupe d’éditeurs et d’experts composé de rédacteurs et d’experts a élaboré, testé et déployé une liste de contrôle pour aider à établir et à harmoniser les normes de rapport dans les sciences de la vie. La liste de contrôle, qui peut être utilisée par les auteurs pour compiler leurs méthodes et par les éditeurs / réviseurs pour vérifier les méthodes, établit un ensemble minimum d’exigences en matière de rapports transparents et est adaptable à toute discipline des sciences de la vie, en couvrant un éventail d’éléments et de considérations méthodologiques potentiellement pertinents. Si vous êtes dans la section Sciences de la vie et rédigez votre section méthodes, essayez de parcourir la liste de contrôle MDAR et voyez si cela vous aide à inclure tous les détails pertinents dans vos méthodes et si cela vous rappelle quelque chose que vous auriez pu manquer autrement.

Conseils de rédaction de résumé

Le principal défi que vous pouvez rencontrer lors de la rédaction de vos méthodes est de les garder lisibles ET de couvrir tous les détails nécessaires à la reproductibilité et à la reproductibilité. Bien que cela soit difficile, ne faites pas de compromis sur des normes rigoureuses de crédibilité!

Do

• Gardez à l’esprit la reproductibilité future, ainsi que la compréhension et la lisibilité.
• Suivez les listes de contrôle et les directives spécifiques au domaine et au journal.
• Considérez qu’un engagement envers une science rigoureuse et transparente est une responsabilité personnelle, et pas seulement le respect des directives des revues.
• Déterminez s’il existe des identifiants persistants pour toutes les ressources de recherche que vous utilisez qui peuvent être spécifiquement cités dans votre section méthodes.
• Déposez vos protocoles de laboratoire dans Protocols.io , établissant un lien permanent avec eux. Vous pouvez mettre à jour vos protocoles plus tard si vous les améliorez, tout comme les futurs scientifiques qui suivent vos protocoles.
• Considérez des aides visuelles comme des diagrammes de flux, des listes, pour aider à lire d’autres sections de l’article.
• Soyez précis sur toutes les décisions prises au cours des expériences que quelqu’un reproduisant votre travail aurait besoin de connaître.

Ne pas

• Résumer ou abréger les méthodes sans donner tous les détails dans une section supplémentaire découvrable.
• Supposons que vous serez toujours en mesure de vous souvenir de la façon dont vous avez effectué les expériences, ou que vous aurez accès à des cahiers et à des ressources privés ou institutionnels.
• Tentez de masquer les contraintes ou les décisions non optimales que vous avez dû prendre – la transparence est la clé pour assurer la crédibilité de votre recherche.